METHODS SUMMARYPhylogenetic tree co

METHODS SUMMARY

Phylogenetic tree construction. Pseudo-posterior samples of complete avian trees were assembled as follows. (1) Every bird species was assigned to one of 158 clades identified using a backbone phylogeny27. (2) Relaxed-clock trees were generated for each clade from sequence data. (3) Relaxed-clock trees for entire clades were gen-erated combining species with and without genetic data: species without genetic information (3,330) were placed within their clade using constraint structures consistent with consensus trees from step (2) plus taxonomic information and branching times sampled from a pure birth model of diversification. (4) Final trees were assembled from the clade distributions plus samples of dated backbone trees from (one of two) distributions constructed using relaxed molecular clock tech-niques, 15 genes, ten fossil constraints and extensive topology constraints derived from published sources. For further information see Supplementary Methods, for trees, see Supplementary Results or http://birdtree.org.

Kết quả (Việt) 1:

PHƯƠNG PHÁP TÓM TẮTXây dựng cây phát sinh loài. Giả sau mẫu hoàn chỉnh dịch cúm gia cầm cây đã được tập hợp như sau. (1) mỗi loài chim được phân công một trong 158 nhóm được xác định bằng cách sử dụng một phylogeny27 xương sống. (2) thư giãn-đồng hồ cây đã được tạo ra cho mỗi nhánh từ trình tự dữ liệu. (3) thư giãn-đồng hồ cây cho toàn bộ nhóm được gen-erated kết hợp loài với và không có dữ liệu di truyền: loài mà không có thông tin di truyền (3.330) được đặt bên trong của nhánh sử dụng hạn chế cấu trúc phù hợp với sự đồng thuận cây từ bước (2) cộng với phân loại thông tin và phân nhánh thời gian lấy mẫu từ một mô hình sinh tinh khiết của đa dạng hóa. (4) cây cuối cùng đã được lắp ráp từ các bản phân phối nhánh cộng với mẫu xương sống ngày cây bản phát hành (một trong hai) được xây dựng bằng cách sử dụng thoải mái đồng hồ phân tử công nghệ cao-niques, gen 15, mười ràng buộc hóa thạch và hạn chế mở rộng cấu trúc liên kết bắt nguồn từ nguồn xuất bản. Để biết thêm thông tin hãy xem phương pháp bổ sung, cho cây, xem kết quả bổ sung hoặc http://birdtree.org.

Kết quả (Việt) 2:

PHƯƠNG PHÁP TỔNG xây dựng cây phát sinh loài. Mẫu Pseudo-sau của cây gia cầm đã được lắp ráp hoàn chỉnh như sau. (1) Mỗi loài chim đã được giao cho một trong 158 nhánh được xác định bằng cách sử dụng một phylogeny27 xương sống. (2) cây Relaxed-đồng hồ được tạo ra cho mỗi nhánh từ dữ liệu chuỗi. (3) cây Relaxed-đồng hồ cho toàn bộ nhánh là gen-erated kết hợp loài có và không có dữ liệu di truyền: các loài không có thông tin di truyền (3330) đã được đặt trong nhánh của họ bằng cách sử dụng cấu trúc ràng buộc phù hợp với cây đồng thuận từ bước (2) cộng với thông tin phân loại và phân nhánh lần lấy mẫu từ một mô hình sinh tinh khiết của sự đa dạng hóa. (4) cây cuối cùng được lắp ráp từ các phân nhánh cộng với mẫu cây xương sống lạc hậu từ (một trong hai) phân phối được xây dựng bằng cách sử dụng thoải mái đồng hồ phân tử công nghệ-kỹ, 15 gen, mười chế hóa thạch và các ràng buộc cấu trúc liên kết rộng lớn có nguồn gốc từ các nguồn công bố. Để biết thêm thông tin xem các phương pháp bổ sung, cho cây, xem kết quả bổ sung hoặc http://birdtree.org.