Solution structure and functional c

Solution structure and functional characterization of human plasminogen kringle 5.

Marcos D Battistel, Alexander Grishaev, Seong Soo A An, Francis J Castellino, Miguel Llinás
Department of Chemistry, Carnegie Mellon University, 4400 Fifth Avenue, Pittsburgh, Pennsylvania 15213, USA.
Biochemistry (Impact Factor: 3.38). 10/2009; 48(43):10208-19. DOI:10.1021/bi901433n
Source: PubMed
ABSTRACT The ligand binding properties of the kringle 5 (K5) domain of human plasminogen have been investigated via intrinsic tryptophan fluorescence. The oleic acid (OA) affinity for K5 was quantified, yielding an association constant K(a) approximately 2.08 x 10(4) mM(-1). Simultaneously, it was determined that OA and trans-4-(aminomethyl)cyclohexanecarboxylic acid (AMCHA) (K(a) approximately 50 mM(-1)) compete for binding to K5. The solution structure of K5 in the presence of 11 mM AMCHA was solved via NMR spectroscopy (protein heavy atom RMSD approximately 0.93 +/- 0.12 A). The AMCHA binding site was localized via (1)H/(15)N chemical shift perturbation mapping assisted by in silico docking. We have found that AMCHA binds at the canonical kringle lysine binding site (LBS), structured by the Pro54-Gly60 segment plus the neighboring Phe36, Thr37, Trp62, Leu71, and Tyr72 residues. The segment 30-42, encompassing LBS residues, appears to be endowed with a higher degree of structural flexibility as suggested by the relatively lower value of S(2), the generalized order parameter, consistent with a higher backbone heavy atom RMSD of approximately 1.22 A (vs 0.84 A overall) between the two monomeric units in the crystal unit cell, of potential significance for ligand binding. OA was found to perturb the same area of the protein, namely, the LBS, as well as Tyr74. Combined with previous studies, the observation of OA binding expands the range of ligands that interact with kringle 5 while it widens the scope of potential biological functions for kringle domains.

Kết quả (Việt) 1:

Giải pháp cấu trúc và các đặc tính chức năng của con người plasminogen kringle 5.

Marcos D Battistel, Alexander Grishaev, Seong để một An, Francis J Castellino, Miguel Llinás
vùng hóa học, đại học Carnegie Mellon, 4400 Fifth Avenue, Pittsburgh, Pennsylvania 15213, Hoa Kỳ.
hóa sinh (yếu tố tác động: 3,38). 10 tháng tư năm 2009; 48 (43): 10208-19. Doi:10.1021 / bi901433n
nguồn: PubMed
Tóm tắt phối tử ràng buộc thuộc tính của kringle 5 (K5) miền của con người plasminogen đã được nghiên cứu thông qua nội tại tryptophan huỳnh quang. Ái lực oleic acid (OA) cho K5 định lượng, năng suất một hiệp hội liên tục K(a) khoảng 2,08 x 10(4) mM(-1). Đồng thời, nó đã được xác định rằng viêm khớp và trans - 4-(aminomethyl) cyclohexanecarboxylic acid (AMCHA) (K(a) khoảng 50 mM(-1)) cạnh tranh cho các ràng buộc để K5. Cấu trúc giải pháp của K5 sự hiện diện của 11 mM AMCHA đã được giải quyết thông qua phổ NMR (protein nặng atom RMSD khoảng 0,93 /-0,12 A). Trang web ràng buộc AMCHA được bản địa hoá thông qua (1) H / (15) N hóa học thay đổi ánh xạ nhiễu loạn sự hỗ trợ của trong silico lắp ghép. Chúng tôi đã tìm thấy rằng AMCHA liên kết tại kinh điển kringle lysine ràng buộc trang web (LBS), cấu trúc của các phân đoạn Pro54-Gly60 cộng với các dư lượng giáp ranh Phe36, Thr37, Trp62, Leu71, và Tyr72. Các phân đoạn 30-42, bao gồm dư lượng LBS, dường như được ưu đãi với một mức độ cao hơn của cấu trúc linh hoạt theo đề nghị của giá trị tương đối thấp hơn của S(2), các tham số thứ tự tổng quát, phù hợp với xương sống cao hơn một nguyên tử nặng RMSD của khoảng 1,22 A (vs 0,84 A tổng thể) giữa hai đơn vị monomeric trong tế bào đơn vị tinh thể, các ý nghĩa tiềm năng cho phối tử ràng buộc. Viêm khớp đã được tìm thấy perturb cùng một khu vực của protein, cụ thể là, các LBS, cũng như Tyr74. Kết hợp với nghiên cứu trước đây, các quan sát của OA ràng buộc mở rộng phạm vi của các ligand mà tương tác với kringle 5, trong khi nó mở rộng phạm vi của chức năng sinh học tiềm năng cho các tên miền kringle.

Kết quả (Việt) 2:

Cấu trúc giải pháp và đặc tính chức năng của con người plasminogen Kringle 5. Marcos D Battistel, Alexander Grishaev, Seong Soo Một An, Francis J Castellino, Miguel Llinás Khoa Hóa, Đại học Carnegie Mellon, 4400 Fifth Avenue, Pittsburgh, Pennsylvania 15213, Hoa Kỳ. Hóa sinh ( tác động yếu tố: 3,38). 10/2009; 48 (43) :10208-19. DOI: 10.1021/bi901433n Nguồn: PubMed TÓM TẮT phối tử ràng buộc thuộc tính của Kringle 5 (K5) miền của plasminogen con người đã được nghiên cứu qua thực chất huỳnh quang tryptophan. Axit oleic (OA) ái lực với K5 được định lượng, năng suất một hiệp hội K không đổi (a) khoảng 2.08 x 10 (4) mM (-1). Đồng thời, nó được xác định là viêm khớp và trans-4-(aminomethyl) cyclohexanecarboxylic axit (AMCHA) (K (a) khoảng 50 mM (-1)) cạnh tranh để liên kết với K5. Cấu trúc giải pháp của K5 trong sự hiện diện của 11 mM AMCHA đã được giải quyết thông qua máy quang phổ NMR (protein nặng nguyên tử RMSD khoảng 0,93 + / - 0,12 A). Các AMCHA trang web liên kết được bản địa hoá thông qua (1) H / (15) N thay đổi hóa học lập bản đồ nhiễu loạn sự hỗ trợ của silic trong docking. Chúng tôi đã phát hiện ra rằng AMCHA liên kết ở Kringle lysine trang web kinh điển ràng buộc (LBS), cấu trúc của phân khúc Pro54-Gly60 cộng với Phe36 láng giềng, Thr37, Trp62, Leu71, và dư lượng Tyr72. Phân khúc 30-42, bao gồm dư lượng LBS, dường như được ưu đãi với một mức độ cao hơn của sự linh hoạt về cơ cấu theo đề nghị của các giá trị tương đối thấp hơn S (2), tham số thứ tự tổng quát, phù hợp với một xương sống cao hơn nguyên tử nặng RMSD khoảng 1.22 A (vs 0.84 Một tổng thể) giữa hai đơn vị monomeric trong tế bào đơn vị tinh thể, có ý nghĩa tiềm năng cho các phối tử ràng buộc. Viêm khớp đã được tìm thấy xáo trộn cùng một khu vực của protein, cụ thể là, LBS, cũng như Tyr74. Kết hợp với nghiên cứu trước đây, các quan sát của viêm khớp ràng buộc mở rộng phạm vi của các phối tử tương tác với Kringle 5 trong khi nó mở rộng phạm vi chức năng sinh học tiềm năng cho lĩnh vực Kringle.