(flatfish. These authors also note

(flatfish. These authors also note that this array is
available to the public for research purposes.
A similar strategy was used for immune-related
gene discovery in Atlantic cod (G. morhua) that were
stimulated with formalin-killed atypical A. salmonicida
(Feng et al. 2009). In their study, four reciprocal
SSH cDNA libraries were created to identify differentially
expressed genes in spleen and head kidney
tissues. From analysis of the 4154 ESTs and realtime-PCR
of a select subset of genes, they were
able to identify a relatively large number of genes
involved in many biological processes, including
chemotaxis, regulation of apoptosis, antimicrobial
peptide production, and iron homeostasis that responded
to bacterial antigen stimulation. These EST
data, along with additional ESTs from other SSH and
normalized cDNA libraries, have been recently used
to produce a 20,000 element oligo-based microarray
that is designed to support research on cod reproduction,
physiology, and immunology (Booman et al.,
2011; Booman and Rise, Chapter 1).
Host Proteomics
As mentioned previously, Martyniuk and Denslow
(2009) provide a good overview of proteomic methods
focusing on their application to the study of
fish endocrinology. With respect to fish health, proteomics
has seen limited use in the study of hosts
with the few studies that have been conducted being
limited to cell lines. Martin et al. (2007) examined
the effects of administration of recombinant IFN-γ
on the Atlantic salmon head kidney cell line, SHK-
1, protein expression. Using 2D gel electrophoresis,
these authors created proteome maps for unstimulated
and stimulated cells harvested at 24 hours
post stimulation. Analysis of these maps resulted in
the identification of 15 proteins that increased and 7
proteins that decreased in abundance. Sequencing of
some of these proteins and real-time PCR studies of
their gene expression supported the results obtained
from their proteomics data.
As mentioned above, Chen et al. (2008) used
a nongel-based method involving isobaric labeling
(ITRAC
R ) to compare and quantify in the proteomes
of grouper embryonic cell line that were
uninfected and infected with SGIV. In addition to
identifying 49 viral proteins, they also identified 743
host proteins, of which 14 were upregulated and
5 were downregulated in the infected cells (Chen
et al. 2008). Host proteins that were upregulated
included those involved in immunity, as well as
proteins thought to be necessary to support viral
replication.
Host Metabolomics
Metabolomics has been applied to characterize small
molecular weight metabolites in plasma and tissue
extracts of fish exposed to toxicants, other environmental
stressors, and pathogens (Viant et al. 2003,
2005; Solanky et al. 2005; Stentiford et al. 2005;
Dacanay et al. 2006; Samuelsson et al. 2006; reviewed
in Samuelsson and Larsson 2008; Karakach
et al. 2009). With respect to pathogen exposure,
metabolomic experiments are limited to a series of
related studies on Atlantic salmon and A. salmonicida
that were conducted within the same program
as the genome sequencing. As part of this
program, Solanky et al. (2005) used NMR-based
metabolomics to study and compare the metabolite
profiles of plasma obtained from fish that had
survived a challenge with virulent A. salmonicida,
to saline-injected and unfed control groups. These
authors were able to identify distinct NMR-spectra
(metabolite profiles) for each of these groups, as
well as to characterize the major metabolite changes
responsible for the differences. This study demonstrated
that it is feasible to use metabolomics to develop
improved understanding of the relationships
between A. salmonicida and Atlantic salmon, as well
as a method for the identification of infected and
noninfected individuals. Dacanay et al. (2006) used
1H NMR spectroscopy-based metabolite profiling
to compare plasma metabolite profiles of Atlantic
salmon survivors of immersion challenge with four
strains of type III secretion system isogenic mutants
as well as survivors following rechallenge with wildtype
A. salmonicida. The animals that were rechallenged
were those that had survived the earlier immersion
challenge with wild-type A. salmonicida
or the ascC mutant. In that study, a large proportion
of the survivors of the wild-type challenge
survived the rechallenge. The metabolic response
of these animals was distinct from those obtained
for a phosphate-buffered saline (PBS) control group
and appeared to be related to the protective immune
response. With respect to immersion challenge with

Kết quả (Việt) 1:

(cá bơn. Các tác giả cũng lưu ý rằng mảng này làcó sẵn cho công chúng cho mục đích nghiên cứu.Một chiến lược tương tự được sử dụng để liên quan đến miễn dịchgen khám phá trong cá tuyết Đại Tây Dương (G. morhua) đượckích thích với formalin thiệt mạng không điển hình A. salmonicida(Phong et al. năm 2009). Trong nghiên cứu của họ, bốn đối ứngSSH cDNA thư viện được tạo ra để xác định differentiallythể hiện gien trong lá lách và đầu thậnmô. Từ phân tích của 4154 ESTs và Đảng Cộng sản Romania thời gian thựctrong một nhóm nhỏ chọn của gen, họ làcó thể để xác định một số tương đối lớn của gentham gia vào nhiều các quá trình sinh học, bao gồm cảchemotaxis, quy định của quá trình chết rụng, các chế phẩm khángpeptide sản xuất, và sắt homeostasis trả lờivới sự kích thích của vi khuẩn kháng nguyên. ESTdữ liệu, cùng với bổ sung ESTs từ SSH khác vàthư viện cDNA bình thường, đã được sử dụng gần đâyđể sản xuất một 20.000 yếu tố dựa trên oligo microarrayđó được thiết kế để hỗ trợ nghiên cứu về sinh sản cá tuyết,Sinh lý học, và miễn dịch học (Booman và ctv.,năm 2011; Booman và gia tăng, chương 1).Máy chủ lưu trữ proteomicNhư đã đề cập trước đây, Martyniuk và Denslow(2009) cung cấp một tổng quan tốt đẹp của phương pháp proteomictập trung vào ứng dụng của họ vào việc nghiên cứucá nội tiết. Đối với sức khỏe cá, proteomicđã thấy giới hạn sử dụng trong nghiên cứu của máy chủvới vài nghiên cứu đã được thực hiệngiới hạn đối với di động dòng. Martin et al. (2007) kiểm tranhững ảnh hưởng của chính quyền của IFN-γ tái tổ hợptrên Đại Tây Dương thận cá hồi đầu di động khổ, SHK-1, protein biểu hiện. Bằng cách sử dụng 2D gel điện,Các tác giả bản đồ tạo ra proteome cho unstimulatedvà kích thích tế bào thu hoạch tại 24 giờđăng kích thích. Kết quả là các phân tích của các bản đồ nàyviệc xác định các protein 15 tăng và 7protein giảm trong phong phú. Xác định trình tự củamột số các protein và thời gian thực Đảng Cộng sản Romania nghiên cứubiểu hiện gen của họ hỗ trợ các kết quả thu đượctừ dữ liệu proteomic của họ.Như đã đề cập ở trên, Chen et al. (2008) được sử dụngmột nongel dựa trên phương pháp liên quan đến ghi nhãn quá(ITRAC R) để so sánh và định lượng trong các proteomescá mú tế bào phôi dòng đó lànhiễm và bị nhiễm bệnh với SGIV. Ngoàixác định 49 virus protein, họ cũng xác định 743lưu trữ các protein, trong đó 14 là upregulated và5 đã là downregulated trong các tế bào bị nhiễm (Chenet al. 2008). Máy chủ lưu trữ protein được upregulatedbao gồm những người tham gia trong khả năng miễn dịch, cũng nhưprotein cho là cần thiết để hỗ trợ virussao chép.Máy chủ lưu trữ MetabolomicsMetabolomics đã được áp dụng để characterize nhỏtrọng lượng phân tử chất chuyển hóa trong huyết tương và môchất chiết xuất từ cá tiếp xúc với toxicants, các môi trườngcăng thẳng, và tác nhân gây bệnh (Viant et al. 2003,năm 2005; Solanky et al. 2005; Stentiford et al. 2005;Dacanay et al. 2006; Samuelsson et al. 2006; được nhận xétở Samuelsson và Larsson 2008; Karakachet al. năm 2009). Đối với mầm bệnh tiếp xúc,metabolomic thí nghiệm được giới hạn đến một loạt cácCác nghiên cứu có liên quan về salmon Đại Tây Dương và A. salmonicidamà đã được tiến hành trong cùng một chương trìnhnhư trình tự bộ gen. Như một phần của điều nàychương trình, Solanky et al. (2005) được sử dụng dựa trên NMRmetabolomics để nghiên cứu và so sánh chất chuyển hóaHồ sơ của plasma thu được từ cá cósống sót một thách thức với độc A. salmonicida,để kiểm soát tiêm saline và unfed nhóm. Đâytác giả đã có thể để xác định các quang phổ NMR khác biệt(chất chuyển hóa cấu hình) cho mỗi của các nhóm này, nhưcũng như để mô tả những thay đổi lớn chất chuyển hóachịu trách nhiệm về sự khác biệt. Nghiên cứu này đã chứng minhnó là khả thi để sử dụng metabolomics để phát triểncải thiện sự hiểu biết về các mối quan hệgiữa A. salmonicida và salmon Đại Tây Dương, cũngnhư một phương pháp cho việc xác định nhiễm vànoninfected cá nhân. Dacanay et al. (2006) được sử dụng1giờ NMR chất chuyển hóa phổ học dựa trên hồ sơđể so sánh plasma chất chuyển hóa hồ sơ Đại Tây Dươngcá hồi soáng soùt của ngâm thách thức với bốntrong số các chủng loại III tiết hệ thống isogenic đột biếncũng như những người sống sót sau rechallenge với wildtypeA. salmonicida. Các loài động vật đã được rechallengedlà những người đã sống sót trước đó ngâmthách thức với loại hoang A. salmonicidahoặc đột biến khởi. Trong đó là nghiên cứu, một tỷ lệ lớncủa những người sống sót của thách thức loại hoangtồn tại rechallenge. Các phản ứng trao đổi chấtCác loài động vật là khác biệt với những người thu đượccho một nước muối đệm phosphat (PBS) kiểm soát nhómvà đã xuất hiện để được có liên quan đến bảo vệ miễn dịchphản ứng. Đối với ngâm thách thức với

Kết quả (Việt) 2:

(Cá bơn. Các tác giả cũng lưu ý rằng mảng này là
có sẵn cho công chúng cho các mục đích nghiên cứu.
Một chiến lược tương tự đã được sử dụng cho hệ miễn dịch liên quan đến
phát hiện gen ở Đại Tây Dương cod (G. morhua) được
kích thích với formalin-giết không điển hình A. salmonicida
( Feng et al 2009).. Trong nghiên cứu của họ, bốn đối ứng
các thư viện SSH cDNA được tạo ra để xác định các kiểu khác
gen biểu hiện ở lá lách và thận đầu
mô. Từ phân tích của 4154 ESTs và realtime-PCR
của một tập hợp con của các gen chọn, họ
có thể để xác định một số lượng tương đối lớn các gen
tham gia vào nhiều quá trình sinh học, bao gồm cả
hoá hướng, quy định của apoptosis, kháng khuẩn
sản xuất peptide, và homeostasis sắt phản ứng
với kích thích kháng nguyên của vi khuẩn. Những EST
dữ liệu, cùng với ESTs bổ sung từ SSH khác và
thư viện cDNA bình thường , gần đây đã được sử dụng
để sản xuất một microarray oligo dựa trên 20.000 phần
được thiết kế để hỗ trợ nghiên cứu về cá sinh sản,
sinh lý học và miễn dịch học (Booman et al,.
2011; Booman và Rise, Chương 1).
Proteomics chủ
Như đã đề cập trước đó, Martyniuk và Denslow
(2009) cung cấp một cái nhìn tổng quan tốt của phương pháp proteomic
tập trung vào ứng dụng của họ để nghiên cứu
nội tiết cá. Đối với sức khỏe của cá với, proteomics
đã thấy hạn chế sử dụng trong các nghiên cứu của các host
với một vài nghiên cứu đã được tiến hành được
giới hạn ở các dòng tế bào. Martin et al. (2007) đã kiểm tra
tác động của chính quyền của tái tổ hợp IFN-γ
trên dòng tế bào thận đầu cá hồi Đại Tây Dương, SHK-
1, biểu hiện protein. Sử dụng gel điện di 2D,
các tác giả đã tạo ra bản đồ proteome cho unstimulated
tế bào và kích thích thu hoạch lúc 24 giờ
gửi kích thích. Phân tích của các bản đồ dẫn đến
việc xác định 15 loại protein tăng và 7
protein giảm rất nhiều. Trình tự của
một số loại protein và các nghiên cứu PCR thời gian thực của các
biểu hiện gen của họ hỗ trợ các kết quả thu được
từ dữ liệu proteomics của họ.
Như đã đề cập ở trên, Chen et al. (2008) đã sử dụng
một phương pháp dựa trên nongel liên quan đến nhãn đẳng áp
(ITRAC R?) để so sánh và định lượng trong các proteome
cá mú dòng tế bào phôi thai đó đã
bị nhiễm và nhiễm SGIV. Ngoài
việc xác định 49 loại protein virus, họ cũng xác định 743
protein chủ nhà, trong đó 14 người upregulated và
5 được downregulated trong các tế bào bị nhiễm bệnh (Chen
et al. 2008). Protein chủ được upregulated
bao gồm việc những người liên quan đến hệ miễn dịch, cũng như
protein được cho là cần thiết để hỗ trợ virus
sao chép.
chủ Metabolomics
Metabolomics đã được áp dụng để mô tả nhỏ
chất chuyển hóa trọng lượng phân tử trong huyết tương và mô
chiết xuất cá tiếp xúc với các chất độc hại, môi trường khác
căng thẳng , và tác nhân gây bệnh (Viant et al 2003,.
2005; Solanky et al 2005;. Stentiford et al 2005;.
Dacanay et al 2006;. Samuelsson et al 2006;. xem xét
trong Samuelsson và Larsson 2008; Karakach
et al 2009).. Đối với tác nhân gây bệnh tiếp xúc với,
thí nghiệm metabolomic được giới hạn trong một loạt các
nghiên cứu liên quan về cá hồi Đại Tây Dương và A. salmonicida
đã được tiến hành trong cùng một chương trình
như giải mã bộ gen. Là một phần của việc này
chương trình, Solanky et al. (2005) sử dụng NMR-dựa
metabolomics để nghiên cứu và so sánh các chất chuyển hóa
hồ sơ của plasma thu được từ cá đã
sống sót một thách thức với độc tính A. salmonicida,
để nhóm mặn tiêm và kiểm soát unfed. Các
tác giả đã có thể xác định riêng biệt NMR-quang phổ
(profile chất chuyển hóa) cho mỗi nhóm, như
cũng như để mô tả sự thay đổi chất chính
chịu trách nhiệm cho sự khác biệt. Nghiên cứu này đã chứng minh
rằng nó là khả thi để sử dụng metabolomics để phát triển
cải thiện sự hiểu biết về mối quan hệ
giữa A. salmonicida và hồi Đại Tây Dương, cũng
như một phương pháp để xác định bị nhiễm và
cá nhân không bị nhiễm. Dacanay et al. (2006) sử dụng
1H NMR quang phổ dựa trên chất chuyển hóa profiling
để so sánh hồ sơ chất chuyển hóa trong huyết tương của Đại Tây Dương
hồi còn sống sót của các thách thức ngâm với bốn
chủng loại hệ bài tiết III đột biến isogenic
cũng như những người sống sót sau rechallenge với hoang dã
A. salmonicida. Các loài động vật đã được rechallenged
là những người đã sống sót qua ngâm trước
thách thức với hoang dại A. salmonicida
hoặc ASCC đột biến?. Trong nghiên cứu này, một tỷ lệ lớn
của những người sống sót của cây dại thách thức
sống sót sau rechallenge. Các phản ứng trao đổi chất
của những con vật này là khác biệt từ những người thu được
cho một đệm phosphat mặn (PBS) nhóm kiểm soát
và xuất hiện có liên quan đến sự miễn dịch bảo vệ
phản ứng. Đối với thách thức ngâm với với