generate DNA-DNA hybridization valu

generate DNA-DNA hybridization values of less than 70% and are thus considered members of different species, although organisms with greater than 97%
similarity may or may not be members the same species (Goris et al., 2007). The operational taxonomic unit (OTU) represents members sharing a high level of sequence similarity (typically 97% or 95%), and sequences clustered into a particular OTU can be considered as the same species or genus. This suggested cut-off value was originally derived from studies on DNA-DNA re-association and 16S sequences for a number of isolated bacteria (Stackebrandt and Goebel, 1994). However, a newly suggested species cut-off value is 98.5% (You et al., 2013). The situation is simpler in fungi, because horizontal gene transfer is much less common in eukaryotes than prokaryotes, and a high similarity in the ITS region (e.g. 99% or above) virtually guarantees a species-level match (Leigh et al., 2010).
1.4.1 DNA sequencing techniques and sequencing data processing: traditional Sanger sequencing vs. new generation high- throughput pyrosequencing
Sanger sequences are typically handled with computer programs such as the Staden Package (University of Cambridge, UK), and are thereafter compared with those available in the EMBL database (http://www.ebi.ac.uk/). This has been intensively employed in studying the microbial community (Rastogi and Sani, 2011). However, it requires a carefully thought through sampling plan (e.g. over 40,000 sequences are required to reach 50% coverage of the diversity in a soil sample; Dunbar et al., 2002). It is not yet practicable to obtain a large quantity of sequences per sequencing run, and minor
microbial groups are therefore potentially unexplored (Koskinen, 2013).
In recent years, high-throughput sequencing (also called ‘pyrosequencing’) platforms, for example Roche/454 and Illumina/Solexa, have been rapidly developed. Such sequencing techniques allow us to investigate deeper layers and to obtain a better coverage of the microbial communities. At the time of writing, the latest release of the Roche 454 sequencing GS FLX+ System can yield longer and Sanger-like read lengths, with 85% of total bases from reads >500 bp, 45% of total bases from reads >700 bp, and the longest reads being over 1 kb in length. The Roche GS FLX+ System is capable of generating 1,000,000 reads per run (23 hours) with an accuracy of over 99.99% (http://www.454.com/). This
makes whole-genome sequencing feasible. In addition, compared with Sanger technology, the sequencing time with pyrosequencing technology such as Roche 454 sequencing is significantly shortened. Pyrosequencing output sequences that pass the initial quality control (Cole et al., 2009) are processed using programs such as MOTHUR (Schloss et al., 2009). Thereafter, sequences are aligned with the CAP3 Sequence Assembly Program (Huang & Madan, 1999) and clustered into OTUs, e.g. at 95% sequence identity. Finally, a representative of each OTU is assigned and submitted, for example, to the Ribosomal Database Project (RDP) (Wang et al., 2007) and NCBI nucleotide database (nr/nt) (Zhang et al., 2000) for assignment into the

Kết quả (Việt) 1:

tạo ra giá trị lai ghép ADN-ADN của ít hơn 70% và do đó được coi là thành viên của loài khác nhau, mặc dù các sinh vật với hơn 97%tương tự có thể hoặc có thể không có thành viên cùng một loài (Goris và ctv., 2007). Các đơn vị phân loại hoạt động (OTU) đại diện cho thành viên chia sẻ một mức độ cao của tự tương tự (thường 97% hoặc 95%), và trình tự tập trung vào một OTU đặc biệt có thể được coi như là cùng một loài hay chi. Giá trị đề nghị cắt này ban đầu có nguồn gốc từ các nghiên cứu ADN-ADN tái Hiệp hội và 16 chuỗi đối với một số vi khuẩn phân lập (Stackebrandt và Goebel, 1994). Tuy nhiên, một giá trị cắt loài mới được đề nghị là 98,5% (bạn và ctv., 2013). Tình hình là đơn giản trong nấm, vì chuyển gen ngang là ít phổ biến ở sinh vật nhân chuẩn hơn sinh, và một điểm giống nhau cao trong khu vực ITS (ví dụ như 99% hoặc cao hơn) hầu như đảm bảo một trận đấu cấp loài (Leigh và ctv., 2010).1.4.1 DNA trình tự kỹ thuật và xử lý dữ liệu trình tự: truyền thống Sanger xác định trình tự so với thế hệ mới cao thông qua pyrosequencingSanger cảnh thường được xử lý với chương trình máy tính chẳng hạn như các gói phần mềm Staden (đại học Cambridge, Anh), và sau đó được so sánh với những người có sẵn trong cơ sở dữ liệu EMBL (http://www.ebi.ac.uk/). Điều này đã được làm việc chuyên sâu trong việc học tập cộng đồng vi khuẩn (Rastogi và Sani, năm 2011). Tuy nhiên, nó đòi hỏi một suy nghĩ cẩn thận thông qua lấy mẫu kế hoạch (ví dụ như hơn 40,000 trình tự được yêu cầu để đạt được phủ 50% của sự đa dạng trong một mẫu đất; Dunbar et al., 2002). Đó là chưa tốt để có được một số lượng lớn các trình tự trình tự chạy, và nhỏNhóm vi khuẩn có khả năng là do đó unexplored (Koskinen, 2013).Những năm gần đây, nền tảng cao thông qua trình tự (tiếng Anh thường gọi là 'pyrosequencing'), ví dụ Roche/454 và Illumina/Solexa, đã được nhanh chóng phát triển. Các kỹ thuật trình tự cho phép chúng tôi để điều tra các lớp sâu hơn và để có được một phạm vi bảo hiểm tốt hơn trong những cộng đồng vi sinh vật. Tại thời điểm viết, phiên bản mới nhất của 454 Roche xác định trình tự GS FLX + hệ thống có thể mang lại nhiều thời gian và giống như Sanger đọc dài, với 85% của tất cả các căn cứ viết > 500 bp, 45% của tất cả các căn cứ viết > 700 bp, và dài nhất lần đọc là hơn 1 kb dài. Roche GS FLX + hệ thống có khả năng tạo ra 1.000.000 lần đọc chạy (23 giờ) với độ chính xác hơn là 99,99% (http://www.454.com/). Điều nàylàm cho toàn bộ gen xác định trình tự khả thi. Ngoài ra, so với công nghệ Sanger, trình tự thời gian với pyrosequencing công nghệ chẳng hạn như trình tự Roche 454 đáng kể rút ngắn. Trình tự đầu ra Pyrosequencing vượt qua sự kiểm soát chất lượng ban đầu (Cole et al., 2009) được thực hiện bằng cách sử dụng chương trình như MOTHUR (Schloss et al., 2009). Sau đó, cảnh được liên kết với CAP3 tự lắp ráp chương (hoàng & Madan, 1999) và tập trung vào OTUs, ví dụ như tại 95% tự nhận dạng. Cuối cùng, một đại diện của mỗi OTU là chỉ định và nộp, ví dụ, cho ribosome cơ sở dữ liệu dự án (RDP) (Wang và ctv., 2007) và các cơ sở dữ liệu cho các nucleotide NCBI (nr/nt) (trương và ctv., 2000) gán vào các

Kết quả (Việt) 2:

tạo ra giá trị lai DNA-DNA thấp hơn 70% và do đó các thành viên coi các loài khác nhau, mặc dù các sinh vật với hơn 97%
tương đồng có thể hoặc không thể là thành viên của cùng một loài (Goris et al., 2007). Các đơn vị phân loại hoạt động (OTU) đại diện cho các thành viên chia sẻ một mức độ cao về trình tự giống nhau (thường là 97% hoặc 95%), và trình tự nhóm lại thành một OTU cụ thể có thể được coi như là cùng một loài hoặc chi. Đề nghị giá trị cut-off này ban đầu được bắt nguồn từ các nghiên cứu về DNA-DNA tái tổ chức hội đoàn và 16S trình tự do cho một số vi khuẩn bị cô lập (Stackebrandt và Goebel, 1994). Tuy nhiên, một loài mới được đề xuất cắt giảm giá trị là 98,5% (Bạn et al, 2013.). Tình hình là đơn giản trong nấm, vì chuyển gen ngang là ít phổ biến ở sinh vật nhân chuẩn hơn prokaryote, và một tương tự cao trong khu vực ITS (ví dụ 99% hoặc cao hơn) hầu như đảm bảo một trận đấu cấp độ loài (Leigh et al., 2010) .
1.4.1 kỹ thuật giải trình tự DNA và xử lý dữ liệu trình tự: Sanger trình tự truyền thống so với thế hệ mới thông cao pyrosequencing
trình tự Sanger thường được xử lý bằng chương trình máy tính chẳng hạn như các gói Staden (Đại học Cambridge, Vương quốc Anh), và sau đó được so sánh với những người có sẵn trong cơ sở dữ liệu EMBL (http://www.ebi.ac.uk/). Điều này đã được sử dụng mạnh mẽ trong việc nghiên cứu các cộng đồng vi sinh vật (Rastogi và Sani, 2011). Tuy nhiên, nó đòi hỏi một suy tư qua kế hoạch lấy mẫu (ví dụ: trên 40.000 chuỗi được yêu cầu phải đạt 50% vùng phủ sóng của sự đa dạng trong mẫu đất; Dunbar et al., 2002). Đó chưa phải là thực tế để có được một số lượng lớn các trình tự theo trình tự chạy, và nhỏ
do các nhóm vi sinh vật có tiềm năng chưa được khám phá (Koskinen, 2013).
Trong những năm gần đây, thông lượng cao sequencing (còn được gọi là 'pyrosequencing') nền tảng, ví dụ Roche / 454 và Illumina / Solexa, đã được phát triển nhanh chóng. Kỹ thuật giải trình tự như vậy cho phép chúng tôi điều tra các lớp sâu hơn và để có được một vùng phủ sóng tốt hơn của cộng đồng vi khuẩn. Tại thời điểm viết bài, phiên bản mới nhất của Roche 454 sequencing GS FLX + Hệ thống có thể mang lại độ dài dài hơn và Sanger giống như đọc, với 85% tổng số các căn cứ từ lần đọc> 500 bp, 45% trong tổng số các căn cứ từ lần đọc> 700 bp, và dài nhất đọc được hơn 1 kb dài. Roche GS FLX + Hệ thống có khả năng tạo 1.000.000 lượt đọc mỗi run (23 giờ) với độ chính xác hơn 99.99% (http://www.454.com/). Điều này
làm cho toàn bộ bộ gen có tính khả thi. Ngoài ra, so với công nghệ Sanger, các trình tự thời gian với pyrosequencing công nghệ như Roche 454 trình tự được rút ngắn đáng kể. Pyrosequencing chuỗi đầu ra mà vượt qua sự kiểm soát chất lượng ban đầu (Cole et al., 2009) được chế thông thường sử dụng các chương trình như MOTHUR (Schloss et al., 2009). Sau đó, chuỗi được liên kết với các chương trình cap3 Chuỗi hội (Huang & Madan, 1999) và nhóm thành OTUs, ví dụ như 95% tính theo thứ tự. Cuối cùng, một đại diện của mỗi OTU được phân công và gửi, ví dụ, để các dự án cơ sở dữ liệu ribosome (RDP) (Wang et al., 2007) và cơ sở dữ liệu nucleotide NCBI (nr / nt) (Zhang et al., 2000) để chuyển nhượng vào