long. The average read size was use

long. The average read size was used in analysis for each strain was 400 nt.De novoassembly yielded 77 and 113 contigs for A1-VSSA and A2-VISA, respectively, composed of over 40 milliontotal bases, with average read lengths of over 350 bp and a GCcontent of 32%. BLAST analysis of the 7 MLST alleles andsparepeat pattern alignment (Ridom SpaServer;confirmed that both isolates were sequence type 8 (ST8) andspat008 (33).
In order to determine the best reference, the 454 data were remapped against finished genomes of two vancomycin-susceptible USA300 strains, TCH1516 (NC_010079) and FPR3757
(NC_007793) (21, 35). The sequencing data for A1-VSSA and A2-VISA (experimental strains) covered the entire genomes of both USA300 reference sequences (average genome-wide nucleotide coverage of 14 and 13 , respectively). Both experimental strains contained the entire sequences of the two plasmids from TCH1516 (pUSA01HOU and pUSA300HOUMR) (35, 44). Sequencing coverage for the smaller plasmid was between 200 and 1,000 , while the larger plasmid was covered about 90 for A1-VSSA and 200 for A2-VISA.
There were at least 70 putative SNPs and one indel that A1-VSSA and A2-VISA shared in common compared to either reference strain. Because our strains were more related to TCH1516,
this genome was used as the reference strain for further comparative analysis. The complete list of variants discovered in the experimental strains and TCH1516 are listed in Table S1 in the supplemental material. Additionally, we noted that two particular regions were divergent in the experimental strains and strainTCH1516. First, an approximately 600-bp region of the chromosome overlapping two tandem lipoproteins (USA300HOU_0109 and USA300HOU_0110) was missing in both experimental strains. Second, a putative noncoding RNA region annotated as sprA (USA300HOU_nc0013) was identical in the experimental strains, but different from TCH1516 (note that this feature is not annotated in the FPR3757 genome, but the sequence exists as intergenic and is 100% identical to the TCH1516 sequence). Also,both experimental strains have a 5-nucleotide deletion in theset gene, which encodes a putative superantigen protein. Six indels were identified in A2-VISA that were not present in A1-VSSA, suggesting that one or more of these mutations may be responsible in whole or in part for the VISA phenotype and daptomycin nonsusceptibility (Fig. 2), under the hypotheses that A1-VSSA and A2-VISA were isogenic strains derived from the same founder population. There was a single nucleotide frameshift deletion in theblaZgene (pUSA300HOUMR0011) on the large plasmid (NC_010063), which supports the loss of beta-lactamase activity in A2-VISA. Multinucleotide indels were confirmed in the housekeeping sigma factorrpoD, the tetrahydrofolate synthase genefolC, an M20D subfamily peptidase, a PP2C protein phosphatase, and the peptidylprolylisomeraseprsA2(seeFig. 2for locus tags and base changes). Two of these were in-frame mutations (PP2C andfolC) that would presumably not entirely eliminate translation of these genes, and three were frameshift mutations (rpoD, prsA2, and M20D peptidase). The folC mutation would putatively result in the deletion of two amino acids, isoleucine and aspartate. The insertion mutation in PP2C was a replication of 6 nucleotides, resulting in duplication of the amino acids glutamate and aspartate (ED) (Fig. 2). It is likely that the M20D peptidase and PrsA2 protein would be nonfunctional, since the frameshifts occurred in the middle of the open reading frames. However, since the rpoDdeletion affected only the last 4 amino acids at the C terminus of the protein, it is unlikely that this mutation is deleterious, as this is putatively an important sigma factor forS. aureus

Kết quả (Việt) 1:

dài. Đọc cỡ trung bình được sử dụng trong phân tích đối với từng chủng là 400 nt. De novoassembly 77 và 113 contigs mang lại cho A1 VSSA và A2-VISA, tương ứng, bao gồm hơn 40 milliontotal cơ sở, với trung bình đọc các độ dài của hơn 350 bp và một GCcontent 32%. Vụ nổ phân tích 7 MLST allele andsparepeat mô hình liên kết (Ridom SpaServer; khẳng định rằng cả hai chủng là tự loại 8 (ST8) andspat008 (33).Để xác định tài liệu tham khảo tốt nhất, các dữ liệu 454 đã remapped chống lại các bộ gen đã hoàn thành hai dễ bị tiêm chủng USA300, TCH1516 (NC_010079) và FPR3757(NC_007793) (21, 35). Các dữ liệu trình tự A1 VSSA và A2-VISA (các chủng thử nghiệm) bao phủ toàn bộ bộ gen của cả hai USA300 tham khảo trình tự (bình quân toàn bộ gen nucleotide vùng phủ sóng của 14 và 13, tương ứng). Cả hai chủng thực nghiệm chứa toàn bộ trình tự các plasmid hai từ TCH1516 (pUSA01HOU và pUSA300HOUMR) (35, 44). Xác định trình tự bảo hiểm cho các plasmid nhỏ là từ 200 đến 1.000, trong khi plasmid lớn hơn đã được che phủ khoảng 90 A1-VSSA và 200 cho thị thực A2.Đã có ít nhất 70 giả định SNPs và một trong những indel rằng VSSA A1 và A2-VISA chia sẻ chung so với căng thẳng hoặc là tài liệu tham khảo. Bởi vì chúng tôi giống nhiều hơn có liên quan đến TCH1516,gen này được sử dụng như là sự căng thẳng tài liệu tham khảo tiếp tục phân tích so sánh. Hoàn thành danh sách các biến thể được phát hiện ở các chủng thử nghiệm và TCH1516 được liệt kê trong bảng S1 trong các tài liệu bổ sung. Ngoài ra, chúng tôi ghi nhận rằng hai cụ thể vùng là khác nhau ở các chủng thử nghiệm và strainTCH1516. Đầu tiên, một khu vực khoảng 600-bp của nhiễm sắc thể chồng chéo hai song song lipoprotein (USA300HOU_0109 và USA300HOU_0110) đã mất tích trong cả các chủng thử nghiệm. Thứ hai, một giả định DNA RNA vùng chú thích như sprA (USA300HOU_nc0013) là giống hệt nhau trong các chủng thử nghiệm, nhưng khác nhau từ TCH1516 (lưu ý rằng tính năng này không được chú thích trong FPR3757 gen, nhưng trình tự tồn tại như là intergenic và là 100% giống hệt thứ tự TCH1516). Ngoài ra, các chủng thử nghiệm cả hai có xóa 5-nucleotide trong theset gen, mà mã hóa protein superantigen giả định. Sáu indels đã được xác định trong A2-VISA đã không có mặt ở A1-VSSA, gợi ý rằng một hoặc nhiều hơn những đột biến có thể chịu trách nhiệm toàn bộ hoặc một phần cho VISA kiểu hình và daptomycin nonsusceptibility (hình 2), theo giả thuyết rằng A1 VSSA và A2-VISA là chủng isogenic bắt nguồn từ cùng một người sáng lập dân. Đã có một đơn nucleotide frameshift xóa trong theblaZgene (pUSA300HOUMR0011) về plasmid lớn (NC_010063), hỗ trợ sự mất mát của các beta-lactamase hoạt động trong thị thực A2. Multinucleotide indels đã được xác nhận trong vệ sinh sigma factorrpoD, tetrahydrofolate synthase genefolC, một phân họ M20D peptidase, một PP2C protein phosphatase và peptidylprolylisomeraseprsA2 (seeFig. 2for locus tags và căn cứ thay đổi). Hai trong số này là đột biến trong khung (PP2C andfolC) sẽ có lẽ không hoàn toàn loại bỏ các bản dịch của các gen, và 3 chiếc frameshift đột biến (rpoD, prsA2 và M20D peptidase). Đột biến folC putatively sẽ dẫn đến việc xoá bỏ của hai axit amin, isoleucine và aspartate. Đột biến chèn trong PP2C là một bản sao của nucleotide 6, kết quả là nhân bản của axit amin glutamate và aspartate (ED) (hình 2). Nó có khả năng rằng M20D peptidase và PrsA2 protein sẽ nonfunctional, vì các frameshifts diễn ra ở giữa khung đọc mở. Tuy nhiên, kể từ khi rpoDdeletion ảnh hưởng chỉ các axit amin cuối 4 tại terminus C của protein, nó không chắc rằng đột biến này là bại hoại phong tục, vì đây là putatively là một yếu tố quan trọng của sigma forS. aureus

Kết quả (Việt) 2:

Dài. Kích thước đọc trung bình được sử dụng trong phân tích cho từng dòng là 400 nt.De novoassembly mang lại 77 và 113 contigs cho A1-VSSA và A2-VISA, tương ứng, bao gồm hơn 40 milliontotal căn cứ, với độ dài đọc trung bình của hơn 350 bp và một GCcontent 32%. Phân tích BLAST của 7 MLST alen andsparepeat chỉnh mô hình (Ridom SpaServer; khẳng định rằng cả hai mẫu phân lập đều tự loại 8 (ST8) andspat008 (33).
Để xác định các tài liệu tham khảo tốt nhất, các dữ liệu 454 đã được ánh xạ với bộ gen hoàn chỉnh của hai vancomycin- chủng USA300 mẫn cảm, TCH1516 (NC_010079) và FPR3757
(NC_007793) (21, 35). các dữ liệu trình tự cho A1-VSSA và A2-VISA (chủng thử nghiệm) bao phủ toàn bộ hệ gen của cả hai trình tự tham khảo USA300 (bảo hiểm nucleotide genome trung bình 14 và 13, tương ứng). Cả hai chủng thử nghiệm chứa toàn bộ trình tự của hai plasmid từ TCH1516 (pUSA01HOU và pUSA300HOUMR) (35, 44). bảo hiểm Sequencing cho các plasmid nhỏ hơn là giữa 200 và 1000, trong khi các plasmid lớn được bao phủ khoảng 90 cho A1-VSSA và 200 cho A2-VISA.
có ít nhất 70 SNPs protein và một indel mà A1-VSSA và A2-VISA chia sẻ chung so với hoặc căng thẳng tài liệu tham khảo. Bởi vì chủng của chúng tôi là có liên quan đến TCH1516,
này gen được sử dụng như là các chủng tài liệu tham khảo để phân tích so sánh thêm. Danh sách đầy đủ của các biến thể được phát hiện ở các chủng thử nghiệm và TCH1516 được liệt kê trong Bảng S1 trong vật liệu bổ sung. Ngoài ra, chúng tôi ghi nhận rằng hai vùng cụ thể là khác nhau ở các chủng thử nghiệm và strainTCH1516. Đầu tiên, một khu vực khoảng 600 bp của nhiễm sắc thể chồng chéo hai lipoprotein song song (USA300HOU_0109 và USA300HOU_0110) đã mất tích trong cả hai chủng thử nghiệm. Thứ hai, một vùng RNA không mã hoá giả định chú thích như sprA (USA300HOU_nc0013) là giống hệt nhau trong các chủng thử nghiệm, nhưng khác nhau từ TCH1516 (lưu ý rằng tính năng này không được chú giải trong hệ gen FPR3757, nhưng trình tự tồn tại như intergenic và 100% giống hệt với TCH1516 trình tự). Ngoài ra, cả hai chủng thử nghiệm có một xóa 5 nucleotide trong gen theset, mã hóa một protein superantigen giả định. Sáu indels đã được xác định trong A2-VISA rằng đã không có mặt trong A1-VSSA, cho thấy rằng một hoặc nhiều trong những đột biến có thể phải chịu trách nhiệm toàn bộ hoặc một phần cho các kiểu hình VISA và daptomycin nonsusceptibility (Hình. 2), theo giả thuyết rằng A1-VSSA và A2-VISA là chủng isogenic bắt nguồn từ dân cư sáng lập cùng. Có một nucleotide xóa khung đọc duy nhất trong theblaZgene (pUSA300HOUMR0011) trên plasmid lớn (NC_010063), hỗ trợ sự mất mát của các hoạt động beta-lactamase A2-VISA. Indels Multinucleotide đã được khẳng định trong Giữ nhà sigma factorrpoD, các tetrahydrofolate synthase genefolC, một M20D phân họ peptidase, một protein phosphatase PP2C, và peptidylprolylisomeraseprsA2 (seeFig. 2for thẻ locus và những thay đổi cơ bản). Hai trong số này là những đột biến trong khung (PP2C andfolC) mà có lẽ sẽ không hoàn toàn loại bỏ các bản dịch của các gen này, và ba là đột biến khung đọc (rpoD, prsA2, và M20D peptidase). Các folC đột biến putatively sẽ dẫn đến việc hai axit amin, isoleucine và aspartate. Đột biến chèn trong PP2C là một bản sao của 6 nucleotide, dẫn đến trùng lắp của các axit amin glutamate và aspartate (ED) (Hình. 2). Có khả năng là các peptidase M20D và PrsA2 protein sẽ không có chức năng, kể từ khi frameshifts xảy ra ở giữa các khung đọc mở. Tuy nhiên, kể từ khi rpoDdeletion bị ảnh hưởng chỉ 4 axit amin trước tại ga cuối C của protein, không chắc rằng sự đột biến này là có hại, vì đây là một putatively FORs yếu tố sigma quan trọng. aureus