PEPTIDE STRUCTURE ANDTHE 1H NMR APP

PEPTIDE STRUCTURE AND
THE 1H NMR APPROACH
For peptides in a random conformation (i.e., when the whole peptide has high intramolecular mobility and the space available to every proton is constrained by the covalent bonds alone), no proton will be close to any other particular proton long enough to give a substantial 1HMR nuclear Overhauser effect ( NOE) (through-space) crosspeaks (other than aN i,i + 1).
If the environment around this highly flexible peptide alters to change the energetics of peptides and solvents, then some regions in torsional space become less accessible, and certain peptide folds will appear to be relatively stable (i.e., the occupancy of certain conformational states, such as helical, sheet, or reverse-turn, increases). Under these circumstances,
two-dimensional ( 2D) NMR NOE crosspeaks appear and have an intensity that is approximately proportional to 1/r6, where r is the internuclear distance and, to a lesser extent, the length of time that this particular conformational state is occupied. It is not unusual to detect several different conformations (e.g., a-helix and 3-10 helix) for the same residues by NMR. In theory, every conformation with an appropriate lifetime will be observed using the NMR technique, but, in practice, only those conformations with a moderate (more than about 20%) occupancy give peaks that are sufficiently above the noise level in the 2D spectra. (In contrast to the long time scale of the NMR experiment, the CD time scale is quite short, and more transient conformational states can be detected. Thus, the two techniques may give seemingly
different structural information.)

Kết quả (Việt) 1:

PEPTIDE CẤU TRÚC VÀPHƯƠNG PHÁP TIẾP CẬN NMR 1HCho peptide trong một ngẫu nhiên conformation (tức là, khi toàn bộ peptide có tính di động cao intramolecular và các không gian có sẵn cho mỗi proton hạn chế bởi các trái phiếu liên một mình), không có proton sẽ là gần gũi với bất kỳ proton đặc biệt đủ dài để cung cấp cho một đáng kể 1HMR hạt nhân Overhauser có hiệu lực (NOE) (thông qua không gian) crosspeaks (khác hơn là một i, i + 1).Nếu môi trường xung quanh peptide này rất linh hoạt thay đổi thay đổi energetics của peptide và dung môi, sau đó một số khu vực trong các không gian trở nên ít có thể truy cập và nếp gấp peptide nhất định sẽ xuất hiện để tương đối ổn định (tức là, người nhất định kỳ conformational, chẳng hạn như xoắn, tờ hoặc ngược lại đến lượt, tăng). Trong các trường hợp,hai chiều (2D) NMR NOE crosspeaks xuất hiện và có cường độ xấp xỉ tỷ lệ với 1/r6, đâu phải là khoảng cách internuclear và, đến một mức độ thấp hơn, khoảng thời gian này nhà nước conformational đặc biệt là chiếm đóng. Nó không phải là không bình thường để phát hiện một số khác nhau dạng (ví dụ, một xoắn ốc và xoắn 3-10) cho dư lượng cùng by NMR. Theo lý thuyết, mỗi conformation với một đời thích hợp sẽ được quan sát thấy bằng cách sử dụng các kỹ thuật NMR trưởng thành, nhưng trong thực tế, chỉ là những dạng với một suất phòng trung bình (hơn khoảng 20%) cho đỉnh núi là đầy đủ của mực tiếng ồn, 2D spectra. (Ngược lại với quy mô thời gian dài thử nghiệm NMR, quy mô thời gian của đĩa CD là khá ngắn và thêm kỳ conformational thoáng qua có thể phát hiện. Vì vậy, hai kỹ thuật có thể cung cấp dường nhưcấu trúc thông tin khác nhau.)

Kết quả (Việt) 2:

CƠ CẤU PEPTIDE VÀ
SỰ TIẾP CẬN 1H NMR
Đối với peptide trong một dáng ngẫu nhiên (tức là, khi cả peptide có tính di động nội phân tử cao và các không gian có sẵn cho mỗi proton bị hạn chế bởi các liên kết hóa trị một mình), không có proton sẽ được gần gũi với bất kỳ proton đặc biệt khác đủ dài để cung cấp một đáng kể 1HMR hiệu ứng hạt nhân Overhauser (NOE) (thông qua không gian) crosspeaks (trừ aN i, i + 1).
Nếu môi trường xung quanh điều này làm thay đổi peptide rất linh hoạt để thay đổi năng lượng học của peptide và các dung môi, sau đó một số vùng trong không gian xoắn trở nên ít tiếp cận được, và nếp gấp peptide nhất định sẽ xuất hiện tương đối ổn định (tức là, công suất phòng của các quốc gia nhất định về hình dạng, như xoắn ốc, tấm, hoặc ngược lại, tăng). Trong hoàn cảnh này,
hai chiều (2D) NMR NOE crosspeaks xuất hiện và có cường độ đó là xấp xỉ tỷ lệ 1 / r6, trong đó r là khoảng cách internuclear, và ở một mức độ thấp hơn, chiều dài của thời gian mà nhà nước về hình dạng đặc biệt này là chiếm đóng. Nó không phải là bất thường để phát hiện conformations khác nhau (ví dụ, một xoắn và 3-10 helix) cho các dư lượng cùng bởi NMR. Về lý thuyết, mỗi cấu với một đời phù hợp sẽ được quan sát thấy bằng cách sử dụng kỹ thuật NMR, nhưng, trong thực tế, chỉ những conformations với một vừa phải (nhiều hơn khoảng 20%) chiếm cho đỉnh đó là đủ trên mức tiếng ồn trong phổ 2D. (Ngược lại với quy mô thời gian dài của các thí nghiệm NMR, thời gian quy mô CD là khá ngắn, và nhiều quốc gia về hình dạng thoáng qua có thể được phát hiện. Như vậy, hai kỹ thuật có thể đưa ra dường như
thông tin cấu trúc khác nhau.)