FIG 2 Sediment FISH and CARD-FISH y

HÌNH 2 trầm tích cá và thẻ cá mang lại hộp lô màu bằng vi khuẩn cổ permeabilization phương pháp và đã ra lệnh bằng cách giảm sản lượng mỗi học cá nhân. Đen dòng, năng suất trung bình nước biển; màu xanh bóng, interquartile loạt (ví dụ, dãy núi giáp ranh percentiles 25 và 75 của sản lượng). Mẫu từ độ sâu 250-m nước được gắn nhãn với "biển sâu" trên các dữ liệu. Các con số trong ribbon màu ở phía trên cùng cho thấy số lượng các điểm dữ liệu trong mỗi hộp âm mưu, và các con số trong ngoặc đơn sau khi mỗi mô tả cốt lõi tương ứng với trích dẫn nguồn trong bảng S1 trong các vật liệu bổ sung. Dữ liệu từ nghiên cứu với điểm chỉ có một dữ liệu và nghiên cứu trong cận môi trường (xem hình. S3 trong các vật liệu bổ sung) đã bị loại trừ từ cốt truyện. HMMV, ngọn núi lửa bùn Haakon Mosby. sozyme permeabilization (hình 3A; xem bảng S5 trong vật liệu supplemen-tal). 13 năng suất thấp nhất trầm tích lõi (năng suất trung bình, 6%) đã được tất cả các định lượng với thẻ cá bằng cách sử dụng lysozyme để permeabilize vi khuẩn cổ. Đáng chú ý là, tất cả các Peru Margin lõi nơi vi khuẩn cổ được tìm thấy là không đáng kể theo (trang web 1227,1229, và 1230) có sản lượng của 13%. Như với nước biển, các biến thể khác của phương pháp luận có các tác dụng chỉ nhỏ về sản lượng, một số trong đó đã thống kê quan trọng (P 0,001, ANOVA; xem hình. S2 và bảng S4 trong các vật liệu bổ sung). Do hơn - whelming ảnh hưởng của vi khuẩn cổ permeabilization thủ tục về năng suất (hình 2 và 3), chúng tôi xem xét chỉ dữ liệu từ thẻ cá meth-ods sử dụng proteinase K cho vi khuẩn cổ permeabilization và tất cả dữ liệu cá trong chúng tôi so sánh của các yếu tố khác. SYBR màu xanh lá cây tôi- và (dichlorotriazinyl) aminofluorescein (DTAF)-các tế bào màu có sản lượng 30 tỷ lệ phần trăm điểm lớn hơn sản lượng cho các tế bào màu DAPI, mà đã có một tỷ lệ phần trăm năng suất 20 điểm cao hơn cho các tế bào màu AO. Kết quả này đồng ý với báo cáo rằng SYBR màu xanh lá cây tôi cung cấp tốt hơn di động tính do thấp nền nhuộm (33). DTAF, mặt khác, có thể dẫn đến một tỷ lệ cao dương tính sai số lần kể từ khi DTAF vết ố polysaccharides chứ không phải là DNA, một tài sản mà đã được sử dụng để hình dung nonliving di động thêm polysaccharides trong nước biển (34). Do DTAF của thấp spec- ificity, chúng tôi không khuyên bạn nên sử dụng của nó cho di động đếm. THẺ cá cải thiện về sản lượng cá bằng 40 phần trăm, có thể do sự nhạy cảm của thẻ-cá để các tế bào với nội dung thấp ribosome. Không thiên vị vi khuẩn thăm dò đã được phát hiện (EUB338 tôi so với EUB338 tôi để III), và thiên vị thăm dò có thể không được đánh giá ở vi khuẩn cổ, bởi vì tất cả các phép đo được thực hiện với ARCH915.Chúng tôi sau đó thử nghiệm cho dù sản lượng thấp chỉ ra sự đóng góp của nguyên vẹn tế bào chết, ribosome miễn phí để đếm tất cả các tế bào, chứ không phải là không chính xác quantifications, bằng cách xác định liệu năng suất đã là tái-lated với các yếu tố môi trường có thể dự đoán bang các sinh vật, sinh lý. Mười một năng suất thấp nhất mẫu 13 đã từ biển sâu (250-m nước sâu), và tất cả 13 bao gồm các phép đo từ sâu bên dưới bề mặt (1-m trầm tích sâu). Ở đây, các tế bào có năng lượng rất hạn chế (2), và các trầm tích từ các địa điểm này có thể chứa một tỷ lệ cao hơn các tế bào chết hơn sed-iments từ các địa điểm. Tuy nhiên, các trầm tích biển sâu có cao sản lượng thẻ cá khi proteinase K được sử dụng; 5 các trầm tích biển sâu lõi có sản lượng nước biển phù hợp hoặc vượt qua sản lượng (25 percentile, 59%). Tương tự như vậy, sâu bên dưới bề mặt sedi-ments (Peru lề trang web 1227, 1228 và 1230, có độ sâu tối đa 121 mbsf) có cao sản lượng khi cá hoặc thẻ-cá bằng cách sử dụng chất tẩy rửa để permeabilize thành tế bào vi khuẩn cổ thay vì

FIG 2 cặn FISH và CARD-FISH lô hộp màu năng suất bằng phương pháp permeabilization archaea và ra lệnh bằng năng suất giảm của từng nghiên cứu cá nhân. Dòng màu đen, sản lượng nước biển trung bình; shading màu xanh, khoảng tứ phân vị (tức là, phạm vi giới hạn bởi 25 và 75 percentiles của sản lượng). Các mẫu lấy từ
độ sâu 250 m được gắn nhãn với "biển sâu" trên các dữ liệu. Số trong ribbon màu sắc ở trên đầu để chỉ số điểm dữ liệu trong từng lô hộp, và con số trong ngoặc đơn sau mỗi mô tả cốt lõi tương ứng với các trích dẫn nguồn trong Bảng S1 trong vật liệu bổ sung. Dữ liệu từ các nghiên cứu chỉ với một điểm dữ liệu và nghiên cứu trong môi trường bãi triều (xem hình. S3 trong vật liệu bổ sung) được loại trừ khỏi các âm mưu. HMMV, Haakon Mosby Mud Volcano. permeabilization sozyme (Hình 3A;. xem Bảng S5 trong vật liệu tal supplemen-). 13 thấp nhất có lãi suất lõi trầm tích (năng suất trung bình, 6%) đã được tất cả các định lượng với CARD-FISH sử dụng lysozyme để permeabilize khuẩn cổ. Đáng chú ý, tất cả các lõi Peru Margin nơi vi khuẩn cổ được tìm thấy là số lượng không đáng kể (trang 1227, 1229, và 1230) có năng suất là 13%. Như với nước biển, biến thể phương pháp khác chỉ có tác động nhỏ về sản lượng, một số trong đó là có ý nghĩa thống kê (P 0,001, ANOVA; xem hình S2 và Bảng S4 trong vật liệu bổ sung.). Do ảnh hưởng whelming quá mức quy permeabilization archaeal về năng suất (Fig. 2 và 3), chúng tôi chỉ xem xét dữ liệu từ CARD-FISH ods meth- sử dụng proteinase K cho permeabilization archaea và tất cả các dữ liệu cá trong so sánh của chúng ta về những yếu tố khác. SYBR I- xanh và (dichlorotriazinyl) aminofluorescein (DTAF) tế bào -stained có năng suất cao hơn 30 điểm phần trăm so với mức cho tế bào DAPI-nhuộm màu, trong đó có cao hơn so với các tế bào AO-nhuộm màu cho năng suất 20 điểm phần trăm. Kết quả này đồng ý với báo cáo rằng SYBR green tôi cung cấp số lượng tế bào tốt hơn do nhuộm nền thấp (33). DTAF, mặt khác, có thể dẫn đến một tỷ lệ cao của tính tích cực vì tính giả DTAF ố polysaccharides hơn là DNA, một tài sản đó đã được sử dụng để hình dung không sống polysaccharides di động ngoại khóa trong nước biển (34). Do quang phổ thấp DTAF của ificity, chúng tôi khuyên bạn không nên sử dụng nó cho việc đếm tế bào. FISH giấy carton được cải thiện về năng suất FISH 40 điểm phần trăm, có thể là do sự nhạy cảm của CARD-FISH để tế bào có nội dung ribosome thấp. Không thiên vị thăm dò của vi khuẩn được phát hiện (EUB338 tôi so EUB338 I đến III), và thăm dò thiên vị không thể được đánh giá ở vi khuẩn cổ bởi vì tất cả các phép đo được thực hiện với ARCH915. Sau đó chúng tôi đã kiểm tra liệu sản lượng thấp cho thấy sự đóng góp của người chết, các tế bào ribosome-free còn nguyên vẹn tổng số lượng tế bào, hơn quantifications không chính xác, bởi việc xác định liệu sản lượng được tái lated đến yếu tố môi trường có thể dự đoán được trạng thái sinh lý của sinh vật. Eleven của 13 mẫu thấp nhất có lãi suất là từ biển sâu (độ sâu 250 m), và tất cả 13 bao gồm các phép đo từ dưới mặt đất sâu (1-m sâu trầm tích). Ở đây, các tế bào năng lượng rất hạn chế (2), và trầm tích từ các địa điểm này có thể chứa một tỷ lệ cao hơn các tế bào chết hơn iments sed- từ các địa điểm khác. Tuy nhiên, các trầm tích biển sâu có năng suất CARD-FISH cao khi proteinase K được sử dụng; Năm lõi trầm tích biển sâu có năng suất mà phù hợp hoặc vượt qua sản lượng nước biển (percentile thứ 25, 59%). Tương tự như vậy, bên dưới mặt đất sâu sedi- ments (Peru Margin điểm năm 1227, 1228, và 1230, trong đó có độ sâu tới 121 mbsf) có năng suất cao hơn khi FISH hoặc CARD-FISH sử dụng chất tẩy rửa để permeabilize thành tế bào archaeal hơn