Applying a phylogenomics approach t

Applying a phylogenomics approach to estimate functional redundancy within a gene family
To demonstrate the functionality of the phylogenomics
databases, we obtained relevant information, including
anatomical meta-expression data in a phylogenetic con-
text, for the aquaporin gene family (Fig. 3) (Nguyen et al.
2013). The functions of five aquaporin gene members
have been characterized via loss-of-function studies.

Page 5 of 7



Three of the aquaporin gene family members belong to
the Nodulin-26 like Intrinsic Protein (NIP) subfamily
and two are in the Plasma membrane Intrinsic Protein
(PIP) subfamily. One gene, Low silicon rice1 (Lsi1)
(LOC_Os02g51110), in the NIP subfamily, has been dem-
onstrated to play a role in Si uptake in roots. Anatomical
meta-expression data indicate that NIPs show root-
preferential patterns of expression that are well-matched
with their biological functions. For example, Lsi6 is
closely linked to Lsi1 and is involved in Si translocation
from roots to shoots. Anatomical meta-expression data re-
veal that Lsi6 is highly expressed in the root, shoot, leaf,
and palea/lemma tissues. Integrated meta-expression data
confirms previous reports of distinct functional roles for
Lsi1 and Lsi6.

Kết quả (Việt) 1:

Áp dụng một cách tiếp cận phylogenomics để ước tính các dự phòng chức năng trong một gia đình genĐể chứng minh các chức năng của các phylogenomics cơ sở dữ liệu, chúng tôi có được thông tin liên quan, bao gồm cả giải phẫu meta-biểu hiện dữ liệu trong một phát sinh loài côn-văn bản, cho gia đình gen aquaporin (hình 3) (Nguyễn et al. 2013). các chức năng của năm aquaporin gen thành viên có đặc điểm thông qua nghiên cứu mất chức năng. Trang 5 của 7Ba trong số các thành viên gia đình gen aquaporin thuộc về Nodulin-26 như phân họ nội tại Protein (New) và hai là trong Protein nội tại màng Phân họ (PIP). Một gien, thấp silic rice1 (Lsi1) (LOC_Os02g51110), trong phân họ NIP đã là dem -onstrated đóng một vai trò trong Si hấp thu ở gốc. Giải phẫu biểu hiện meta dữ liệu chỉ ra rằng NIPs Hiển thị gốc-Mô hình ưu đãi của biểu thức được đầy đủ phù hợp với chức năng sinh học của họ. Ví dụ, Lsi6 là chặt chẽ liên kết với Lsi1 và tham gia vào Si translocation từ nguồn gốc cành. Giải phẫu meta-biểu hiện dữ liệu re-bê Lsi6 cao được thể hiện trong bắn, gốc, lá, và palea/bổ đề mô. Dữ liệu tích hợp meta-biểu hiện xác nhận các báo cáo trước đó của vai trò chức năng riêng biệt Lsi1 và Lsi6.

Kết quả (Việt) 2:

Áp dụng một cách tiếp cận phylogenomics để ước tính dư thừa chức năng trong một gia đình gen
Để chứng minh các chức năng của phylogenomics
cơ sở dữ liệu, chúng tôi thu được các thông tin có liên quan, bao gồm cả
dữ liệu meta-biểu hiện của cơ thể ở một con- phát sinh loài
văn bản, cho gia đình gen aquaporin (Fig. 3) ( Nguyen et al.
2013). Các chức năng của các thành viên gen năm aquaporin
đã được đặc trưng qua mất mát-of-chức năng nghiên cứu. Trang 5 của 7 Ba của gen aquaporin các thành viên gia đình thuộc các Nodulin-26 như Protein nội tại (NIP) phân họ và hai là trong màng plasma Intrinsic Protein (PIP) phân họ. Một gen, Low rice1 silicon (Lsi1) (LOC_Os02g51110), trong phân họ NIP, đã được dem- onstrated để chơi một vai trò trong sự hấp thu Si trong rễ. Giải phẫu dữ liệu meta-biểu hiện cho thấy NIPS thấy root- mẫu ưu đãi của biểu thức đó cũng được kết hợp với các chức năng sinh học của họ. Ví dụ, Lsi6 được liên kết chặt chẽ với Lsi1 và được tham gia vào Si chuyển vị từ rễ cây để bắn. Dữ liệu giải phẫu meta-biểu hiện tái bê mà Lsi6 là rất cao thể hiện trong thư mục gốc, bắn, lá, và các mô palea / Bổ đề. Tích hợp dữ liệu meta-biểu khẳng định báo cáo trước của vai trò chức năng riêng biệt cho Lsi1 và Lsi6.