Our study revealed for the first ti

Our study revealed for the first time the possibility of Illumina
sequencing protocol to evaluate microbiota present in plant tissues–bacterial endophytes. The sequencing can be improved with good choice of primer pair to amplify a longer stretch of the 16S rRNA gene. Our empirical results highlight the utility of this platform for precise and high resolution microbiota profiling (N90% at species level) of endo-phytic communities, or perhaps extended to other resources/samples. The improvement to the various analyses tools was equally important to minimise the biasness introduced by the host DNA (chloroplast) and chimaera which was removed without affecting the overall quality of the reads. Mothur pipeline relatively provides us a good opportunity to effectively process the read sequence on a single platform. This minimised the probable loss of quality of reads. The use of novel shotgun 16S rRNA gene by NGS has also revealed the overall richness and diversity of microbiota communities in plant tissues to encompass both the culturable and unculturable endophytic bacteria. The α-diversity analysis indicated the richness and inverse Simpson diversi-ty index of the bacterial endophyte communities for the leaf, root and stem tissues to be 2.221, 6.603 and 1.491 respectively. It further eluci-dates the microbial colonisation of plant tissues as revealed by the Venn diagram which illustrates the distribution of the bacterial commu-nities across the tissues and the total shared richness (Fig. 2).

Kết quả (Việt) 1:

Nghiên cứu của chúng tôi tiết lộ lần đầu tiên khả năng Illumina trình tự các giao thức để đánh giá microbiota hiện diện trong cây mô-vi khuẩn endophytes. Trình tự có thể được cải thiện với sự lựa chọn tốt của mồi cặp để khuyếch đại một đoạn dài hơn 16S rRNA gene. Kết quả thực nghiệm của chúng tôi đánh dấu các tiện ích của nền tảng này cho độ phân giải cao và chính xác microbiota profiling (N90% loài cấp) endo phytic cộng đồng, hoặc có lẽ có thể mở rộng tới các mẫu/tài nguyên khác. Cải tiến cho các phân tích công cụ là quan trọng không kém nhằm giảm thiểu biasness được giới thiệu bởi máy chủ DNA (lục Lạp) và khảm đã được gỡ bỏ mà không ảnh hưởng đến chất lượng tổng thể của các lần đọc. Mothur đường ống tương đối cung cấp cho chúng tôi một cơ hội tốt để có hiệu quả xử lý các trình tự đọc trên một nền tảng duy nhất. Điều này giảm thiểu mất chất lượng đọc, có thể xảy ra. Việc sử dụng các tiểu thuyết shotgun 16S rRNA gene bởi Spincam cũng tiết lộ tổng thể phong phú và đa dạng của cộng đồng microbiota trong các mô thực vật bao gồm cả hai dễ và unculturable còn vi khuẩn. Phân tích đa dạng α chỉ ra sự phong phú và nghịch đảo Simpson diversi-ty index của cộng đồng vi khuẩn endophyte cho lá, gốc và thân cây mô là 2.221, 6.603 và 1.491 tương ứng. Nó thêm ngày tháng eluci thuộc địa vi khuẩn của các mô thực vật, như tiết lộ bởi Sơ đồ Venn có minh họa phân phối commu-nities do vi khuẩn trên khắp các mô và phong phú được chia sẻ tất cả (hình 2).

Kết quả (Việt) 2:

Nghiên cứu của chúng tôi tiết lộ lần đầu tiên khả năng của Illumina
giao thức trình tự để đánh giá vi sinh vật hiện diện trong endophytes cây mô khuẩn. Các trình tự có thể được cải thiện với sự lựa chọn tốt của cặp mồi để khuếch đại một đoạn dài của gen 16S rRNA. Kết quả thực nghiệm của chúng tôi làm nổi bật các tiện ích của nền tảng này cho độ phân giải chính xác và cao profiling vi sinh vật (N90% ở cấp độ loài) của cộng đồng endo-phytic, hoặc có thể mở rộng đến các nguồn tài nguyên / mẫu khác. Những cải tiến các công cụ phân tích khác nhau là quan trọng không kém để giảm thiểu điều chắc được giới thiệu bởi DNA vật chủ (chloroplast) và chuột khảm đã được loại bỏ mà không ảnh hưởng đến chất lượng tổng thể của lần đọc. Mothur đường ống dẫn tương đối cho chúng ta một cơ hội tốt để xử lý hiệu quả các trình tự đọc trên một nền tảng duy nhất. Điều này giảm thiểu các tổn thất có thể xảy ra về chất lượng của lần đọc. Việc sử dụng khẩu súng ngắn tiểu thuyết gen 16S rRNA của NGS cũng đã tiết lộ sự phong phú và đa dạng tổng thể của các cộng đồng vi sinh vật trong mô thực vật để bao gồm cả culturable và vi khuẩn endophytic không nuôi cấy được. Các phân tích α-đa dạng cho thấy sự phong phú và ngược Simpson chỉ số Diversi-ty của các cộng đồng vi khuẩn endophyte cho lá, rễ và thân cây mô là 2,221, 6,603 và 1,491 tương ứng. Nó tiếp tục eluci-ngày thực dân của vi sinh vật trong mô thực vật như tiết lộ của các sơ đồ Venn minh họa sự phân bố của các vi khuẩn commu-các cộng trên khắp các mô và tổng phong phú chia sẻ (Hình. 2).