Abstract The completion of whole ge

Abstract
The completion of whole genome sequence of rice (Oryza sativa) has significantly accelerated functional genomics
studies. Prior to the release of the sequence, only a few genes were assigned a function each year. Since
sequencing was completed in 2005, the rate has exponentially increased. As of 2014, 1,021 genes have been
described and added to the collection at The Overview of functionally characterized Genes in Rice online database
(OGRO). Despite this progress, that number is still very low compared with the total number of genes estimated in
the rice genome. One limitation to progress is the presence of functional redundancy among members of the
same rice gene family, which covers 51.6 % of all non-transposable element-encoding genes. There remain a
significant portion or rice genes that are not functionally redundant, as reflected in the recovery of loss-of-function
mutants. To more accurately analyze functional redundancy in the rice genome, we have developed a
phylogenomics databases for six large gene families in rice, including those for glycosyltransferases, glycoside
hydrolases, kinases, transcription factors, transporters, and cytochrome P450 monooxygenases. In this review, we
introduce key features and applications of these databases. We expect that they will serve as a very useful guide in
the post-genomics era of research.

Kết quả (Việt) 1:

Tóm tắt Hoàn thành toàn bộ bộ gen chuỗi gạo (Oryza sativa) đáng kể đã tăng tốc chức năng genomics nghiên cứu. Trước khi phát hành trình tự, chỉ một vài gen đã được chỉ định một chức năng mỗi năm. Kể từ trình tự đã được hoàn thành vào năm 2005, mức đã tăng lên theo cấp số nhân. Theo năm 2014, 1.021 gen đã Mô tả và thêm vào bộ sưu tập The tổng quan về các chức năng đặc trưng gien trong cơ sở dữ liệu trực tuyến gạo (OGRO). Mặc dù sự tiến bộ này, số vẫn là rất thấp so với tổng số gen ước tính trong bộ gen gạo. Một trong những hạn chế để tiến bộ là sự hiện diện của chức năng dự phòng trong số các thành viên của các gen gia đình, trong đó bao gồm 51,6% của tất cả phòng không transposable mã hóa yếu tố gen gạo như nhau. Có vẫn còn một quan trọng phần hoặc gạo gen mà không phải là chức năng dự phòng, như được phản ánh trong phục hồi của mất chức năng người đột biến. Để chính xác hơn phân tích chức năng dự phòng trong bộ gen gạo, chúng tôi đã phát triển một phylogenomics cơ sở dữ liệu cho các gia đình lớn gen sáu trong gạo, bao gồm cả những người glycosyltransferases, glycoside hydrolases, kinase, yếu tố phiên mã, vận chuyển, và cytochrome P450 monooxygenases. Trong này xem xét, chúng tôi giới thiệu các tính năng chính và các ứng dụng của các cơ sở dữ liệu. Chúng tôi hy vọng rằng họ sẽ phục vụ như một hướng dẫn rất hữu ích trong thời đại bài-gen của nghiên cứu.

Kết quả (Việt) 2:

Tóm tắt
Việc hoàn thành toàn bộ trình tự bộ gen của lúa (Oryza sativa) đã tăng tốc đáng kể gen chức năng
nghiên cứu. Trước khi phát hành các trình tự, chỉ có một vài gen đã được giao một chức năng mỗi năm. Kể từ khi
trình tự đã được hoàn thành vào năm 2005, tỷ lệ tăng theo cấp số nhân đã. Tính đến năm 2014, 1.021 gene đã được
mô tả và thêm vào bộ sưu tập tại The Tổng quan về gen có chức năng đặc trưng trong cơ sở dữ liệu trực tuyến Rice
(OGRO). Mặc dù sự tiến bộ này, con số đó vẫn còn rất thấp so với tổng số các gen ước tính trong
bộ gen của lúa. Một hạn chế để tiến bộ là sự hiện diện của sự dư thừa chức năng giữa các thành viên của
gia đình gen lúa giống, trong đó bao gồm 51,6% của tất cả các yếu tố gen mã hóa không chuyển vị. Vẫn còn một
phần hoặc gạo gen đáng kể mà không phải là chức năng không cần thiết, như được phản ánh trong việc thu hồi mất-of-chức năng
đột biến. Để phân tích chính xác hơn dư thừa chức năng trong hệ gen của lúa, chúng tôi đã phát triển một
cơ sở dữ liệu phylogenomics cho sáu gia đình gen lớn trong gạo, kể cả glycosyltransferases, glycoside
hydrolases, kinase, các yếu tố phiên mã, vận chuyển, và monooxygenases cytochrome P450. Trong xem xét này, chúng tôi
giới thiệu các tính năng chính và các ứng dụng của các CSDL. Chúng tôi hy vọng rằng họ sẽ phục vụ như một hướng dẫn rất hữu ích trong
thời kỳ hậu-gen của nghiên cứu.