RESULTSWhole-genome shotgun sequenc

RESULTS
Whole-genome shotgun sequencing of two clinical USA300
strains reveals multiple insertion and deletion mutations incurred in the transition from VSSA to VISA.Hageman et al. described a USA300 MRSA strain that developed intermediate resistance to vancomycin and nonsusceptibility to daptomycin in a
patient with endocarditis after exposure to both antibiotics (32).
The isolates were collected sequentially, exhibited different antibiotic susceptibility patterns, and were typed as USA300 by
pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). We obtained two of these
isolates, designatedS. aureusA1-VSSA andS. aureusA2-VISA, for
genetic analysis. The first strain isolated from the patient, A1-VSSA, was susceptible to vancomycin, daptomycin, and linezolid,
whereas the subsequently isolated strain, A2-VISA, was intermediate resistant to vancomycin, not susceptible to daptomycin, and
resistant to linezolid as measured by reference broth microdilution (Table 1). Additionally, A1-VSSA was beta-lactamase positive
and A2-VISA was beta-lactamase negative by the cefinase-lactamase detection disc assay. The vancomycin phenotypes of both
strains were confirmed by PAP-AUC (Fig. 1). A2-VISA had an
AUC ratio of 0.92 to Mu50, the prototypical VISA, indicating the
full VISA phenotype and no heteroresistance (AUC ratio of the
isolate to hVISA strain MU3 of
0.90) was observed in A1-VSSA
(Fig. 1).
A1-VSSA and A2-VISA were sequenced using the Roche/454
Junior instrument and the raw data were trimmed to remove the
terminal 30 nucleotides from both the 5=and 3=ends, low quality
and ambiguous nucleotides, and any reads under 250 nucleotides

Kết quả (Việt) 1:

KẾT QUẢToàn bộ bộ gen shotgun trình tự của hai lâm sàng USA300các chủng tiết lộ nhiều tính năng chèn và xóa các đột biến phát sinh trong quá trình chuyển đổi từ VSSA VISA. Mô tả Hageman et al. một chủng USA300 MRSA phát triển trung bình kháng vancomycin và nonsusceptibility để daptomycin trong mộtbệnh nhân với endocarditis sau khi tiếp xúc với cả hai loại thuốc kháng sinh (32).Các chủng được thu thập theo tuần tự, trưng bày các mẫu khác nhau tính nhạy cảm kháng sinh và đã được đánh máy như là USA300 bởilĩnh vực Pulsed gel electrophoresis (PFGE). Chúng tôi có được hai trong số này««««cô lập, designatedS. aureusA1-VSSA andS. aureusA2-VISA, chophân tích di truyền. Sự căng thẳng đầu tiên bị cô lập từ các bệnh nhân, A1-VSSA, là nhạy cảm với vancomycin, daptomycin và linezolid,trong khi sự căng thẳng sau đó bị cô lập, A2-VISA, Trung cấp khả năng kháng vancomycin, không dễ bị để daptomycin, vàkhả năng kháng linezolid được đo bằng tham chiếu canh microdilution (bảng 1). Ngoài ra, A1-VSSA là phiên bản beta-lactamase tích cựcA2-VISA là phiên bản beta-lactamase tiêu cực bởi cefinase - lactamase phát hiện đĩa khảo nghiệm. Phenotypes tiêm của cả haicăng thẳng đã được xác nhận bởi PAP-AUC (hình 1). A2-VISA có mộtTỉ lệ AUC 0,92 Mu50, nguyên mẫu xin VISA, chỉ ra cácđầy đủ kiểu hình thị thực và không có heteroresistance (tỉ lệ AUC của cácisolate để hVISA chủng MU3 0,90) được quan sát thấy ở A1-VSSA(Hình 1).A1 VSSA và A2-VISA được trình tự bằng cách sử dụng Roche/454Dụng cụ học cơ sở và các dữ liệu thô đã được tỉa để loại bỏ cácthiết bị đầu cuối nucleotide 30 5 = và 3 = kết thúc, chất lượng thấpvà mơ hồ nucleotide, và bất kỳ đọc dưới 250 nucleotide

Kết quả (Việt) 2:

KẾT QUẢ
Tổng-shotgun sequencing của hai USA300 lâm sàng
chủng tiết lộ nhiều chèn và xóa các đột biến phát sinh trong quá trình chuyển đổi từ VSSA để VISA.Hageman et al. mô tả một chủng USA300 MRSA đã phát triển kháng trung gian với vancomycin và nonsusceptibility để daptomycin trong một
bệnh nhân với viêm nội tâm mạc sau khi tiếp xúc với cả hai loại thuốc kháng sinh (32).
Các chủng phân lập được thu thập theo trình tự, trưng bày mô hình nhạy cảm kháng sinh khác nhau, và được gõ là USA300 bởi
trường xung gel điện (PFGE). Chúng tôi thu được hai trong số các
mẫu phân lập, designatedS. aureusA1-VSSA ands. aureusA2-VISA, cho
phân tích di truyền. Sự căng thẳng đầu tiên được phân lập từ bệnh nhân, A1-VSSA, là nhạy cảm với vancomycin, daptomycin, và linezolid,
trong khi căng thẳng sau đó bị cô lập, A2-VISA, là trung gian kháng vancomycin, không dễ bị daptomycin, và
đề kháng với linezolid được đo bằng loãng tham khảo nước dùng (Bảng 1). Ngoài ra, A1-VSSA là beta-lactamase dương
và A2-VISA là beta-lactamase âm của cefinase? Phát hiện -lactamase đĩa khảo nghiệm. Các kiểu hình vancomycin của cả hai
chủng này được xác nhận bởi PAP-AUC (Hình. 1). A2-VISA đã có một
tỷ lệ AUC 0,92 đến Mu50, VISA nguyên mẫu, chỉ ra các
kiểu hình VISA đầy đủ và không heteroresistance (tỷ lệ AUC của
cô lập để hVISA căng MU3 của? 0,90) đã được quan sát thấy ở A1-VSSA
(Hình. 1).
A1-VSSA và A2-VISA đã được lập trình tự bằng cách sử dụng Roche / 454
cụ Junior và các dữ liệu thô được cắt tỉa để loại bỏ các
thiết bị đầu cuối 30 nucleotide từ cả 5 = 3 = kết thúc, chất lượng thấp
và nucleotide mơ hồ, và bất kỳ lần đọc dưới 250 nucleotide