Sequencing.From seven reference str

Sequencing.
From seven reference strains representing each S. enterica subspecies and S. bongori (Table ​(Table1)1) the ttrB 3′ region, the ttrC gene, and the ttrA 5′ region were sequenced. For each strain, three specific overlapping fragments were amplified in the DNA sequence. The primers were designed according to the published DNA sequence of the S. enterica serotype Typhimurium ttr locus (GenBank accession no. AF282268). Primers ttrC-13 (5′-ACT GCC GAT AAA TGC ACG TT-3′ [positions 3018 to 3037]) and ttrB-1 (5′-CTT TTT TCC GCC AGT GAA GA-3′ [positions 3416 to 3435]) gave a 418-bp PCR product, and primers #151 (5′-GTG GGC GGT ACA ATA TTT CTT TT-3′ [positions 3353 to 3375]) and #152 (5′-TCA CGA ATA ATA ATC AGT AGC GC-3′ [positions 4251 to 4263]) gave a 921-bp PCR product from all strains. Primers ttrC-7 (5′-GTT GGC TRA TGC GCT GGA C-3′ [positions 4117 to 4134]) and ttrA-1 (5′-GAC GTC CCG TTT AAC AGG CCA-3′ [positions 4410 to 4430]) gave a 314-bp PCR product from all strains except strain 00-1307 (Salmonella 45:a:e,n,x). For this strain, a 363-bp PCR product was generated by using primers ttrC-7 and ttrA-2 (5′-CTC CGG AAT TAA CGC ATT G-3′ [positions 4461 to 4469]). All PCRs were carried out with a GenAmp PCR system 9700 thermocycler (Applied Biosystems, Weiterstadt, Germany). A 50-μl PCR contained 0.4 μM corresponding primers, 200 μM each deoxynucleoside triphosphate (Roche Applied Science, Mannheim, Germany), 1× PCR buffer (20 mM Tris-HCl [pH 8.4], 50 mM KCl), 1.5 mM MgCl2, 1 U of Platinum Taq polymerase (Invitrogen, Karlsruhe, Germany), and a 5-μl aliquot of the sample DNA. Reaction conditions for all PCRs were 95°C for 1 min followed by 33 cycles of 95°C for 30 s, 60°C for 30 s, and 72°C for 30 s. A final extension step of 72°C for 4 min was employed. The PCR products were sequenced by automated cycle sequencing with an ABI Prism 310 genetic analyzer (Applied Biosystems) according to the manufacturer's instructions. The sequence primers can be obtained on request. Sequence alignments were performed with the Sequence Navigator software version 1.0 (Applied Biosystems).

Kết quả (Việt) 1:

Xác định trình tự.From seven reference strains representing each S. enterica subspecies and S. bongori (Table ​(Table1)1) the ttrB 3′ region, the ttrC gene, and the ttrA 5′ region were sequenced. For each strain, three specific overlapping fragments were amplified in the DNA sequence. The primers were designed according to the published DNA sequence of the S. enterica serotype Typhimurium ttr locus (GenBank accession no. AF282268). Primers ttrC-13 (5′-ACT GCC GAT AAA TGC ACG TT-3′ [positions 3018 to 3037]) and ttrB-1 (5′-CTT TTT TCC GCC AGT GAA GA-3′ [positions 3416 to 3435]) gave a 418-bp PCR product, and primers #151 (5′-GTG GGC GGT ACA ATA TTT CTT TT-3′ [positions 3353 to 3375]) and #152 (5′-TCA CGA ATA ATA ATC AGT AGC GC-3′ [positions 4251 to 4263]) gave a 921-bp PCR product from all strains. Primers ttrC-7 (5′-GTT GGC TRA TGC GCT GGA C-3′ [positions 4117 to 4134]) and ttrA-1 (5′-GAC GTC CCG TTT AAC AGG CCA-3′ [positions 4410 to 4430]) gave a 314-bp PCR product from all strains except strain 00-1307 (Salmonella 45:a:e,n,x). For this strain, a 363-bp PCR product was generated by using primers ttrC-7 and ttrA-2 (5′-CTC CGG AAT TAA CGC ATT G-3′ [positions 4461 to 4469]). All PCRs were carried out with a GenAmp PCR system 9700 thermocycler (Applied Biosystems, Weiterstadt, Germany). A 50-μl PCR contained 0.4 μM corresponding primers, 200 μM each deoxynucleoside triphosphate (Roche Applied Science, Mannheim, Germany), 1× PCR buffer (20 mM Tris-HCl [pH 8.4], 50 mM KCl), 1.5 mM MgCl2, 1 U of Platinum Taq polymerase (Invitrogen, Karlsruhe, Germany), and a 5-μl aliquot of the sample DNA. Reaction conditions for all PCRs were 95°C for 1 min followed by 33 cycles of 95°C for 30 s, 60°C for 30 s, and 72°C for 30 s. A final extension step of 72°C for 4 min was employed. The PCR products were sequenced by automated cycle sequencing with an ABI Prism 310 genetic analyzer (Applied Biosystems) according to the manufacturer's instructions. The sequence primers can be obtained on request. Sequence alignments were performed with the Sequence Navigator software version 1.0 (Applied Biosystems).

Kết quả (Việt) 2:

Trình tự.
Từ bảy chủng tham khảo đại diện cho mỗi phân loài S. enterica và S. bongori (Bảng (Bảng 1) 1) 'khu vực, gen ttrC, và ttrA 5' các ttrB 3 khu vực đã được giải trình tự. Đối với mỗi dòng, ba mảnh chồng chéo cụ thể được khuếch đại trong chuỗi DNA. Các mồi được thiết kế theo trình tự DNA được công bố của S. enterica type huyết thanh Typhimurium TTr locus (GenBank nhập không có. AF282268). Mồi ttrC-13 (5'-ACT GCC GAT AAA TGC ACG TT-3 '[vị trí 3018-3037]) và ttrB-1 (5'-CTT TTT TCC GCC AGT GAA GA-3' [vị trí 3416-3435]) đã đưa ra một sản phẩm PCR 418 bp, và mồi # 151 (5'-GTG GGC GGT ACA ATA TTT CTT TT-3 '[vị trí 3353-3375]) và # 152 (5'-TCA CGA ATA ATA ATC AGT AGC GC 3 '[vị trí 4251-4263]) đã đưa ra một sản phẩm PCR 921 bp từ tất cả các chủng. Mồi ttrC-7 (5'-GTT GGC TRA TGC GCT GGA C-3 '[vị trí 4117-4134]) và ttrA-1 (5'-GAC GTC CCG TTT AAC AGG CCA-3' [vị trí 4410-4430]) đã đưa ra một sản phẩm PCR 314 bp từ tất cả các dòng trừ dòng 00-1307 (Salmonella 45: a: e, n, x). Đối với dòng này, một sản phẩm PCR 363 bp được tạo ra bằng cách sử dụng mồi ttrC-7 và ttrA-2 (5'-CTC CGG AAT TAA CGC ATT G-3 '[vị trí 4461-4469]). Tất cả PCR được thực hiện với một hệ thống PCR GenAmp 9700 thermocycler (ứng dụng hệ thống sinh học, Weiterstadt, Đức). Một PCR 50 ml chứa 0,4 mM mồi tương ứng, 200 mM mỗi triphosphate deoxynucleoside (Roche Khoa học ứng dụng, Mannheim, Đức), 1 × đệm PCR (20 mM Tris-HCl [pH 8,4], 50 mM KCl), 1.5 mM MgCl2, 1 U Platinum Taq polymerase (Invitrogen, Karlsruhe, Đức), và một số chia hết 5 ml DNA mẫu. Điều kiện phản ứng PCR cho tất cả là 95 ° C trong 1 phút tiếp theo là 33 chu kỳ của 95 ° C trong 30 giây, 60 ° C trong 30 giây, và 72 ° C trong 30 giây. Một bước mở rộng cuối cùng của 72 ° C trong 4 phút đã được sử dụng. Sản phẩm PCR được trình tự sắp xếp của chu kỳ tự động với một ABI Prism 310 phân tích di truyền (Applied Biosystems) theo hướng dẫn của nhà sản xuất. Các mồi tự có thể đạt được theo yêu cầu. Sắp xếp thứ tự được thực hiện với các phiên bản phần mềm trình tự Navigator 1.0 (Applied Biosystems).