4.4. Sequence processingThe raw dat

4.4. Sequence processing

The raw data forward and reverse reads were merged using mothur

pipeline alignment method. These were then filtered and trimmed by

removing trailing bases with quality scores lower or equal to 2, maxi-
mum number of N allowed = 4, maximum number of homopolymer

allowed = 8 and contaminant removed. All processing were done

using mothur pipeline software (http://www.mothur.org/wiki/

Download_mothur).

4.5. Characterisation of community composition

Operational taxonomic units (OTUs) were assigned to the recon-
structed read sequences obtained from the root, stem and leaf samples

using SILVA rRNA database (http://www.mothur.org/wiki/Silva_

reference_files), for the SILVA database we used Silva bacterial reference

release 102 (http://www.mothur.org/w/images/9/98/Silva.bacteria.

zip). Hence, for the assignment of the OTU we used “splitting by classi-

fication” method of the mothur pipeline (http://www.mothur.org/wiki/

Cluster.split#method).

5. Statistical analysis

One-way ANOVA was used to analyse all data obtained. The analysis

was carried out using the Statistical Package for Social Science (SPSS)

version 16.0 and means are compared using Tukey's Studentized

Range Test (HSD (0.05)) and p values b 0.05 are consider statistically

different.

Supplementary data to this article can be found online at http://dx.

doi.org/10.1016/j.gdata.2015.09.004.

Funding

This work was supported by School of Science, MONASH University

Malaysia, Higher Degree Research Scholarship (HDR).

Conflict of interest

The authors report no conflict of interest and are responsible for the

content and writing of the manuscript.

Acknowledgements

The authors acknowledged the Tropical Medicine and Biology

Multidisciplinary Platform of School of Science, MONASH University

Malaysia for the use of MiSeq and Codon Genomics Malaysia for the

assistance on bioinformatics.

Kết quả (Việt) 2:

4.4. Trình tự xử lý

các dữ liệu thô về phía trước và ngược lần đọc được sáp nhập sử dụng mothur

phương pháp liên kết đường ống. Những sau đó được lọc và cắt bằng

cách loại bỏ các căn cứ dấu có điểm chất lượng thấp hơn hoặc bằng 2, toái
số mẹ của N cho phép = 4, số lượng tối đa homopolymer

phép = 8 và chất gây ô nhiễm bị loại bỏ. Tất cả các xử lý đã được thực hiện

sử dụng phần mềm đường ống mothur (http://www.mothur.org/wiki/

Download_mothur).

4.5. Định tính chất của thành phần cộng đồng

các đơn vị phân loại hoạt động (OTUs) đã được giao cho tái thiết
chuỗi đọc structed thu được từ rễ, thân và mẫu lá

sử dụng cơ sở dữ liệu SILVA rRNA (http://www.mothur.org/wiki/Silva_

reference_files), cho cơ sở dữ liệu SILVA chúng tôi sử dụng tài liệu tham khảo Silva vi khuẩn

phát hành 102 (http://www.mothur.org/w/images/9/98/Silva.bacteria.

zip). Do đó, đối với sự phân công của OTU chúng tôi sử dụng "tách bởi classi-

fication" phương pháp của các đường ống dẫn mothur (http://www.mothur.org/wiki/

Cluster.split # phương pháp).

5. Phân tích thống kê

One-way ANOVA đã được sử dụng để phân tích tất cả các dữ liệu thu được. Các phân tích

được thực hiện bằng cách sử dụng trọn gói thống kê Khoa học Xã hội (SPSS)

phiên bản 16.0 và phương tiện được so sánh bằng Studentized Tukey

Phạm vi Test (HSD (0.05)) và giá trị p b 0,05 được xem xét thống kê

khác nhau.

Dữ liệu bổ sung để bài viết này có thể được tìm thấy trực tuyến tại http:. // dx

. doi.org/10.1016/j.gdata.2015.09.004

tài trợ

công trình này được hỗ trợ bởi Trường Khoa học, Đại học MONASH

Malaysia, học bổng cao hơn nghiên cứu bằng (HDR).

Xung đột lợi ích

các tác giả báo cáo không có xung đột lợi ích và chịu trách nhiệm cho

nội dung và viết bản thảo.

Lời cảm ơn

các tác giả ghi nhận sự Y học Nhiệt đới và Sinh học

đa ngành của nền tảng học Khoa học, MONASH Đại học

Malaysia về việc sử dụng MiSeq và Codon Genomics Malaysia cho các

trợ giúp về tin sinh học.