'I think you are not right' is awkward. Your first sentence is more natural. Or 'I think you are wrong/mistaken' would be an alternative. 'Wrong' is quite forceful. 'mistaken' would be more polite.
'Tôi nghĩ rằng bạn đang không phải' là khó khăn. Câu đầu tiên của bạn là tự nhiên hơn. Hoặc 'Tôi nghĩ rằng bạn là sai/nhầm' sẽ là một thay thế. 'Sai' là khá mạnh mẽ. 'nhầm' sẽ là lịch sự hơn.
"Tôi nghĩ rằng bạn là không đúng" là khó xử. Câu đầu tiên của bạn là tự nhiên hơn. Hay "Tôi nghĩ rằng bạn là sai / nhầm 'sẽ là một sự thay thế. 'Sai' là khá mạnh mẽ. 'nhầm' sẽ lịch sự hơn.