VMD (Visual Molecular Dynamics) (Hu

VMD (Visual Molecular Dynamics) (Humphrey et al., 1996) is a molecular visualization and analysis program designed for biological systems such as proteins, nucleic acids, lipid bilayer assemblies, etc. It is developed by the Theoretical and Computational Biophysics Group at the University of Illinois at Urbana-Champaign. Among molecular graphics programs, VMD is unique in its ability to efficiently operate on multi-gigabyte molecular dynamics trajectories, its interoperability with a large number of molecular dynamics simulation packages, and its integration of structure and sequence information.

Key features of VMD include:

General 3-D molecular visualization with extensive drawing and coloring methods
Extensive atom selection syntax for choosing subsets of atoms for display
Visualization of dynamic molecular data
Visualization of volumetric data
Support for most molecular data file formats
No limits on the number of atoms, molecules, or trajectory frames, except available memory
Molecular analysis commands
Rendering high-resolution, publication-quality molecule images
Movie making capability
Building and preparing systems for molecular dynamics simulations
Interactive molecular dynamics simulations
Extensions to the Tcl/Python scripting languages
Extensible source code written in C and C++
This unit will serve as an introductory VMD tutorial. It is impossible to cover all of VMD’s capabilities in one unit; instead we will present several step-by-step examples of VMD’s basic features. Topics covered in this tutorial include visualizing molecules in three dimensions with different drawing and coloring methods, rendering publication-quality figures, animating and analyzing the trajectory of a molecular dynamics simulation, scripting in the text-based Tcl/Tk interface, and analyzing both sequence and structure data for proteins.

Kết quả (Việt) 1:

VMD (Visual Dynamics phân tử) (Humphrey và ctv., 1996) là một phân tử trực quan và phân tích chương trình được thiết kế cho các hệ thống sinh học như các protein, axit nucleic, lipid bilayer hội đồng, vv. Nó được phát triển bởi các thuyết và tính toán phân khoa lý sinh nhóm ở Đại học Illinois tại Urbana-Champaign. Trong số các chương trình đồ họa phân tử, VMD là duy nhất trong khả năng hiệu quả hoạt động trên động lực học phân tử đa gigabyte hnăm, khả năng tương tác của nó với một số lớn các gói mô phỏng động lực học phân tử, và của nó tích hợp thông tin về cấu trúc và thứ tự.Các tính năng chính của VMD bao gồm:Kiểu phân tử 3-D trực quan chung với rộng rãi vẽ và tô màu các phương phápRộng rãi nguyên tử lựa chọn cú pháp cho việc lựa chọn các tập con của nguyên tử để hiển thịKiểu trực quan của dữ liệu phân tử độngHình dung của thể tích dữ liệuHỗ trợ cho định dạng tập tin dữ liệu phân tử đặtKhông có giới hạn về số lượng nguyên tử, phân tử hoặc khung quỹ đạo, ngoại trừ bộ nhớ khả dụngPhân tích phân tử lệnhKết xuất hình ảnh độ phân giải cao, Ấn phẩm chất lượng phân tửBộ phim làm khả năngXây dựng và chuẩn bị hệ thống cho mô phỏng động lực học phân tửMô phỏng tương tác động lực học phân tửTiện ích mở rộng để các ngôn ngữ kịch bản Tcl/PythonMở rộng nguồn mã được viết bằng C/C++Đơn vị này sẽ phục vụ như một hướng dẫn VMD giới thiệu. Nó là không thể để trang trải tất cả khả năng của VMD trong một đơn vị; thay vào đó, chúng tôi sẽ trình bày một số ví dụ từng bước về tính năng cơ bản của VMD. Chủ đề được bảo hiểm trong hướng dẫn này bao gồm hình dung các phân tử trong không gian ba chiều với khác nhau vẽ và màu phương pháp, làm cho con số ấn phẩm chất lượng, animating và phân tích quỹ đạo của một mô phỏng động lực học phân tử, kịch bản trong giao diện Tcl/Tk dựa trên văn bản, và phân tích trình tự và cấu trúc dữ liệu cho protein.

Kết quả (Việt) 2:

VMD (Visual Molecular Dynamics) (Humphrey et al., 1996) là một hình dung và phân tích chương trình phân tử được thiết kế cho các hệ thống sinh học như protein, axit nucleic, cụm lớp kép lipid, vv Nó được phát triển bởi các lý thuyết và tính toán Lý sinh học Nhóm tại Đại học Illinois tại Urbana-Champaign. . Trong số các chương trình đồ họa phân tử, VMD là duy nhất trong khả năng của mình để có hiệu quả hoạt động trên đa gigabyte phân tử động quỹ đạo, khả năng tương tác của nó với một số lượng lớn các gói mô phỏng động lực phân tử, và hội nhập của cấu trúc và các thông tin trình tự tính năng chính của VMD bao gồm: chung visualization phân tử 3-D với các bản vẽ và tô màu các phương pháp mở rộng mở rộng cú pháp lựa chọn nguyên tử cho việc lựa chọn các tập con của các nguyên tử để hiển thị trực quan của động dữ liệu phân tử Hình ảnh của dữ liệu thể tích Hỗ trợ hầu hết các định dạng tập tin dữ liệu phân tử Không có giới hạn về số lượng của các nguyên tử, phân tử, hay quỹ đạo khung hình, ngoại trừ bộ nhớ có sẵn các lệnh phân tích phân tử Rendering độ phân giải cao, hình ảnh phân tử xuất bản-chất lượng phim làm cho khả năng xây dựng và chuẩn bị hệ thống động lực học phân tử mô phỏng tương tác động học phân tử mô phỏng mở rộng cho các ngôn ngữ kịch bản Tcl / Python mã nguồn Extensible viết bằng C và C ++ này đơn vị sẽ phục vụ như là một VMD hướng dẫn giới thiệu. Nó là không thể bao gồm tất cả các khả năng của VMD trong một đơn vị; thay vào đó, chúng tôi sẽ trình bày một số bước-by-step ví dụ về các tính năng cơ bản của VMD. Các chủ đề bao gồm trong hướng dẫn này hình dung các phân tử trong không gian ba chiều với các bản vẽ và tô màu các phương pháp khác nhau, khiến con số công bố chất lượng, hiệu ứng động và phân tích quỹ đạo của một mô phỏng động lực phân tử, kịch bản trong Tcl / Tk giao diện dựa trên văn bản, và phân tích cả hai chuỗi và dữ liệu cấu trúc protein.