3. What do we get from DGGE?The PCR

3. What do we get from DGGE?
The PCR-DGGE technique is widely employed in
microbial ecology because is capable of providing a
of the bacterial community in an environmental sample after a direct DNA extraction (Fig.1). Briefly, an environmental sample (e.g., a food sample) is subjected to DNA extraction obtaining a mixture containing DNA from the bacterial species occurring in the sample. Successively, the DNA mixture is used as template in PCR amplifications of particular variable DNA regions of taxonomic interest by obtaining an amplified product that is a mixture of amplicons from the species present in the initial sample. All the amplicons have the same size but different sequences, and can be thus separated by DGGE. The final result is a fingerprint that is specific of the sample analysed and contains a series of bands relative to the microbial species present in the sample. Identification of the species can be achieved by purifying and sequencing the bands in the DGGE profile. The most commonly employed target for PCR amplification prior to DGGE is the ribosomal DNA. This is because it is a very conserved region of the genome that also includes variable regions. Therefore, primers can be designed by hybridizing to conserved regions but spanning variable regions in order to obtain PCR amplicons with species-specific differences in base pair composition that can be separated by DGGE. Several primer pairs have been employed to amplify variable regions of the 16S rDNA for Bacteria and 26S rDNA or 18S rDNA for Eucarya. In Table 1, primer sets that have been used to study microbial communities from food are described and examples of studies performed on different food products are reported.
4. Differentiation of bacterial species isolated from food by PCR-DGGE.
Different bacterial species have differences in base pair composition within the variable regions of the 16S rDNA, which makes it possible to distinguish them by PCR-DGGE. In fact, each species is theoretically supposed to yield a different DGGE profile after the amplification of variable regions of the rDNA. Analysis of the amplified variable V3 region of the 16S rDNA was used to differentiate and identify lactic acid bacteria isolated from food (Ercolini et al., 2001a).

Kết quả (Việt) 2:

3. Chúng ta có được gì từ DGGE?
Kỹ thuật PCR-DGGE được sử dụng rộng rãi trong các
hệ sinh thái vi sinh vật vì có khả năng cung cấp một
trong những cộng đồng vi khuẩn trong mẫu môi trường sau khi một tách chiết DNA trực tiếp (Hình 1). Tóm lại, một mẫu về môi trường (ví dụ, một mẫu thức ăn) là đối tượng khai thác DNA thu được một hỗn hợp có chứa DNA từ các loài vi khuẩn xuất hiện trong mẫu. Liên tục, hỗn hợp DNA được sử dụng như là một mẫu trong khuyếch đại PCR của riêng vùng DNA biến của lãi suất phân loại bằng cách lấy một sản phẩm khuếch đại đó là một hỗn hợp của amplicon từ các loài hiện diện trong mẫu ban đầu. Tất cả các amplicon có kích thước khác nhau nhưng trình tự giống nhau, và do đó có thể được ngăn cách bởi DGGE. Kết quả cuối cùng là một dấu vân tay đó là cụ thể của mẫu phân tích và chứa một loạt các ban nhạc tương đối so với các loài vi sinh vật hiện diện trong mẫu. Xác định các loài có thể đạt được bằng cách lọc và sắp xếp trình tự các ban nhạc trong hồ sơ DGGE. Các mục tiêu thường được sử dụng nhất để khuếch đại PCR trước khi DGGE là DNA ribosom. Điều này là bởi vì nó là một khu vực rất được bảo vệ của bộ gen mà còn bao gồm các khu vực khác nhau. Do đó, mồi có thể được thiết kế bởi lai tạo với các khu vực được bảo tồn nhưng bao trùm vùng biến để có được amplicon PCR với sự khác biệt đặc trưng cho loài trong thành phần cặp cơ sở đó có thể được ngăn cách bởi DGGE. Một số cặp mồi đã được sử dụng để khuếch đại vùng biến đổi của 16S rDNA cho vi khuẩn và 26S rDNA 18S rDNA hoặc cho Eucarya. Trong Bảng 1, cặp mồi đã được sử dụng để nghiên cứu cộng đồng vi khuẩn từ thực phẩm được mô tả và ví dụ về các nghiên cứu thực hiện trên các sản phẩm thực phẩm khác nhau được báo cáo.
4. Sự khác biệt của các loài vi khuẩn phân lập từ thực phẩm bằng phương pháp PCR-DGGE.
loài vi khuẩn khác nhau có sự khác biệt trong thành phần cặp base trong các vùng biến của 16S rDNA, mà làm cho nó có thể phân biệt chúng bằng PCR-DGGE. Trong thực tế, mỗi loài được về mặt lý thuyết cho là mang lại một hồ sơ DGGE khác nhau sau khi khuếch đại của vùng biến đổi của rDNA. Phân tích của các khu vực V3 biến khuếch đại của 16S rDNA được sử dụng để phân biệt và xác định vi khuẩn axit lactic được phân lập từ thực phẩm (Ercolini et al., 2001a).