404 BACTERIOLOGYFIGURE 1 Phylogenet

404 BACTERIOLOGY
FIGURE 1 Phylogenetic tree based on comparative analysis of the 16S rRNA gene sequences
showing the relationship among the type strains of the species included in the genus Enterococcus.
Vagococcus fluvialis was used as an outgroup, and bootstrap values at the nodes were displayed as
percentages. Black dots indicate the species that have been isolated from human sources.
doi:10.1128/9781555817381.ch23.f1
moraviensis, and Enterococcus termitis, most enterococci hy
drolyze L-pyrrolidonyl-β-naphthylamide (PYR) by produc
ing pyrrolidonyl arylamidase (pyrrolidonase [PYRase]). Re
sults for both LAP and PYR testing, especially for some of
the more recently described species, may vary according to
the methodology, including the test format and media used
to grow the bacterial cells. A few species are motile (Entero
coccus casseliflavus and Enterococcus gallinarum), and some
are pigmented (E. casseliflavus, Enterococcus gilvus, Entero
coccus mundtii, E. pallens, Enterococcus plantarum, Enterococ
cus rotai, Enterococcus sulfureus, and Enterococcus ureilyticus)
(1, 4, 5, 8). Methods used for detection of enterococcal
motility have to be selected carefully, as differences in motil
ity due to the composition of the medium have been demon
strated (9). Enterococci are not able to synthesize porphyrins
and therefore do not produce cytochrome enzymes (4, 8).
However, cytochrome activity is sometimes expressed when
strains of E. faecalis are grown on blood-containing medium,
and a weak effervescence is observed in the catalase test.
Positive catalase testing has also been reported for strains
of Enterococcus haemoperoxidus (10), Enterococcus silesiacus
(11), and E. plantarum (12) when cultivated on blood
containing agar media. Most enterococcal strains produce
a cell wall-associated glycerol teichoic acid that is identified
as Lancefield ’s serological group D antigen. The DNA G+C
contents range from 32 to 45 mol%. The genome sizes are
in the range of approximately 2.3 to 5.4 Mb (13, 14, 15).
Genome sequencing ofE. faecalis V583 (16), the first vanco
mycin-resistant clinical isolate in the United States, has
opened many lines of investigation to improve our under
standing about the genus Enterococcus. A variety of Entero
coccus genomes are at different stages of analysis, and some
have been completely sequenced, according to information
available at specialized sites and databases, such as the NCBI
(http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.elis.tmu.edu.tw/genome/
?term=enterococcus), the Broad Institute (https://olive.-
broadinstitute.org/projects/enterogenome), and the Ameri
can Society for Microbiology (http://genomea.asm.org/).
The other genera of catalase-negative Gram-positive
cocci and the characteristics that distinguish them from
the enterococci are discussed in chapters 22 and 24. No
phenotypic criteria are available for clearly distinguishing
the genus Enterococcus unequivocally from other genera,
since there are no particular characteristics that are common
to all enterococci. However, certain characteristics are usu
ally found in the majority of the strains belonging to the

Kết quả (Việt) 1:

404 VI KHUẨN HỌCHÌNH 1 cây phát sinh loài dựa trên các phân tích so sánh của 16S rRNA trình tự genĐang hiển thị mối quan hệ giữa các chủng loại của các loài trong chi Enterococcus.Vagococcus fluvialis được sử dụng như outgroup một, và các giá trị bootstrap tại các nút được hiển thị dưới dạngtỷ lệ phần trăm. Dấu chấm màu đen cho biết các loài đã được cô lập từ các nguồn của con người.Doi:10.1128/9781555817381.ch23.F1moraviensis, và Enterococcus termitis, hầu hết enterococci hydrolyze L-pyrrolidonyl-β-naphthylamide (PYR) bởi sản phẩming pyrrolidonyl arylamidase (pyrrolidonase [PYRase]). Results cho cả hai vòng và PYR thử nghiệm, đặc biệt là đối với một sốCác loài hơn mới được mô tả, có thể thay đổi theoCác phương pháp, bao gồm cả định dạng thử nghiệm và phương tiện truyền thông sử dụngđể phát triển các tế bào vi khuẩn. Một vài loài là giống (Enterococcus casseliflavus và Enterococcus gallinarum), và một sốlà sắc tố (E. casseliflavus, Enterococcus gilvus, Enterococcus mundtii, E. pallens, Enterococcus plantarum, Enterococcus rotai, Enterococcus sulfureus và Enterococcus ureilyticus)(1, 4, 5, 8). Phương pháp được sử dụng để phát hiện enterococcalmotility phải được lựa chọn cẩn thận, như là sự khác biệt trong motilAnh do các thành phần của các phương tiện đã là con quỷstrated (9). Enterococci người không thể tổng hợp porphyrinsvà do đó không sản xuất enzyme cytochrome (4, 8).Tuy nhiên, cytochrome hoạt động là đôi khi thể hiện khitrong số các chủng E. faecalis được trồng trên máu có chứa phương tiện,và một sự sôi nổi yếu quan sát thấy trong thử nghiệm catalase.Catalase tích cực kiểm tra cũng đã được báo cáo cho chủngcủa Enterococcus haemoperoxidus (10), Enterococcus silesiacus(11), và E. plantarum (12) khi trồng vào máucó agar phương tiện truyền thông. Đặt enterococcal chủng sản xuấtmột axit teichoic tế bào liên quan đến nhóm glycerol được xác địnhnhư của Lancefield serological nhóm D kháng nguyên. DNA G + Cnội dung bao gồm từ 32 đến 45 mol %. Kích thước bộ gentrong khoảng khoảng 2,3 để 5.4 Mb (13, 14, 15).Trình tự bộ gen hình ofE. faecalis V583 (16), Andy.c đầu tiênkháng Mycin isolate lâm sàng tại Hoa Kỳ, cómở nhiều dòng của các điều tra để cải thiện của chúng tôi theođứng về chi Enterococcus. Một loạt các Enterobộ gen coccus đang ở các giai đoạn khác nhau của phân tích, và một sốcó được hoàn toàn trình tự, theo thông tincó sẵn tại các trang web chuyên ngành và cơ sở dữ liệu, chẳng hạn như NCBI(http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov.elis.tmu.edu.tw/genome/? hạn = enterococcus), Broad viện (https://olive.-broadinstitute.org/projects/enterogenome), và Americó thể xã hội cho vi sinh vật học (http://genomea.asm.org/).Các chi khác của catalase âm Gram dươngcocci và đặc điểm phân biệt chúng từCác enterococci được thảo luận trong chương 22 và 24. Khôngkiểu hình tiêu chuẩn có sẵn để phân biệt rõ ràngthe genus Enterococcus unequivocally from other genera,since there are no particular characteristics that are commonto all enterococci. However, certain characteristics are usually found in the majority of the strains belonging to the

Kết quả (Việt) 2:

404 vi khuẩn
hình 1 Cây phát sinh dựa trên phân tích so sánh trình tự gen 16S rRNA
cho thấy mối quan hệ giữa các chủng loại của các loài trong chi Enterococcus.
Vagococcus fluvialis đã được sử dụng như một outgroup, và các giá trị bootstrap tại các nút được hiển thị như là
tỷ lệ phần trăm . Chấm đen cho thấy các loài đã được phân lập từ các nguồn nhân lực.
Doi: 10,1128 / 9781555817381.ch23.f1
moraviensis, và Enterococcus termitis, nhất enterococci hy
drolyze L-pyrrolidonyl-β-naphthylamide (PYR) bởi Sản Phẩm
ing pyrrolidonyl arylamidase (pyrrolidonase [ PYRase]). Re
sults cho cả LAP và thử nghiệm PYR, đặc biệt là đối với một số
các loài mới được mô tả nhiều hơn, có thể thay đổi theo
các phương pháp, bao gồm cả các định dạng thử nghiệm và phương tiện truyền thông được sử dụng
để phát triển các tế bào vi khuẩn. Một số loài rất hoạt lực (Entero
một thứ vi trùng casseliflavus và Enterococcus gallinarum), và một số
là sắc tố (E. casseliflavus, Enterococcus gilvus, Entero
một thứ vi trùng mundtii, E. pallens, Enterococcus plantarum, Enterococ
cus rotai, Enterococcus sulfureus, và Enterococcus ureilyticus)
(1 , 4, 5, 8). Các phương pháp được sử dụng để phát hiện các enterococcal
nhu động phải được lựa chọn cẩn thận, như sự khác biệt trong motil
ity do các thành phần của môi trường đã được con quỷ
strated (9). Enterococci là không thể tổng hợp porphyrin
và do đó không tạo ra các enzym cytochrome (4, 8).
Tuy nhiên, hoạt động của cytochrome đôi khi được thể hiện khi
các chủng E. faecalis được trồng trên trung bình trong máu có chứa,
và sủi yếu được quan sát thấy trong các catalase thử nghiệm.
thử nghiệm dương tính catalase cũng đã được báo cáo cho chủng
của Enterococcus haemoperoxidus (10), Enterococcus silesiacus
(11), và E. plantarum (12) khi trồng trên máu
có chứa môi trường agar. Hầu hết các chủng khuẩn đường ruột sản xuất
acid teichoic glycerol tế bào vách liên quan được xác định
là nhóm huyết thanh kháng nguyên D Lancefield 's. Các DNA G + C
nội dung nằm trong khoảng 32-45% mol. Các kích thước bộ gen là
trong phạm vi khoảng 2,3-5,4 Mb (13, 14, 15).
Genome sequencing ofe. faecalis V583 (16), vanco đầu tiên
Mycin chống phân lập lâm sàng tại Hoa Kỳ, đã
mở ra nhiều dòng điều tra để cải thiện của chúng tôi dưới
đứng về chi Enterococcus. Một loạt các Entero
bộ gen một thứ vi trùng ở các giai đoạn khác nhau của phân tích, và một số
đã được hoàn toàn giải trình tự, theo thông tin
có sẵn tại trang web chuyên ngành và cơ sở dữ liệu, chẳng hạn như NCBI
(http://0-www.ncbi.nlm.nih.gov .elis.tmu.edu.tw / gen /
term = Enterococcus), Viện Broad (https: //olive.-
broadinstitute.org/projects/enterogenome), và Ameri
thể Hiệp hội Vi sinh vật (http: // genomea .asm.org /).
Các chi khác của catalase âm Gram dương
cầu khuẩn và các đặc điểm phân biệt chúng từ
các enterococci được thảo luận trong chương 22 và 24. Không có
tiêu chí kiểu hình có sẵn để phân biệt rõ ràng
các chi Enterococcus dứt khoát từ chi khác ,
vì không có các đặc điểm cụ thể mà là phổ biến
cho tất cả các vi khuẩn ruột. Tuy nhiên, một số đặc điểm được USU
đồng minh tìm thấy trong phần lớn các chủng thuộc