Figure 3 | Genetic determinants of

Figure 3 | Genetic determinants of the plasma lipoprotein distribution. A schematic representation of the population distribution of three lipoprotein traits: low-density lipoprotein (LDL) cholesterol and high-density lipoprotein (HDL) cholesterol, and triglyceride. Plasma concentration is on the x axis and the frequency of the trait is on the y axis. Shaded areas represent the bottom and top fifth percentiles of the distribution. Below the graph are genes that determine lipoprotein concentrations in specific segments of the distribution. Genes were determined by classical genetic or biochemical methods (no shading), by resequencing (orange shaded boxes) or by genome-wide association analysis (blue shaded boxes). The genes with common variants identified from genome-wide association represent several genes contained in the associated loci; some of these (for example, sortilin 1 (SORT1) or cartilage intermediate layer protein (CILP)) might not ultimately prove to be source of the association signal. The far extremes of the distribution are comprised of individuals with monogenic syndromes, with the prevalence of affected individuals being less that 1 in 105. Less extreme, with a prevalence of less than 1 in 100, are affected individuals with heterozygous mutations in many of the same genes as in the monogenic disorders. The recently reported APOC3 nonsense mutation, found in Amish people with depressed plasma triglyceride, was only seen in heterozygotes105. Shown in the green boxes are genes with small to moderate effect sizes associated with severe hypertriglyceridaemia (also called hyperlipoproteinaemia type 5). Towards the median of the distribution, common polymorphisms in several genes make modest, but significant, contributions. For small-effect genes with common SNPs the relative size of their contribution is shown by the shading of the blue box, with darkest shading for the largest contribution. ho, homozygous; he, heterozygous. ABCA1, ATP-binding cassette A1; ANGPTL3, angiopoietin-like 3; APO, apolipoprotein; CETP, cholesteryl ester transfer protein; CHREBP, carbohydrate response element binding protein; DOCK7, dedicator of cytokinesis 7; FADS, fatty acid desaturase; GALNT2, UDP-N-acetyl-alpha-D-galactosamine:polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase; GCKR, glucokinase (hexokinase 4) regulator; GPIHBP1, glycosylphosphatidylinositol anchored high density lipoprotein binding protein 1; HMGCR, 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase; LCAT, lecithin cholesterol acyltransferase; LDLR, lipoprotein lipase receptor; LDLRAP1, low-density lipoprotein receptor adaptor protein 1; LIPC, hepatic lipase; LIPG, endothelial lipase; LMF1, lipase maturation factor 1; LPL, lipoprotein lipase; MTTP, microsomal triglyceride transfer protein; MVK, mevalonate kinase; PCSK9, proprotein convertase subtilisin/kexin type 9; PLTP, phospholipid transfer protein; TRIB1, tribbles homologue 1 (Drosophila); WWOX, WW-domaincontaining oxidoreductase.

Network analysis A blanket term for a range of computational methods to analyse complex sets of gene expression or related data in order to develop models of functionality, such as gene regulatory network models.
Network analysis of lipoprotein metabolism. Network analyses that are based on integrative genomic approaches combine large-scale genotypic and gene expression results in model systems, such as segregating mouse populations, to reconstruct reliable genetic networks underlying complex traits, such as plasma lipoproteins88. Computational network-based approaches
can enhance traditional biochemical or animal experiments to implicate new causative genes and mutations, through mapping their involvement in molecular networks that are anchored around known susceptibility loci. For example, plasma HDL cholesterol was linked to promoter variants in vanin 1 (VNN1) using global profiles of RNA expression in blood lymphocytes89. Also,

Kết quả (Việt) 1:

Hình 3 | Yếu tố quyết định di truyền phân phối lipoprotein plasma. Một đại diện sơ đồ phân bố dân số lipoprotein ba đặc điểm: low-density lipoprotein (LDL) cholesterol và lipoprotein high-density (HDL) cholesterol và chất béo trung tính. Nồng độ huyết tương trên trục x và tần số của những đặc điểm nằm trên trục y. Khu vực bóng mờ đại diện cho các đáy và đỉnh percentiles thứ năm của phân phối. Bên dưới biểu đồ là gen để xác định nồng độ lipoprotein trong các phân đoạn cụ thể của phân phối. Gen đã được xác định bằng phương pháp di truyền hoặc sinh học cổ điển (không che), resequencing (cam bóng mờ hộp) hoặc bằng cách phân tích bộ gen toàn Hiệp hội (hộp màu xanh bóng mờ). Các gen với các biến thể phổ biến được xác định từ gen toàn Hiệp hội đại diện cho một vài gen chứa trong loci liên quan; một số người trong số này (ví dụ, sortilin 1 (SORT1) hoặc sụn Trung cấp lớp protein (CILP)) có thể không cuối cùng chứng minh được nguồn gốc của tín hiệu Hiệp hội. Thái cực xa của phân phối là bao gồm các cá nhân với hội chứng monogenic, với sự phổ biến của cá nhân bị ảnh hưởng ít hơn đó 1 trong 105. Ít khắc nghiệt, với một tỷ lệ nhỏ hơn 1 trong 100, là các cá nhân bị ảnh hưởng với hổ đột biến ở nhiều người trong số các gen tương tự như trong các rối loạn monogenic. Các đột biến APOC3 vô nghĩa mới báo cáo, được tìm thấy ở những người Amish có chất béo trung tính của plasma chán nản, chỉ được nhìn thấy trong heterozygotes105. Hiển thị trong hộp màu xanh lá cây là gen với nhỏ để vừa có tác dụng kích thước liên kết với nặng hypertriglyceridaemia (tiếng Anh thường gọi là hyperlipoproteinaemia loại 5). Đối với trung bình của phân phối, polymorphisms phổ biến trong một vài gen góp khiêm tốn, nhưng quan trọng. Cho hiệu ứng nhỏ gen với SNPs phổ biến kích thước tương đối của đóng góp của họ được thể hiện bằng bóng hộp màu xanh, với bóng tối nhất đối với sự đóng góp lớn nhất. ho, màu; ông, hổ. ABCA1, ràng buộc ATP cassette A1; ANGPTL3, angiopoietin, giống như 3; APO, apolipoprotein; CETP, cholesteryl ester chuyển protein; CHREBP, carbohydrate response element binding protein; DOCK7, dedicator cytokinesis 7; Mốt nhất thời, desaturase acid béo; GALNT2, UDP-N-acetyl-alpha-D-galactosamine:polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase; GCKR, glucokinase (hexokinase 4) điều; GPIHBP1, các glycosylphosphatidylinositol neo mật độ cao lipoprotein ràng buộc protein 1; HMGCR, 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzym A reductase; LCAT, lecithin cholesterol acyltransferase; LDLR, lipoprotein lipase thụ; LDLRAP1, low-density lipoprotein thụ adaptor protein 1; LIPC, lipase gan; LIPG, lipase nội mô; LMF1, lipase trưởng factor 1; LPL, lipoprotein lipase; MTTP, microsomal, chất béo trung tính chuyển protein; MVK, mevalonate kinase; PCSK9, proprotein convertase subtilisin/kexin loại 9; PLTP, phospholipid chuyển protein; TRIB1, tribbles homologue 1 (Drosophila); WWOX, WW-domaincontaining oxidoreductaza.Mạng lưới phân tích A chăn thuật ngữ để chỉ một loạt các phương pháp tính toán để phân tích phức tạp bộ biểu hiện gen hoặc dữ liệu có liên quan để phát triển các mô hình chức năng, chẳng hạn như gen quy định mạng mô hình.Mạng lưới các phân tích của chuyển hóa lipoprotein. Phân tích mạng dựa trên phương pháp tiếp cận integrative gen kết hợp quy mô lớn genotypic và gen kết quả biểu hiện trong mô hình hệ thống, chẳng hạn như ly quần thể chuột, để tái tạo lại đáng tin cậy di truyền mạng cơ bản đặc tính phức tạp, chẳng hạn như huyết tương lipoproteins88. Phương pháp tính toán dựa trên mạng có thể tăng cường các thí nghiệm hóa sinh hoặc động vật truyền thống với gen gây bệnh mới và đột biến, thông qua bản đồ của họ tham gia vào mạng phân tử được neo quanh loci nổi tính nhạy cảm. Ví dụ, plasma HDL cholesterol được liên kết với promoter biến thể ở vanin 1 (VNN1) bằng cách sử dụng các cấu hình toàn cầu của RNA biểu hiện ở huyết lymphocytes89. Ngoài ra,

Kết quả (Việt) 2:

Hình 3 | Yếu tố quyết định di truyền của phân phối lipoprotein huyết tương. Một đại diện sơ đồ phân bố dân cư của ba đặc điểm lipoprotein: lipoprotein tỷ trọng thấp (LDL) và cholesterol lipoprotein tỷ trọng cao (HDL), và triglyceride. Nồng độ trong huyết tương là trên trục x và tần số của các đặc điểm là trên trục y. Nền bóng đại diện cho percentiles thứ năm dưới và trên của phân phối. Dưới đây là biểu đồ gen xác định nồng độ lipoprotein trong các phân đoạn cụ thể của phân phối. Các gen được xác định bằng phương pháp di truyền hoặc sinh hóa cổ điển (không có bóng), bởi resequencing (màu cam bóng mờ hộp) hoặc bằng cách phân tích genome (màu xanh bóng mờ hộp). Các gen với biến thể phổ biến được xác định từ genome đại diện cho một số gen chứa trong các locus liên quan; một số trong số này (ví dụ, sortilin 1 (SORT1) hoặc sụn protein lớp trung gian (CILP)) có thể cuối cùng không chứng minh được nguồn gốc của các tín hiệu liên kết. Các thái cực xa của phân phối là bao gồm các cá nhân có hội chứng monogenic, với sự phổ biến của các cá nhân bị ảnh hưởng là ít mà 1 trong 105. Ít cực, với tỷ lệ ít hơn 1 trong 100, bị ảnh hưởng cá nhân có đột biến dị hợp trong rất nhiều các cùng một gen như trong các rối loạn monogenic. Các báo cáo gần đây APOC3 vô nghĩa đột biến, được tìm thấy ở những người Amish với triglyceride huyết tương chán nản, chỉ thấy trong heterozygotes105. Thể hiện trong các hộp màu xanh lá cây là các gen có kích thước nhỏ đến hiệu ứng vừa phải kết hợp với tăng triglyceride máu nặng (còn gọi là hyperlipoproteinaemia loại 5). Hướng tới trung bình của phân phối, đa hình phổ biến ở một số gen đóng góp khiêm tốn, nhưng có ý nghĩa,. Đối với gen nhỏ có hiệu lực với SNPs phổ biến kích thước tương đối của các đóng góp của họ được thể hiện bởi các bóng của hộp màu xanh, với bóng tối nhất cho những đóng góp lớn nhất. ho, đồng hợp tử; ông, dị hợp tử. ABCA1, ATP-binding băng A1; ANGPTL3, angiopoietin giống như 3; APO, apolipoprotein; CETP, cholesteryl protein chuyển este; CHREBP, carbohydrate yếu tố phản ứng với protein; DOCK7, người biếu của cytokinesis 7; FADS, axit béo desaturase; GALNT2, UDP-N-acetyl-alpha-D-galactosamine: polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase; GCKR, glucokinase (hexokinase 4) điều chỉnh; GPIHBP1, glycosylphosphatidylinositol neo mật độ cao gắn với protein 1 lipoprotein; HMGCR, 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzym A reductase; LCAT, lecithin cholesterol acyltransferase; Chuột Ldlr, lipoprotein lipase thụ; LDLRAP1, mật độ thấp lipoprotein thụ adaptor protein 1; LIPC, lipase gan; LIPG, lipase nội mô; LMF1, lipase trưởng thành tố 1; LPL, lipase lipoprotein; MTTP, microsome protein chuyển triglyceride; MVK, kinase mevalonate; PCSK9, proprotein convertase subtilisin / Kexin loại 9; PLTP, protein chuyển phospholipid; TRIB1, tribbles tương đồng 1 (Drosophila); WWOX, WW-domaincontaining oxidoreductase.

Mạng lưới phân tích Một thuật ngữ khái quát cho một loạt các phương pháp tính toán để phân tích các tập phức tạp trong biểu hiện gen hoặc dữ liệu có liên quan để phát triển mô hình chức năng, chẳng hạn như nguồn gen các mô hình mạng theo quy định.
Mạng lưới phân tích các quá trình chuyển hóa lipoprotein. Phân tích mạng được dựa trên phương pháp tiếp cận tích hợp di truyền kết hợp kiểu gen và biểu hiện gen kết quả quy mô lớn trong các hệ thống mô hình, chẳng hạn như cách ly các quần thể chuột, để tái tạo lại hệ thống gen đáng tin cậy cơ bản đặc điểm phức tạp, chẳng hạn như lipoproteins88 plasma. Phương pháp tiếp cận dựa trên mạng điện toán
có thể tăng cường các thí nghiệm sinh hóa hoặc động vật truyền thống để lôi kéo các gen gây bệnh mới và đột biến, thông qua việc lập bản đồ tham gia của họ trong các mạng phân tử được neo xung quanh biết đến locus nhạy cảm. Ví dụ, cholesterol HDL huyết tương đã được liên kết với các biến thể promoter trong vanin 1 (VNN1) sử dụng hồ sơ toàn cầu của biểu thức RNA trong lymphocytes89 máu. Cũng thế,