FIG 3 Evaluation of effects of arch

FIG 3 Evaluation of effects of archaeal permeabilization method on CARD-FISH yield (A and B) and fraction of archaea (C and D) for all data (A and C) and sediments shallower than1m (B and D). Letters under the box plots indicate statistically indistinguishable groups, based on ANOVA on rank-ordered data with the Tukey honestly significant difference post hoc analysis (P 0.001), and the numbers of data points and individual studies are listed above each box plot (box plot values are listed in Table S5 in the supplemental material). Colors and shadings match those in Fig. 2.

CARD-FISH using lysozyme to permeabilize archaeal cell walls was used (Fig. 2). Another study also found archaeal cell counts to be well above the quantification limit, after permeabilization with hydrogen peroxide, at depths up to 300 mbsf in the Leg
201 samples (35), although the measurements are not included in Fig. 2 because they did not include bacterial or total cell counts. Furthermore, the lysozyme method produced signifi- cantly lower yields than the proteinase K method even when sediments from only the upper meter were compared (Fig. 3B), suggesting that low yields in the deep subsurface are an artifact of a suboptimal methodology rather than a direct reflection of the metabolic state of cells.
FISH studies, on the other hand, had a wide range of yields, even though most studies used nearly identical FISH methods. Therefore, low FISH yields appear to be associated with less active communities since environmental factors do correlate with yield; all eight deep-sea samples had FISH yields below the median yield range of seawater (Fig. 2). This sensitivity of FISH to cell activity was observed in a previous meta-analysis (36) and is consistent with this method’s demonstrated low fluorescence in presumably low-activity cells (15).
We then tested whether methods with systematically low yields had low ratios of archaea to bacteria, suggesting that a systematic

undercounting of archaea may have contributed to the low yield. Measurements obtained by CARD-FISH with proteinase K per- meabilization had significantly higher percentages of archaea than CARD-FISH with the other permeabilization methods in the full data set (Fig. 3C) and in sediment depths restricted to less than a meter (Fig. 3D). As predicted by our hypothesis, lysozyme ar- chaeal permeabilization reported low archaeal fractions, even when sediments from only the top meter were compared (Fig.
3D). The single seawater study that used this method (37) also had very low archaeal fractions ( 5%). Notable exceptions from the correlation between low yields and low ratios of archaea to bacte- ria were intertidal sediments from the Wadden Sea area in Ger- many and the New Jersey shelf in the United States (see Fig. S3 in the supplemental material). These environments are character- ized by permeable sands and large tidal ranges, which frequently expose the sediment surface to air. All 11 studies with samples from these sites had relatively high ( 37%) median yields, even though they did not measure archaea at all (4 studies) or quanti- fied archaea to be 5% of total cell counts (7 studies). No other sediment studies coupled high yields and low archaeal fractions, suggesting that for these environments and only these environ- ments, archaea are truly a minor component and are negligible in total cell counts, as has been noted previously (15, 38). With the

CARD-FISH using lysozyme to permeabilize archaeal cell walls was used (Fig. 2). Another study also found archaeal cell counts to be well above the quantification limit, after permeabilization with hydrogen peroxide, at depths up to 300 mbsf in the Leg
201 samples (35), although the measurements are not included in Fig. 2 because they did not include bacterial or total cell counts. Furthermore, the lysozyme method produced signifi- cantly lower yields than the proteinase K method even when sediments from only the upper meter were compared (Fig. 3B), suggesting that low yields in the deep subsurface are an artifact of a suboptimal methodology rather than a direct reflection of the metabolic state of cells.
FISH studies, on the other hand, had a wide range of yields, even though most studies used nearly identical FISH methods. Therefore, low FISH yields appear to be associated with less active communities since environmental factors do correlate with yield; all eight deep-sea samples had FISH yields below the median yield range of seawater (Fig. 2). This sensitivity of FISH to cell activity was observed in a previous meta-analysis (36) and is consistent with this method’s demonstrated low fluorescence in presumably low-activity cells (15).
We then tested whether methods with systematically low yields had low ratios of archaea to bacteria, suggesting that a systematic
 
undercounting of archaea may have contributed to the low yield. Measurements obtained by CARD-FISH with proteinase K per- meabilization had significantly higher percentages of archaea than CARD-FISH with the other permeabilization methods in the full data set (Fig. 3C) and in sediment depths restricted to less than a meter (Fig. 3D). As predicted by our hypothesis, lysozyme ar- chaeal permeabilization reported low archaeal fractions, even when sediments from only the top meter were compared (Fig.
3D). The single seawater study that used this method (37) also had very low archaeal fractions ( 5%). Notable exceptions from the correlation between low yields and low ratios of archaea to bacte- ria were intertidal sediments from the Wadden Sea area in Ger- many and the New Jersey shelf in the United States (see Fig. S3 in the supplemental material). These environments are character- ized by permeable sands and large tidal ranges, which frequently expose the sediment surface to air. All 11 studies with samples from these sites had relatively high ( 37%) median yields, even though they did not measure archaea at all (4 studies) or quanti- fied archaea to be 5% of total cell counts (7 studies). No other sediment studies coupled high yields and low archaeal fractions, suggesting that for these environments and only these environ- ments, archaea are truly a minor component and are negligible in total cell counts, as has been noted previously (15, 38). With the

0/5000

Từ: -

Sang: -

Kết quả (Việt) 1: [Sao chép]

Sao chép!

HÌNH 3 đánh giá tác động của vi khuẩn cổ permeabilization phương pháp trên sản lượng thẻ cá (A và B) và phần của vi khuẩn cổ (C và D) cho tất cả các dữ liệu (A và C) và trầm tích nông than1m (B và D). Thư theo lô hộp cho biết nhóm thống kê không thể phân biệt, dựa trên ANOVA trên đã ra lệnh đánh giá dữ liệu với Tukey khác biệt đáng kể một cách trung thực phân tích post phi thể thức (P 0,001), và số điểm dữ liệu và nghiên cứu cá nhân được liệt kê ở trên mỗi hộp lô (hộp âm mưu giá trị được liệt kê trong bảng S5 trong các vật liệu bổ sung). Màu sắc và shadings phù hợp với những người trong hình 2. THẺ-cá bằng cách sử dụng lysozyme để permeabilize thành tế bào vi khuẩn cổ sử dụng (hình 2). Một nghiên cứu cũng thấy tế bào vi khuẩn cổ đếm được cao hơn giới hạn định lượng, sau khi permeabilization với hiđrô perôxít, ở độ sâu lên đến 300 mbsf ở chân201 mẫu (35), mặc dù các phép đo không được bao gồm trong hình 2 bởi vì họ không bao gồm vi khuẩn hoặc tế bào tất cả đếm. Hơn nữa, phương pháp lysozyme sản xuất signifi - cantly sản lượng thấp hơn các phương pháp proteinase K ngay cả khi các trầm tích từ chỉ là đồng hồ trên so sánh (hình 3B), gợi ý rằng các sản lượng thấp ở sâu bên dưới bề mặt là một artifact của một phương pháp suboptimal chứ không phải là một sự phản ánh trực tiếp của nhà nước trao đổi chất của tế bào.Nghiên cứu cá, mặt khác, có một loạt các sản lượng, mặc dù hầu hết các nghiên cứu sử dụng gần như giống hệt nhau cá phương pháp. Vì vậy, sản lượng cá thấp xuất hiện để được liên kết với cộng đồng ít hoạt động kể từ khi yếu tố môi trường tương ứng với sản lượng; Tất cả mẫu tám biển sâu có sản lượng cá dưới đây phạm vi năng suất trung bình của nước biển (hình 2). Này nhạy cảm của cá để hoạt động tế bào được quan sát thấy trong một meta trước-phân tích (36) và là phù hợp với phương pháp này chứng tỏ huỳnh quang thấp trong có lẽ là thấp hoạt động tế bào (15).Chúng tôi sau đó thử nghiệm cho dù các phương pháp với sản lượng có hệ thống thấp có tỷ lệ thấp của vi khuẩn cổ với vi khuẩn, gợi ý rằng một hệ thống undercounting của vi khuẩn cổ có thể đã góp phần năng suất thấp. Đo lường thu được bằng thẻ-cá với proteinase K mỗi-meabilization có tỷ lệ phần trăm cao hơn đáng kể của vi khuẩn cổ hơn thẻ-cá với các phương pháp permeabilization khác trong tập hợp dữ liệu đầy đủ (hình 3 c) và ở độ sâu của trầm tích bị giới hạn đến ít hơn một mét (hình 3D). Như dự đoán của giả thuyết của chúng tôi, lysozyme ar-chaeal permeabilization báo cáo phần phân đoạn của vi khuẩn cổ thấp, thậm chí khi các trầm tích từ chỉ là đồng hồ đầu được so sánh (hình.3D). nghiên cứu nước biển duy nhất sử dụng phương pháp này (37) cũng đã phân số vi khuẩn cổ rất thấp (5%). Ngoại lệ đáng chú ý từ sự tương quan giữa sản lượng thấp và các tỷ lệ thấp của vi khuẩn cổ bacte-ria là các trầm tích cận từ vùng biển Wadden Ger-nhiều và thềm New Jersey trong Hoa Kỳ (xem hình. S3 trong các vật liệu bổ sung). Các môi trường là nhân vật-ized bởi thấm cát và dãy thủy triều lớn, thường xuyên tiếp xúc với không khí trầm tích bề mặt. Tất cả 11 nghiên cứu với mẫu từ các trang web có tương đối cao sản lượng trung bình (37%), mặc dù họ đã không đo lường vi khuẩn cổ tại tất cả (4 nghiên cứu) hoặc quanti-fied vi khuẩn cổ được 5% của tất cả các tế bào đếm (7 nghiên cứu). Không có nghiên cứu trầm tích khác cùng sản lượng cao và thấp vi khuẩn cổ phân số, gợi ý rằng đối với những môi trường và chỉ những environ-ments, vi khuẩn cổ đang thực sự là một thành phần nhỏ và là không đáng kể trong số lượng tế bào tất cả, như đã được ghi nhận trước đó (15, 38). Với các

đang được dịch, vui lòng đợi..

Kết quả (Việt) 2:[Sao chép]

Sao chép!

FIG 3 Đánh giá về hiệu quả của phương pháp permeabilization archaeal về năng suất CARD-FISH (A và B) và một phần vi khuẩn cổ (C và D) cho tất cả các dữ liệu (A và C) và trầm tích than1m nông (B và D). Letters thuộc lô hộp cho thấy nhóm không thể phân biệt về mặt thống kê, dựa trên dữ liệu ANOVA về cấp bậc đặt hàng với Tukey thật sự khác biệt đáng kể phân tích bài học (P 0,001), và số lượng các điểm dữ liệu và nghiên cứu cá nhân được liệt kê ở trên từng lô hộp (hộp âm mưu giá trị được liệt kê trong Bảng S5 trong vật liệu bổ sung). Màu sắc và phù hợp với những shadings trong hình. 2. CARD-FISH sử dụng lysozyme để permeabilize thành tế bào archaeal đã được sử dụng (Hình. 2). Một nghiên cứu khác cũng cho thấy số lượng tế bào archaeal để thể cao hơn giới hạn định lượng, sau khi permeabilization với hydrogen peroxide, ở độ sâu tới 300 mbsf trong Leg 201 mẫu (35), mặc dù các số đo không được bao gồm trong hình. 2 vì họ không bao gồm số lượng tế bào vi khuẩn hoặc tổng số. Hơn nữa, phương pháp sản xuất có ý nghĩa đáng lysozyme năng suất thấp hơn các phương pháp proteinase K ngay cả khi các trầm tích từ chỉ đồng hồ trên được so sánh (Fig. 3B), cho thấy năng suất thấp ở dưới bề mặt sâu là một tạo tác của một phương pháp tối ưu hơn là một phản ánh trực tiếp của nhà nước trao đổi chất của các tế bào. Các nghiên cứu FISH, mặt khác, đã có một loạt các sản lượng, mặc dù hầu hết các nghiên cứu sử dụng phương pháp FISH gần giống hệt nhau. Do đó, sản lượng cá thấp có vẻ liên quan với các cộng đồng ít hoạt động từ các yếu tố môi trường không tương quan với năng suất; tất cả tám mẫu biển sâu có năng suất FISH dưới mức sản lượng trung bình của nước biển (Hình. 2). Độ nhạy này của FISH để hoạt động tế bào đã được quan sát trong một phân tích trước đó (36) và phù hợp với của phương pháp này đã chứng minh huỳnh thấp có lẽ các tế bào hoạt động thấp (15). Sau đó chúng tôi kiểm tra xem liệu phương pháp này với sản lượng hệ thống thấp có tỷ lệ thấp cổ khuẩn vi khuẩn, cho thấy rằng một hệ thống undercounting của vi khuẩn cổ có thể đã góp phần vào năng suất thấp. Đo được bằng CARD-FISH với proteinase K meabilization trăm có tỷ lệ cao hơn đáng kể hơn so với vi khuẩn cổ CARD-FISH với các phương pháp permeabilization khác trong tập dữ liệu đầy đủ (Hình. 3C) và trầm tích ở độ sâu giới hạn nhỏ hơn một mét (Hình. 3D). Theo dự đoán của giả thuyết của chúng tôi, lysozyme ar- permeabilization chaeal báo cáo phân archaeal thấp, thậm chí khi các trầm tích từ chỉ đồng hồ hàng đầu được so sánh (Fig. 3D). Các nghiên cứu trong nước biển duy nhất sử dụng phương pháp này (37) cũng đã phân archaeal rất thấp (5%). Trường hợp ngoại lệ đáng chú ý từ các mối tương quan giữa năng suất thấp và tỷ lệ thấp của vi khuẩn cổ để bacte- ria là trầm tích bãi triều từ khu vực Biển Wadden ở Ger- nhiều và thềm New Jersey tại Mỹ (xem hình. S3 trong vật liệu bổ sung). Những môi trường được trưng trưng bởi cát thấm nước và có phạm vi thủy triều lớn, nơi thường xuyên tiếp xúc với các bề mặt trầm tích với không khí. Tất cả 11 nghiên cứu với các mẫu từ các trang web này đã tương đối cao (37%) sản lượng trung bình, mặc dù họ không đo được ở tất cả các vi khuẩn cổ (4 nghiên cứu) hoặc quanti- khuẩn cổ fied là 5% tổng số tế bào đếm (7 nghiên cứu). Không có nghiên cứu trầm tích khác cùng sản lượng cao và các phần phân đoạn archaeal thấp, cho thấy rằng đối với những môi trường và chỉ có những điều kiện môi trường, vi khuẩn cổ thực sự là một thành phần nhỏ và không đáng kể trong tổng số tế bào, như đã được ghi nhận trước đây (15, 38). Với sự

đang được dịch, vui lòng đợi..

Kết quả (Việt) 3:[Sao chép]

Sao chép!

đang được dịch, vui lòng đợi..

Các ngôn ngữ khác

Hỗ trợ công cụ dịch thuật: Albania, Amharic, Anh, Armenia, Azerbaijan, Ba Lan, Ba Tư, Bantu, Basque, Belarus, Bengal, Bosnia, Bulgaria, Bồ Đào Nha, Catalan, Cebuano, Chichewa, Corsi, Creole (Haiti), Croatia, Do Thái, Estonia, Filipino, Frisia, Gael Scotland, Galicia, George, Gujarat, Hausa, Hawaii, Hindi, Hmong, Hungary, Hy Lạp, Hà Lan, Hà Lan (Nam Phi), Hàn, Iceland, Igbo, Ireland, Java, Kannada, Kazakh, Khmer, Kinyarwanda, Klingon, Kurd, Kyrgyz, Latinh, Latvia, Litva, Luxembourg, Lào, Macedonia, Malagasy, Malayalam, Malta, Maori, Marathi, Myanmar, Mã Lai, Mông Cổ, Na Uy, Nepal, Nga, Nhật, Odia (Oriya), Pashto, Pháp, Phát hiện ngôn ngữ, Phần Lan, Punjab, Quốc tế ngữ, Rumani, Samoa, Serbia, Sesotho, Shona, Sindhi, Sinhala, Slovak, Slovenia, Somali, Sunda, Swahili, Séc, Tajik, Tamil, Tatar, Telugu, Thái, Thổ Nhĩ Kỳ, Thụy Điển, Tiếng Indonesia, Tiếng Ý, Trung, Trung (Phồn thể), Turkmen, Tây Ban Nha, Ukraina, Urdu, Uyghur, Uzbek, Việt, Xứ Wales, Yiddish, Yoruba, Zulu, Đan Mạch, Đức, Ả Rập, dịch ngôn ngữ.