Trong trường hợp bệnh dại, tác nhân

Trong trường hợp bệnh dại, tác nhân gây bệnh là virus, những vi sinh vật này quá nhỏ nên không thể thấy được dưới kính hiển vi quang học thời bấy giờ. Pasteur đã dành năm năm, từ 1880 đến 1885, để nghiên cứu bệnh này. Xuất phát từ thực tế là bệnh dại tác động đến hệ thần kinh, Pasteur dự đoán rằng tác nhân gây bệnh phải nằm trong não và tủy sống của những người mắc bệnh. Khi lấy bệnh phẩm thần kinh của những động vật mắc bệnh dại (chó, thỏ...) tiêm vào những cá thể khỏe mạnh, ông đã gây được biểu hiện bệnh dại ở các động vật này. Pasteur dùng tủy sống của thỏ mắc bậnh dại để lấy virus dại và nuôi virus này qua nhiều thể hệ khác nhau. Virus thu được đã giảm độc lực rất nhiều so với chủng virus dại ban đầu. Virus này có thể không gây bệnh do đã giảm độc lực nhưng vẫn có thể còn giữ được tính kháng nguyên có thể kích thích hệ miễn dịch sản xuất kháng thể chống lại bệnh.
Vaccine ngừa bệnh dại đầu tiên trên cơ sở virus giảm độc lực này đã được Pasteur, sau nhiều đắn đo suy tính, sử dụng vào ngày 6 tháng 7 năm 1885 ở một bé trai tên là Joseph Meister, người bị chó dại cắn trước đó. Đây là một thành công vang dội của Pasteur cũng như của nền y khoa thế giới.
Kết quả công trình nghiên cứu về bệnh dại được Pasteur trình bày trước Viện Hàn lâm Khoa học Pháp vào ngày 1 tháng 3 năm 1886. Nhân dịp này ông cũng đề nghị thành lập một cơ sở nhằm sản xuất vaccine chống bệnh dại. Năm 1887 lời kêu gọi này được công bố rộng rãi và nhận được 2 triệu Franc Pháp quyên góp. Nhờ đó vào năm 1888, Tổng thống Sadi Carnot cho tiến hành xây dựng Viện Pasteur đầu tiên tại Pháp. Các Viện Pasteur khác sau đó cũng được thành lập ở những nới khác trên thế giới nhờ ảnh hưởng của các nhà vi sinh vật học như Albert Calmette và Alexandre Yersin. Tôn chỉ của Viện Pasteur từ đó đến nay không thay đổi: tiến hành các nghiên cứu chế tạo vaccine và các chiến dịch tiêm phòng chống lại các bệnh truyền nhiễm.
Vinh quang
Pasteur được tôn vinh là "cha đẻ của ngành vi sinh vật học". Ông chưa bao giờ chính thức học y khoa nhưng vẫn được coi là một thầy thuốc vĩ đại và là Ân nhân của Nhân loại (Benefactor of Humanity).
Ông cũng là thành viên của rất nhiều Viện Hàn lâm tại Pháp cũng như ở nước ngoài. Nhiều ngôi làng và đường phố trên thế giới mang tên ông. Có thể nói tài năng và cống hiến của ông đã vượt qua biên giới địa lý và chính trị. Tại Việt Nam, những con đường mang tên ông từ thời kỳ thuộc địa đã không hề thay đổi cho đến hôm nay mặc dù các con đường khác mang tên danh nhân Việt Nam lại bị thay đổi qua nhiều biến thiên thời cuộc.
Louis Pasteur mất ngày 28 tháng 9 năm 1895 tại Marnes la Coquette, Paris. Thi hài của ông được lưu giữ trong giáo đường trong lòng Viện Pasteur chứ không phải ở Điện Panthéon như dự định trước đó. Rất nhiều tượng đài được xây dựng để tưởng nhớ đến ông. Những vật dụng thường ngày cũng mang hình Pasteur (tem, giấy bạc...). Có thể nói Pasteur là một trong những nhà khoa học người Pháp nổi tiếng nhất trên thế giới.