The subsequent sequencing of the Ar

The subsequent sequencing of the Arabidopsis genome and
development of expression arrays allowed analysis of gene expression
at a much larger scale. The most straightforward approach
was to compare gene expression in different floral organ identity
mutants. Zik and Irish used cDNA arrays covering about a fourth
of all Arabidopsis genes to identify a set of genes downstream of
AP3/PI, which was enriched for genes involved in stress responses
and cell wall metabolism [16]. Wellmer et al. [17] used an array of
floral cDNAs and a genome-wide oligonucleotide array to compare
a wider range of mutants with organ identity changes. Their experiments
revealed a small number of transcripts enriched in sepals
(13) or petals (18), but a much larger set of genes expressed specifi-
cally in carpels (206) or stamens (1162), many of which are related
to gametophyte development [18]. Genes involved in general cellular
maintenance (DNA recombination, protein synthesis, protein
folding) were under-represented, while functional classes such as
embryonic development and cell wall modification were overrepresented
[17]. Massively parallel sequence signatures (MPSS)
were also used to compare the transcriptomes of mutant flowers
with wild-type flowers and vegetative tissues [19]. The stamen enriched
set identified by MPSS showed good agreement with the
array experiments, but the overlap for other organ types was small;
these discrepancies may result from the different criteria used
to define organ-enrichment (mutants compared, baseline expression,
statistical analysis). However, two common themes emerged
from all experiments comparing gene expression in different organ
types. First, the organ identity genes directly or indirectly influence
a wide array of developmental and cellular processes. Second, the
reproductive organs clearly have more specilaised developmental
programs than perianth organs

Kết quả (Việt) 2:

Các trình tự tiếp theo của bộ gen cây Arabidopsis và
phát triển của các mảng biểu hiện cho phép phân tích biểu hiện gen
ở một quy mô lớn hơn nhiều. Các phương pháp đơn giản nhất
là so sánh biểu hiện gen trong hoa sắc nội tạng khác nhau
đột biến. Zik và mảng cDNA được sử dụng Irish bao gồm khoảng một phần tư
của tất cả các gen Arabidopsis để xác định một tập hợp các gen hạ lưu của
AP3 / PI, được làm giàu cho các gen tham gia vào phản ứng suất
và chuyển hóa thành tế bào [16]. Wellmer et al. [17] được sử dụng một mảng của
các cDNA hoa và một mảng oligonucleotide genome để so sánh
một phạm vi rộng hơn với những thay đổi đột biến sắc nội tạng. Thí nghiệm của họ
cho thấy một số lượng nhỏ các bản sao được làm giàu ở đài hoa
(13) hoặc cánh hoa (18), nhưng là một tập hợp lớn hơn nhiều của gen thể hiện cầu kỹ thuật về
biệt trong lá noãn (206) hoặc nhị hoa (1162), nhiều trong số đó có liên quan
đến phát triển giao tử [18]. Gen liên quan đến tế bào nói chung
bảo trì (tái tổ hợp ADN, tổng hợp protein, protein
folding) đã được đại diện, trong khi các lớp chức năng như:
phát triển và biến đổi thành tế bào phôi thai đã được đại diện quá mức
[17]. Massively chữ ký tự song song (MPSS)
cũng được sử dụng để so sánh các transcriptomes hoa đột biến
với hoa hoang dại và mô thực vật [19]. Các nhị làm giàu
tập xác định bởi MPSS cho thấy hợp tốt với
các thí nghiệm mảng, nhưng sự chồng chéo với nhiều cơ quan khác là nhỏ,
những khác biệt này có thể là kết quả của các tiêu chí khác nhau được sử dụng
để xác định các cơ quan làm giàu (đột biến so, biểu hiện cơ bản,
phân tích thống kê). Tuy nhiên, hai chủ đề chung nổi lên
từ tất cả các thí nghiệm so sánh biểu hiện gen trong cơ quan khác nhau
các loại. Đầu tiên, các gen sắc organ trực tiếp hoặc gián tiếp ảnh hưởng đến
một loạt các quá trình phát triển và tế bào. Thứ hai, các
cơ quan sinh sản có rõ ràng phát triển specilaised nhiều
chương trình hơn so với các cơ quan bao hoa