In the zebrafish genome, like that

In the zebrafish genome, like that of mammals, the most abundant TEs are SINEs. About 68% (77,436 copies) of zebrafish TEs are intronic SINEs that belong to the HE1 family of SINEs; these HE1 SINEs comprise almost 10% of the zebrafish genome [41]. The HE1 are tRNA-derived SINEs with a 402-bp consensus sequence are also found in elasmobranches (the subclass of cartilaginous fish) [42]. The HE1 family is the oldest known family of SINEs, dated to 200 million years ago [42]. The HE1 SINEs were previously shown to be the source of mutational activity in the zebrafish genome and have been used as a tool for characterization of zebrafish populations [41]. SINEs have resulted in a substantial number of new exons (135 exons; Table 2) and 84.4% (114 exons) are derived from HE1 SINEs. Of the 114 cases of exonizations from HE1 elements, 69 insertions were in the sense orientation and 45 in the antisense orientation with respect to the coding sequence. These results suggest that there is no statistical preference for exonization in a specific orientation (χ2, P-value = 0.14). A typical SINE contains a poly(A) tail. Most exonizations originated from SINEs (Alu, B1, mammalian interspersed repeat (MIR)) are from elements inserted into introns in the antisense orientation relative to the coding sequence [10, 15, 16]. When SINEs with poly(A) insert into introns in the antisense orientation the poly(A) tail becomes a poly(U) in the mRNA precursor and thus can serve as a polypyrimidine tract for mRNA splicing [9]. The lack of a preference for exonization in a specific orientation of HE1 in zebrafish is presumably because of the absence of a poly(A) tail from the sequence of this SINE [43]. The tRNA-related, 5'-conserved regions of the HE1 element contain sequences that serve as 3' and 5' splice sites (Figure 5a). When a sense HE1 region is exonized, the exonization is within the 5' conserved area, whereas exonizations from HE1 elements in the antisense orientation encompass the entire HE1 sequence (Figure 5). Finally, DNA repeat elements are also substantial contributors of new exons in zebrafish (109 exons; Table 2). The exonization of DNA repeats is not biased to one of the orientations (χ2, P-value = 0.13).

Kết quả (Việt) 1:

Trong gen zebrafish, tương tự như động vật có vú, TEs phổ biến nhất là SINEs. Khoảng 68% (77,436 bản) zebrafish TEs là SINEs intronic thuộc về gia đình HE1 của SINEs; Các HE1 SINEs chiếm gần 10% bộ gen zebrafish [41]. HE1 là những nguồn gốc SINEs với một chuỗi các sự đồng thuận 402-bp cũng được tìm thấy trong elasmobranches (phân lớp cá sụn) [42]. HE1 là trong gia đình được biết đến lâu đời nhất của SINEs, niên đại 200 triệu năm trước [42]. HE1 SINEs trước đó đã thể hiện là nguồn gốc của các hoạt động mutational trong zebrafish gen và đã được sử dụng như một công cụ cho các đặc tính của dân số zebrafish [41]. SINEs dẫn tới một số lượng đáng kể của mới exon (135 exon; Bảng 2) và 84.4% (114 exon) có nguồn gốc từ HE1 SINEs. 114 trường hợp exonizations từ HE1 nguyên tố 69 insertions đã định hướng tinh thần và 45 trong định hướng antisense đối với các trình tự mã hóa. Những kết quả này cho thấy rằng không là không có ưu tiên thống kê cho exonization trong một hướng cụ thể (χ2, P-value = 0,14). SIN điển hình có đuôi poly(A). Hầu hết exonizations có nguồn gốc từ SINEs (Alu, B1, động vật có vú xen kẽ lặp lại (MIR)) là yếu tố đưa vào introns antisense hướng so với các trình tự mã hóa [10, 15, 16]. Khi SINEs với poly(A) đưa vào introns trong định hướng antisense poly(A) đuôi sẽ trở thành một poly(U), tiền thân của mRNA và do đó có thể phục vụ như là một polypyrimidine hóa cho mRNA chế [9]. Việc thiếu một ưu tiên cho exonization trong một hướng cụ thể của HE1 trong zebrafish là có lẽ là do sự vắng mặt của một cái đuôi poly(A) từ trình tự này SIN [43]. Các vùng liên quan đến những, 5'-bảo toàn nguyên tố HE1 có trình tự phục vụ như là 3' và 5' ghép các trang web (hình 5a). Khi một khu vực nghĩa HE1 exonized, exonization là trong 5' bảo toàn khu vực, trong khi exonizations từ HE1 yếu tố trong việc định hướng antisense bao gồm toàn bộ HE1 chuỗi (hình 5). Cuối cùng, ADN lặp lại yếu tố cũng là những người đóng góp đáng kể của mới exon trong zebrafish (109 exon; Bảng 2). Exonization ADN lặp đi lặp lại không thành kiến để một trong những định hướng (χ2, P-value = 0,13).

Kết quả (Việt) 2:

Trong bộ gen cá ngựa vằn, giống như của động vật có vú, các TE phong phú nhất là sin. Khoảng 68% (77.436 bản) của TE cá ngựa vằn sin intronic thuộc về gia đình HE1 sin; những HE1 sin bao gồm gần 10% bộ gen của cá ngựa vằn [41]. Các HE1 được tRNA có nguồn gốc từ sin với một chuỗi 402-bp sự đồng thuận cũng được tìm thấy trong elasmobranches (phân lớp cá sụn) [42]. Các gia đình HE1 là gia đình được biết đến lâu đời nhất của sin, ngày đến 200 triệu năm trước [42]. Các HE1 sin trước đây đã được chứng minh là nguồn gốc của hoạt động biến đổi trong hệ gen của cá ngựa vằn và đã được sử dụng như một công cụ để mô tả đặc điểm của các quần thể cá ngựa vằn [41]. Sin đã dẫn đến một số lượng đáng kể các exon mới (135 exon; Bảng 2) và 84,4% (114 exon) có nguồn gốc từ HE1 sin. Trong số 114 trường hợp exonizations từ các yếu tố HE1, 69 chèn là trong định hướng ý thức và 45 trong định hướng antisense đối với các trình tự mã hóa với. Những kết quả này gợi ý rằng không có ưu tiên thống kê cho exonization trong một định hướng cụ thể (χ2, P-value = 0,14). Một điển hình SINE chứa poly (A) đuôi. Hầu hết exonizations có nguồn gốc từ sin (Alu, B1, động vật có vú lặp lại xen kẽ (MIR)) là từ yếu tố đưa vào intron trong định hướng antisense tương đối so với các trình tự mã hóa [10, 15, 16]. Khi sin với poly (A) chèn vào intron trong định hướng antisense poly (A) đuôi trở thành một poly (U) trong tiền thân mRNA và do đó có thể phục vụ như là một đường polypyrimidine cho mRNA nối [9]. Việc thiếu một ưu đãi cho exonization trong một định hướng cụ thể của HE1 ở cá ngựa vằn có lẽ là vì sự vắng mặt của một poly (A) đuôi từ chuỗi các SINE này [43]. Các vùng tRNA liên quan, 5'-bảo tồn các yếu tố HE1 chứa các trình tự phục vụ như là 3 'và 5' các trang web hàn (Hình 5a). Khi một cảm giác vùng HE1 được exonized, các exonization nằm trong khu vực bảo tồn 5 ', trong khi exonizations từ các yếu tố HE1 trong định hướng antisense bao gồm toàn bộ chuỗi HE1 (Hình 5). Cuối cùng, các yếu tố DNA lặp lại cũng đóng góp đáng kể của exon mới ở cá ngựa vằn (109 exon; Bảng 2). Các exonization DNA lặp đi lặp lại là không thiên về một trong những định hướng (χ2, P-value = 0,13).