Lactobacillus casei is remarkably a

Lactobacillus casei is remarkably adaptable to diverse habitats and widely used in the food industry. To reveal the genomic features that contribute to its broad ecological adaptability and examine the evolution of the species, the genome sequence of L. casei ATCC 334 is analyzed and compared with other sequenced lactobacilli. This analysis reveals that ATCC 334 contains a high number of coding sequences involved in carbohydrate utilization and transcriptional regulation, reflecting its requirement for dealing with diverse environmental conditions. A comparison of the genome sequences of ATCC 334 to L. casei BL23 reveals 12 and 19 genomic islands, respectively. For a broader assessment of the genetic variability within L. casei, gene content of 21 L. casei strains isolated from various habitats (cheeses, n = 7; plant materials, n = 8; and human sources, n = 6) was examined by comparative genome hybridization with an ATCC 334-based microarray. This analysis resulted in identification of 25 hypervariable regions. One of these regions contains an overrepresentation of genes involved in carbohydrate utilization and transcriptional regulation and was thus proposed as a lifestyle adaptation island. Differences in L. casei genome inventory reveal both gene gain and gene decay. Gene gain, via acquisition of genomic islands, likely confers a fitness benefit in specific habitats. Gene decay, that is, loss of unnecessary ancestral traits, is observed in the cheese isolates and likely results in enhanced fitness in the dairy niche. This study gives the first picture of the stable versus variable regions in L. casei and provides valuable insights into evolution, lifestyle adaptation, and metabolic diversity of L. casei.

Kết quả (Việt) 1:

Lactobacillus casei là khá thích nghi với môi trường sống đa dạng và sử dụng rộng rãi trong ngành công nghiệp thực phẩm. Tiết lộ những tính năng gen mà đóng góp vào khả năng thích ứng sinh thái rộng và kiểm tra sự tiến triển của các loài, trình tự bộ gen của L. casei ATCC 334 phân tích và so sánh với khác lactobacilli nói. Phân tích này cho thấy rằng ATCC 334 có chứa một số cao mã hóa trình tự liên quan đến sử dụng các carbohydrate và transcriptional quy định, phản ánh của nó yêu cầu để đối phó với điều kiện môi trường khác nhau. Một so sánh chuỗi bộ gen của ATCC 334 để L. casei BL23 cho thấy quần đảo gen 12 và 19, tương ứng. Một đánh giá rộng hơn của biến đổi di truyền trong vòng L. casei, gene nội dung của 21 L. casei chủng phân lập từ môi trường sống khác nhau (pho-mát, n = 7; nhà máy vật liệu, n = 8; và con người các nguồn, n = 6) đã được kiểm tra bằng cách so sánh bộ gen lai ghép với microarray dựa trên ATCC 334. Phân tích này dẫn đến việc xác định các khu vực hypervariable 25. Một trong những khu vực này chứa một overrepresentation gen liên quan đến sử dụng các carbohydrate và transcriptional quy định và vì thế được đề xuất như là một hòn đảo thích nghi lối sống. Sự khác biệt trong L. casei gen kho tiết lộ gen tăng và gen phân rã. Gene đạt được, thông qua việc mua lại của gen đảo, khả năng confers một lợi ích thể dục trong môi trường sống cụ thể. Gen phân rã, có nghĩa là, mất của tổ tiên những đặc điểm không cần thiết, được quan sát thấy trong pho mát chủng và khả năng kết quả trong tăng cường thể dục thích hợp sữa. Nghiên cứu này cho hình ảnh đầu tiên của ổn định so với các vùng biến ở L. casei và cung cấp những hiểu biết có giá trị vào tiến hóa, lối sống thích nghi, và sự đa dạng trao đổi chất của L. casei.

Kết quả (Việt) 2:

Lactobacillus casei là đáng kể khả năng thích nghi với môi trường sống đa dạng và được sử dụng rộng rãi trong ngành công nghiệp thực phẩm. Để tiết lộ các tính năng di truyền góp phần vào khả năng thích nghi sinh thái rộng lớn của nó và kiểm tra sự tiến hóa của các loài động, trình tự bộ gen của L. casei ATCC 334 được phân tích và so sánh với lactobacilli trình tự khác. Phân tích này cho thấy rằng ATCC 334 có chứa một số lượng lớn các trình tự mã hóa có liên quan đến việc sử dụng carbohydrate và quy chế phiên mã, phản ánh yêu cầu của mình để đối phó với điều kiện môi trường khác nhau. Một sự so sánh trình tự gen của ATCC 334 L. casei BL23 lộ 12 và 19 hòn đảo của bộ gen, tương ứng. Đối với một đánh giá rộng hơn về các biến đổi di truyền trong L. casei, lượng gen của 21 L. casei chủng phân lập từ môi trường sống khác nhau (pho mát, n = 7; nhà máy vật liệu, n = 8; và nguồn nhân lực, n = 6) đã được kiểm tra bởi lai tạo gen so sánh với một microarray ATCC 334 dựa trên. Phân tích này dẫn đến việc xác định 25 vùng hypervariable. Một trong những khu vực này có chứa một tình trạng quá tải của các gen liên quan đến việc sử dụng carbohydrate và quy chế phiên mã và do đó đã đề xuất như là một hòn đảo thích ứng phong cách sống. Sự khác biệt về hàng tồn kho L. casei hệ gen tiết lộ được cả gen và sâu gen. tăng Gene, thông qua việc mua lại các hòn đảo của bộ gen, có khả năng đem lại lợi ích tập thể dục trong môi trường sống cụ thể. sâu gen, đó là, sự mất mát của các tính trạng của tổ tiên không cần thiết, được quan sát thấy trong pho mát cô lập và kết quả có khả năng trong tăng cường tập thể dục trong niche sữa. Nghiên cứu này cho hình ảnh đầu tiên của ổn định so với vùng biến trong L. casei và cung cấp thông tin giá trị vào sự tiến hóa, thích ứng lối sống, và sự đa dạng hóa của L. casei.