M. Mitra,1 S. Taraphder,1 G. S. Son

M. Mitra,1 S. Taraphder,1 G. S. Sonawane,2 and A. Verma2
1Department of Animal Genetics and Breeding, Faculty of Veterinary and Animal Sciences,
West Bengal University of Animal and Fishery Sciences, 37768 Kshudiram Bose Sarani, West Bengal, Kolkata 700037, India
2Dairy Cattle Breeding Division, NDRI, Karnal-132001, Haryana, India
Correspondence should be addressed to S. Taraphder, [e-mail]
Received 22 November 2011; Accepted 15 December 2011
Academic Editors: A. J. Molenaar and O. N. Ozoline
Copyright © 2012 M. Mitra et al. This is an open access article distributed under the Creative Commons Attribution License,
which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original work is properly cited.
Toll-like receptor-4 (TLR-4) has an important pattern recognition receptor that recognizes endotoxins associated with gram
negative bacterial infections. The present investigation was carried out to study nucleotide sequencing and SNP detection by
PCR-RFLP analysis of the TLR-4 gene in Murrah buffalo. Genomic DNA was isolated from 102 lactating Murrah buffalo from
NDRI herd. The amplified PCR fragments of TLR-4 comprised of exon 1, exon 2, exon 3.1, and exon 3.2 were examined to
RFLP. PCR products were obtained with sizes of 165, 300, 478, and 409 bp. TLR-4 gene of investigated Murrah buffaloes was
highly polymorphic with AA, AB, and BB genotypes as revealed by PCR-RFLP analysis using Dra I, Hae III, and Hinf I REs.
Nucleotide sequencing of the amplified fragment of TLR-4 gene of Murrah buffalo was done. Twelve SNPs were identified. Six
SNPs were nonsynonymous resulting in change in amino acids. Murrah is an indigenous Buffalo breed and the presence of the
nonsynonymous SNP is indicative of its unique genomic architecture. Sequence alignment and homology across species using
BLAST analysis revealed 97%, 97%, 99%, 98%, and 80% sequence homology with Bos taurus, Bos indicus, Ovis aries, Capra hircus,
and Homo sapiens, respectively

Kết quả (Việt) 1:

M. Mitra, 1 S. Taraphder, 1 G. S. Sonawane, 2 và A. Verma21Department của di truyền học động vật và chăn nuôi, khoa thú y và khoa học động vật,Tây Bengal đại học khoa học thuỷ sản và động vật, 37768 Kshudiram Bose Sarani, Tây Bengal, Kolkata 700037, Ấn Độ2Dairy gia súc chăn nuôi Division, NDRI, Karnal-132001, Haryana, Ấn ĐộThư cần được giải quyết để S. Taraphder, [e-mail]ận được 22 tháng 11 năm 2011; Được chấp nhận ngày 15 tháng 12 năm 2011Học tập biên tập: A. J. Molenaar và O. N. OzolineBản quyền © 2012 M. Mitra et al. Đây là một bài viết mở truy cập phân phối theo giấy phép Creative Commons Ghi công,mà cho phép không bị giới hạn sử dụng, phân phối và sinh sản trong môi trường bất kỳ, cung cấp tác phẩm gốc trích dẫn đúng cách.Toll-like receptor-4 (TLR-4) có một thụ thể công nhận mô hình quan trọng công nhận endotoxins kết hợp với gamnhiễm trùng do vi khuẩn tiêu cực. Hiện nay điều tra được tiến hành nghiên cứu trình tự nucleotide và SNP phát hiện bởiĐảng Cộng sản Romania-RFLP các phân tích của gen TLR-4 Murrah buffalo. Gen DNA được cô lập từ 102 buffalo Murrah cho con bú từNDRI đàn. Các mảnh vỡ PCR khuếch đại của TLR-4 bao gồm exon 1, exon 2, exon 3.1 và exon 3.2 đã được kiểm tra đểRFLP. Đảng Cộng sản Romania sản phẩm đã thu được với kích thước của 165, 300, 478, và 409 bp. TLR-4 gen của tra Murrah trâu làcao bướu với AA, AB, và kiểu gen BB như tiết lộ bởi Đảng Cộng sản Romania-RFLP phân tích bằng cách sử dụng Dra I, Hae III, và Hinf I REs.Nucleotide trình tự của các đoạn khuếch đại của TLR-4 gen đầu của Murrah đã được thực hiện. Mười hai SNPs đã được xác định. SáuSNPs đã nonsynonymous kết quả là sự thay đổi trong các axit amin. Murrah là một giống Buffalo bản địa và sự hiện diện của cácnonsynonymous SNP là chỉ của kiến trúc gen độc đáo của nó. Chuỗi liên kết và tính tương đồng trên loài sử dụngVụ nổ phân tích cho thấy 97%, 97%, 99%, 98% và 80% chuỗi tương đồng với Bos taurus, Bos indicus, Ovis aries, Capra hircus,và Homo sapiens, tương ứng

Kết quả (Việt) 2:

M. Mitra, 1 S. Taraphder, 1 GS Sonawane, 2 và A. Verma2
1Khoa Thú Di truyền học và Chăn nuôi, Khoa học và Khoa học động vật,
West Bengal Đại học Thú và Khoa học Thuỷ sản, 37.768 Kshudiram Bose Sarani, West Bengal, Kolkata 700.037, Ấn Độ
2Dairy Gia súc Nuôi Division, Ndri, Karnal-132.001, Haryana, Ấn Độ
Correspondence cần được giải quyết để S. Taraphder, [e-mail]
nhận ngày 22 Tháng 11 năm 2011; Được chấp nhận ngày 15 Tháng 12 2011
Academic Biên tập: AJ Molenaar và ON Ozoline
Copyright © 2012 M. Mitra et al. Đây là một bài báo truy cập mở được phân phối theo Giấy phép Creative Commons Ghi công,
cho phép sử dụng không hạn chế, phân phối và sinh sản bằng mọi phương tiện, cung cấp các tác phẩm gốc được trích dẫn đúng cách.
Toll-like receptor-4 (TLR-4) có một mô hình quan trọng công nhận thụ thể nhận ra nội độc tố kết hợp với gam
nhiễm khuẩn tiêu cực. Điều tra này được tiến hành để nghiên cứu giải trình tự nucleotide và phát hiện SNP bằng
phân tích PCR-RFLP của gen TLR-4 trong Murrah trâu. ADN hệ gen được phân lập từ 102 con bú Murrah trâu từ
Ndri đàn. Các mảnh vỡ PCR khuếch đại của TLR-4 bao gồm các exon 1, 2 exon, exon 3.1, và exon 3.2 đã được kiểm tra để
RFLP. Sản phẩm PCR đã thu được với kích thước là 165, 300, 478, và 409 bp. TLR-4 gen của điều tra trâu Murrah là
rất đa hình với AA, AB, và BB kiểu gen như tiết lộ của phân tích PCR-RFLP sử dụng Dra tôi, Hae III, và Hinf tôi REs.
Nucleotide trình tự của đoạn khuếch đại của TLR-4 gen của Murrah trâu đã được thực hiện. Mười hai SNPs đã được xác định. Sáu
SNPs là nonsynonymous dẫn đến sự thay đổi trong các axit amin. Murrah là một giống chó bản địa Buffalo và sự hiện diện của
SNP nonsynonymous là biểu hiện của kiến trúc di truyền độc đáo của nó. Chuỗi liên kết và tương đồng giữa các loài sử dụng
phân tích BLAST tiết lộ 97%, 97%, 99%, 98%, và 80% trình tự tương đồng với Bos taurus, Bos indicus, Ovis aries, Capra hircus,
và Homo sapiens, tương ứng