Limitations of DNA microarraysAt th

Limitations of DNA microarrays
At their core, microarrays are simply devices to simultaneously measure the relative
concentrations of many different DNA or RNA sequences. While they have been incredibly
useful in a wide variety of applications, they have a number of limitations. First, arrays
provide an indirect measure of relative concentration. That is the signal measured at a given
position on a microarray is typically assumed to be proportional to the concentration of a
presumed single species in solution that can hybridize to that location. However, due to the
kinetics of hybridization, the signal level at a given location on the array is not linearly
proportional to concentration of the species hybridizing to the array. At high concentrations
the array will become saturated and at low concentrations, equilibrium favors no binding.
Hence, the signal is linear only over a limited range of concentrations in solution. Second,
especially for complex mammalian genomes, it is often difficult (if not impossible) to design
arrays in which multiple related DNA/RNA sequences will not bind to the same probe on
the array. A sequence on an array that was designed to detect “gene A”, may also detect
“genes B, C and D” if those genes have significant sequence homology to gene A. This can
particularly problematic for gene families and for genes with multiple splice variants. It
should be noted that it is possible to design arrays specifically to detect splice variants either
by making array probes to each exon in the genome(Gardina et al., 2006) or to exon
junctions(Castle et al., 2003). However, it is difficult to design arrays that will uniquely
detect every exon or gene in genomes with multiple related genes.

Kết quả (Việt) 1:

Hạn chế của ADN microarraysCốt lõi của họ, microarrays là chỉ đơn giản là thiết bị để đồng thời đánh giá các thân nhânnồng độ của rất nhiều khác nhau trình tự DNA hoặc RNA. Trong khi họ đã vô cùnghữu ích trong nhiều ứng dụng, họ có một số hạn chế. Đầu tiên, mảngcung cấp một thước đo gián tiếp của nồng độ tương đối. Đó là tín hiệu đo tại một nhất địnhvị trí trên một microarray thường được giả định là tỷ lệ thuận với nồng độ của mộtcoi là loài duy nhất trong giải pháp có thể lai đến vị trí đó. Tuy nhiên, do để cácđộng học của lai ghép, mức tín hiệu ở một vị trí nhất định trên các mảng không phải là tuyến tínhtỉ lệ thuận với nồng độ của các loài hybridizing vào các mảng. Ở nồng độ caoCác mảng sẽ trở nên bão hòa và ở nồng độ thấp, cân bằng đãi không ràng buộc.Do đó, các tín hiệu là tuyến tính chỉ trên một phạm vi giới hạn của nồng độ trong dung dịch. Thứ hai,đặc biệt là đối với phức bộ gen động vật có vú, nó thường là khó khăn (nếu không phải không thể) để thiết kếmảng nhiều DNA liên quan/RNA sequences sẽ không ràng buộc để thăm dò tương tựCác mảng. Một chuỗi trên một mảng được thiết kế để phát hiện các "gen A", cũng có thể phát hiện"gen B, C và D" nếu những gen có ý nghĩa chuỗi tương đồng để gen A. Điều này có thểđặc biệt là vấn đề cho gia đình có gen và gen với các biến thể splice nhiều. Nócần lưu ý rằng nó có thể thiết kế mảng đặc biệt để phát hiện các phiên bản splice hoặcbằng cách làm cho mảng đầu dò từng exon trong bộ gen (Gardina và ctv., 2006) hoặc để exonnút (Castle et al., 2003). Tuy nhiên, nó là khó khăn để thiết kế các mảng sẽ độc đáophát hiện mọi exon hay gen trong gen với các gen liên quan đến nhiều.

Kết quả (Việt) 2:

Hạn chế của DNA microarray
Tại cốt lõi của họ, microarray chỉ đơn giản là thiết bị đồng thời đo tương đối
nồng độ của các chuỗi DNA hoặc RNA khác nhau. Trong khi họ đã vô cùng
hữu dụng trong một loạt các ứng dụng, họ có một số hạn chế. Đầu tiên, các mảng
cung cấp một biện pháp gián tiếp của nồng độ tương đối. Đó là tín hiệu đo tại một cho
vị trí trên microarray thường được giả định là tỷ lệ thuận với nồng độ của một
loài duy nhất coi trong dung dịch đó có thể lai với vị trí đó. Tuy nhiên, do các
động học của lai, mức tín hiệu tại một vị trí nhất định trên các mảng là không tuyến tính
tỷ lệ thuận với nồng độ của các loài lai tạo mảng. Ở nồng độ cao
các mảng sẽ trở nên bão hòa và ở nồng độ thấp, cân bằng thiên không ràng buộc.
Do đó, các tín hiệu tuyến tính chỉ trong một phạm vi giới hạn của nồng độ trong dung dịch. Thứ hai,
đặc biệt là đối với hệ gen động vật có vú phức tạp, nó thường là rất khó (nếu không phải không thể) để thiết kế
mảng trong đó nhiều chuỗi DNA / RNA liên quan sẽ không ràng buộc để thăm dò trên cùng một
mảng. Một trình tự trên một mảng mà được thiết kế để phát hiện "gen A", cũng có thể phát hiện
"gen B, C và D" nếu những gen có trình tự tương đồng đáng kể với gen A. Điều này có thể
đặc biệt là vấn đề đối với các gia đình gen và các gen với nhiều mối nối biến thể. Nó
nên được lưu ý rằng nó có thể thiết kế các mảng đặc biệt để phát hiện mối nối biến thể hoặc
bằng cách làm cho đầu dò mảng cho mỗi exon trong hệ gen (Gardina et al., 2006) hoặc để exon
nút giao (Castle et al., 2003). Tuy nhiên, rất khó để thiết kế mảng mà duy nhất sẽ
phát hiện mỗi exon hoặc gen trong bộ gen với nhiều gen liên quan.