The experiments described above wer

The experiments described above were concerned only with
spatial differences in gene expression and corresponded mostly to
late stages of organ development. Other papers were concerned
with temporal changes in the transcriptome. Bey et al.[20] analysed
gene expression during the final stages of sepal and petal development
in Antirrhinum and used a temperature-sensitive allele of
DEFICIENS (DEF, the snapdragon orthologue of AP3) to detect genes
that responded rapidly after DEF was activated. They noted that
60% of differentially expressed genes were stage-specific and that
at late stages of petal development DEF appears to mostly regulate
genes involved in metabolism and cell differentiation. In contrast,
a disproportionate number of genes preferentially activated during
early bud development in Arabidopsis and rice encode transcription
factors [21–24]. Genes involved in the synthesis and response
to hormones (gibberellin, auxin) were also over-represented in the
transcriptome of early buds [21–23]. The overall conclusions of
these time course experiments were that the gene expression programme
under the floral organ identity genes changes over time
and that early stages include a large proportion of regulatory genes
(Fig. 1). The larger number of genes with metabolic and transport
functions expressed at later stages of development could reflect
a change in the types of functions controlled by organ identity
genes, or it could reflect the accumulation of indirect effects on
gene expression. To distinguish between these possibilities, it was
necessary to identify the direct targets of organ identity genes.
Although rapid response to a regulatory gene (as in the temperature
shift experiments described above for DEF) is suggestive,
proof of direct interaction requires chromatin immunoprecipitation
(ChIP). Gomez-Mena et al.[21] used ChIP to confirm that the AG
protein binds directly to some of its early target genes. This included
AG itself, AP3 and SEP3, showing that an auto-regulatory loop maintains
expression of the organ identity proteins that are predicted
to function as a multiprotein complex. More recently, a number
of important insights came from using ChIP-chip and ChIP-seq to
obtain a global view of the direct targets of SEP3 in the wild type
and in the ag mutant [25]. SEP3 bound in vivo to a large number of

Kết quả (Việt) 2:

Các thí nghiệm mô tả ở trên đã được quan tâm chỉ có
sự khác biệt về không gian trong biểu hiện gen và trao đổi thư chủ yếu là để
các giai đoạn cuối của sự phát triển nội tạng. Các giấy tờ khác có liên quan đã
có những thay đổi nhất thời về transcriptome. Bey et al. [20] phân tích
biểu hiện gen trong giai đoạn cuối của sự phát triển đài hoa và cánh hoa
trong cây kim ngư thảo và sử dụng một allele nhiệt độ nhạy cảm của
DEFICIENS (DEF, các orthologue mõm chó của AP3) để phát hiện các gen
mà trả lời nhanh chóng sau khi DEF đã được kích hoạt. Họ lưu ý rằng
60% gen kiểu khác bày tỏ sự là giai đoạn cụ thể và đó
ở giai đoạn cuối của sự phát triển cánh hoa DEF dường như chủ yếu là điều chỉnh
gen tham gia vào quá trình chuyển hóa và phân chia tế bào. Ngược lại,
một số không cân xứng của gen ưu tiên kích hoạt trong thời gian
phát triển chồi sớm trong Arabidopsis và lúa mã hóa phiên mã
các yếu tố [21-24]. Gen tham gia vào quá trình tổng hợp và phản ứng
với kích thích tố (gibberellin, auxin) cũng chiếm số lượng lớn trong
transcriptome búp sớm [21-23]. Các kết luận chung của
những thí nghiệm thời gian khóa học là các chương trình biểu hiện gen
dưới danh tính organ gen thay đổi hoa theo thời gian
và giai đoạn đầu bao gồm một tỷ lệ lớn các gen quy định
(Hình. 1). Số lượng lớn các gen với chuyển hóa và vận chuyển
các chức năng thể hiện ở các giai đoạn phát triển sau này có thể phản ánh
một sự thay đổi trong các kiểu chức năng điều khiển bằng sắc organ
gen, hoặc nó có thể phản ánh sự tích tụ của các ảnh hưởng gián tiếp
biểu hiện gen. Để phân biệt giữa những khả năng này, nó là
cần thiết để xác định các mục tiêu trực tiếp của gen sắc nội tạng.
Mặc dù phản ứng nhanh với một gen quy định (như trong nhiệt độ
thí nghiệm chuyển đổi mô tả ở trên cho DEF) là gợi ý,
bằng chứng của sự tương tác trực tiếp đòi hỏi nhiễm sắc immunoprecipitation
(ChIP ). Gomez-Mena et al. [21] được sử dụng ChIP để xác nhận rằng AG
protein liên kết trực tiếp đến một số gen mục tiêu đầu của nó. Điều này bao gồm
AG chính nó, AP3 và SEP3, cho thấy một vòng lặp tự động điều tiết duy trì
biểu hiện của các protein sắc tạng được dự đoán
có chức năng như một phức tạp multiprotein. Gần đây, một số
những hiểu biết quan trọng đến từ việc sử dụng ChIP-chip và ChIP-seq để
có được một cái nhìn toàn cầu của mục tiêu trực tiếp của SEP3 trong các loại hoang dã
và trong ag đột biến [25]. SEP3 ràng buộc trong cơ thể để một số lượng lớn