2.1. Sequence processingIn this stu

2.1. Sequence processing
In this study, the sequences were processed using mothur, a soft-ware package with less computational demands [21]. Analysis of theraw data indicated that the reads covered V3 region successfully
(size ranged ~ 200 bp). Forward and reverse reads were merged and
N99% were overlapped at V3 region using the mothur pipeline (Refer
supplementary Figs. S1, S2 and Table 2). The merged sequences were
further processed. According to Huse et al. [22], accumulation of errors
within a rather small subset of 454 readsmay occur hence itwas neces-
sary to remove reads with ambiguous base calls (Ns), unusual or unex-
pected length, low quality scores or those that cannot be aligned to the
gene of interest (assumed to be unspecific PCR products) [22,23].Reads
were trimmed based on quality scores, singletons (sequence reads that
occur only once) are removed from the datasets to further reduce the
error rate [9].
The mothur “seqNoise algorithm” incorporated with UCHIME
further removed chimeric sequences originated during PCR (5–45% of
PCR product) [24,25]. UCHIME was reported to perform best in a com-
parative study where a reference databasewas used [26]. Critical analy-
ses of different denoising tools demonstrated that parameters have to
be chosen very carefully so as not to introduce bias by readmodification
during the generation of representative consensus reads.Hence,mothur
which combined the above analyses such as OTU clustering, taxonomy
assignment and multiple sample comparison, has been considered
to be more appropriate or the UPARSE pipeline [26,13,27] for OTU
estimation. The resulting merged sequences and processing details are
shown in Tables 2 and 3 and supplementary Table S1.

Kết quả (Việt) 2:

2.1. Xử lý chuỗi
Trong nghiên cứu này, các chuỗi được xử lý bằng mothur, một gói mềm-ware với nhu cầu tính toán ít hơn [21]. Phân tích theraw dữ liệu chỉ ra rằng lần đọc vùng V3 được bảo hiểm thành công
(kích thước dao động ~ 200 bp). Về phía trước và ngược lần đọc được sáp nhập và
N99% bị chồng chéo tại khu vực V3 sử dụng các đường ống dẫn mothur (Tham khảo
Figs bổ sung. S1, S2 và bảng 2). Các trình tự sáp nhập đã được
xử lý thêm. Theo Huse et al. [22], sự tích tụ của các lỗi
trong một tập hợp con nhỏ hơn 454 readsmay xảy ra do đó itwas neces-
thiết để loại bỏ đọc với các cuộc gọi rõ ràng cơ sở (Ns), bất thường hoặc unex-
dài ngờ, điểm chất lượng thấp hoặc những người mà có thể không được liên kết với
gen quan tâm (giả định là unspeci fi sản phẩm c PCR) [22,23] .Reads
được tỉa dựa trên điểm số chất lượng, độc thân (tự đọc mà
chỉ xảy ra một lần) được loại bỏ khỏi bộ dữ liệu để tiếp tục giảm
tỷ lệ lỗi [9].
các mothur "thuật toán seqNoise" kết hợp với UCHIME
chuỗi khảm loại bỏ thêm nguồn gốc trong PCR (5-45% các
sản phẩm PCR) [24,25]. UCHIME đã được báo cáo để thực hiện tốt nhất trong một đồng
nghiên cứu parative nơi một databasewas tham khảo được sử dụng [26]. Analy- Critical
ses công cụ giảm nhiễu khác nhau chứng minh rằng các thông số phải
được lựa chọn rất cẩn thận để không làm ra sai lệch bởi cation fi readmodi
trong thế hệ của sự đồng thuận đại diện reads.Hence, mothur
mà kết hợp các phân tích ở trên như OTU phân nhóm, phân loại
phân và nhiều so sánh mẫu, đã được coi
là thích hợp hơn hoặc các đường ống dẫn UPARSE [26,13,27] cho OTU
dự toán. Các trình tự và chi tiết xử lý sáp nhập kết quả được
thể hiện trong bảng 2 và 3 và bổ sung Bảng S1.