Both PCO and cluster analysis are s

Both PCO and cluster analysis are so-called ‘phenetic’ methods in that they are based on measures of overall distance or similarity among samples. However, there is another, philosophically quite distinct approach to the analysis of genetic relationships, referred to as ‘cladistics’. Cladistic analysis also begins with the sample x marker character-state matrix, and also results in dendrograms, though these are sometimes called cladograms to distinguish them from the phenograms of cluster analysis. The difference is that two samples are placed together in the same cluster (or clade) of a cladogram not on the basis of high genetic similarity between them calculated from all markers taken together, but because they share a particular state of a given marker (or markers). The two approaches are also sometimes distinguished as ‘distance’ and ‘character-state’ respectively. Because it is possible to generate many cladograms from a single dataset, due to conflicts among characters, so-called parsimony approaches are used to choose among them. A most-parsimonious cladogram is one that requires the least number of character-state changes. There is a wide range of parsimony algorithms, each with its own data requirements and assumptions. Some require that the polarity of character changes be known, i.e. which character states are ancestral and which derived. Cladograms are reconstructions of phylogenies. RAPD data, because of uncertainty over the identity of bands, is not usually thought suitable for this kind of analysis. Box 1 lists some phylogeny reconstruction software. Turning now to the measurement of genetic diversity and genetic structure (among and within populations), the F-statistics of Wright (1965, 1978) and the G-statistics of Nei (1973) are commonly employed. Estimates of these statistics are based on allele frequencies, and the most appropriate molecular data for such statistical analyses are clearly those in which allele frequencies can be determined directly, such as RFLPs, STMS and sequence haplotypes. Of these, sequences and restriction site data are unique among molecular markers in providing both frequency and phylogenetic information. Nevertheless, suitable statistical treatments are also available for dominant markers such as RAPDs, though in at least one case population differentiation coefficients based on indirectly estimated RAPD frequencies were not concordant with those based on RAPD frequencies directly estimated from haploid macrogametophytes (Szmidt et al. 1996). Careful treatment also needs to be given to difficulties arising from the occurrence of large numbers of alleles at one locus in STMS, and for various sources of sampling error within and among populations (Weir and Cockeram 1984). The software packages in Box 2 may be used to calculate genetic parameters and distances and those in Box 3 can be used for general statistical analysis.

Kết quả (Việt) 1:

Cả hai PCO và cụm sao phân tích là cái gọi là 'phenetic' phương pháp trong đó họ được dựa trên các biện pháp của tổng thể khoảng cách hoặc nét tương đồng giữa các mẫu. Tuy nhiên, đó là cách tiếp cận khác, triết học xã hội khá khác biệt để phân tích các mối quan hệ di truyền, được gọi là 'mô'. Thay phân tích cũng bắt đầu với mẫu x đánh dấu nhà nước nhân vật ma trận, và cũng có thể kết quả trong dendrograms, mặc dù chúng đôi khi được gọi là cladograms để phân biệt chúng từ phenograms cụm phân tích. Sự khác biệt là rằng hai mẫu đang được đặt với nhau trong cùng một cụm (hoặc nhánh) của một biểu không trên cơ sở các nét tương đồng di truyền cao giữa chúng tính từ tất cả các dấu hiệu lấy nhau, nhưng vì họ chia sẻ một nhà nước cụ thể của một điểm đánh dấu nhất định (hoặc đánh dấu). Hai phương pháp cũng đôi khi được phân biệt là 'khoảng cách' và 'nhân vật-bang' tương ứng. Bởi vì nó có thể tạo ra nhiều cladograms từ một tập dữ liệu duy nhất, do cuộc xung đột giữa các nhân vật, sự cẩn thận cái gọi là phương pháp tiếp cận được sử dụng để lựa chọn giữa chúng. Một biểu parsimonious hầu hết là một đòi hỏi ít nhất số thay đổi nhân vật-nhà nước. Đó là một phạm vi rộng của thuật toán sự cẩn thận, mỗi với yêu cầu dữ liệu riêng của mình và giả định. Một số yêu cầu rằng phân cực của nhân vật thay đổi được biết đến, tức là nhân vật kỳ được tổ tiên và có nguồn gốc. Cladograms là tái tạo của nghiên. Dữ liệu RAPD, vì sự không chắc chắn về danh tính của ban nhạc, không thường nghĩ phù hợp cho loại của phân tích. Hộp 1 liệt kê một số phần mềm xây dựng lại phát sinh loài. Quay về ngay bây giờ để đo lường sự đa dạng di truyền và cấu trúc di truyền (trong số và trong quần thể), F-thống kê của Wright (1965, 1978) và G-thống kê của Nei (1973) thường được sử dụng. Các ước tính của những thống kê này được dựa trên tần số allele, và các dữ liệu phân tử đặt thích hợp cho các phân tích thống kê là rõ ràng những người trong đó allele tần số có thể xác định trực tiếp, chẳng hạn như RFLPs, STMS và chuỗi haplotypes. Trong số này, trình tự và dữ liệu trang web giới hạn là duy nhất trong số các dấu hiệu phân tử cung cấp các tần số và thông tin phát sinh loài. Tuy nhiên, phương pháp điều trị thích hợp thống kê được cũng có sẵn cho các dấu hiệu chiếm ưu thế chẳng hạn như RAPDs, mặc dù trong ít nhất một trường hợp dân sự khác biệt dựa trên gián tiếp hệ số ước tính RAPD tần số đã không concordant với những người dựa trên tần số RAPD trực tiếp được ước tính từ bội macrogametophytes (Szmidt et al. 1996). Cẩn thận điều trị cũng cần phải được trao cho những khó khăn nảy sinh từ sự xuất hiện của một số lượng lớn của alen tại một locus trong STMS, và cho nhiều nguồn khác nhau của lấy mẫu lỗi bên trong và giữa các dân (Weir và Cockeram 1984). Các gói phần mềm trong hộp 2 có thể được sử dụng để tính toán di truyền tham số và khoảng cách và những người trong hộp 3 có thể được sử dụng cho tổng hợp phân tích thống kê.

Kết quả (Việt) 2:

Cả hai PCO và phân tích cluster được phương pháp 'phenetic' ở chỗ chúng được dựa trên các biện pháp tổng thể về khoảng cách giữa các mẫu tương tự hoặc cái gọi là. Tuy nhiên, có một, triết học phương pháp khá rõ rệt vào việc phân tích các mối quan hệ di truyền, gọi là 'cladistics'. Phân tích cladistic cũng bắt đầu với các nhân vật ma trận x đánh dấu trạng thái mẫu, và cũng có kết quả trong dendrograms, mặc dù đôi khi được gọi là cladograms để phân biệt với các phenograms phân tích cluster. Sự khác biệt là hai mẫu được đặt lại với nhau trong cùng một nhóm (hoặc nhánh) của một cladogram không phải trên cơ sở di truyền tương đương cao giữa chúng tính từ tất cả các dấu hiệu lấy nhau, nhưng vì họ chia sẻ một trạng thái đặc biệt của một dấu hiệu cho (hoặc đánh dấu). Hai cách tiếp cận đôi khi cũng phân biệt là 'khoảng cách' và 'nhân vật-nhà nước tương ứng. Bởi vì nó có thể tạo ra nhiều cladograms từ một tập dữ liệu duy nhất, do mâu thuẫn giữa các nhân vật, vì vậy gọi là phương pháp được sử dụng sự cẩn thận để lựa chọn trong số đó. Một cladogram nhất-tiêu dùng tiết kiệm là một trong những đòi hỏi số lượng ít nhất của nhân vật thay đổi trạng thái. Có một loạt các thuật toán chi li, mỗi yêu cầu dữ liệu riêng của mình và giả định. Một số yêu cầu rằng các cực của các thay đổi nhân vật được biết đến, tức là nhà nước nào, nhân vật là tổ tiên và trong đó có nguồn gốc. Cladograms là nguyên các phylogenies. Dữ liệu RAPD, vì không chắc chắn về danh tính của các ban nhạc, thường không nghĩ thích hợp cho các loại hình phân tích. Hộp 1 liệt kê một số phần mềm phát sinh học tái tạo. Quay sang các phép đo của sự đa dạng di truyền và cấu trúc di truyền (giữa và trong các quần thể), F-thống kê của Wright (1965, 1978) và G-thống kê của Nei (1973) được dùng phổ biến. Ước tính của các số liệu thống kê dựa trên tần số alen và các dữ liệu phân tử thích hợp nhất cho phân tích thống kê như vậy rõ ràng là những người trong đó alen tần số có thể được xác định trực tiếp, chẳng hạn như RFLPs, STMS và haplotype chuỗi. Trong số này, trình tự và dữ liệu trang web hạn chế là duy nhất trong số các marker phân tử trong việc cung cấp cả hai tần số và thông tin phát sinh loài. Tuy nhiên, phương pháp điều trị thống kê phù hợp cũng có sẵn cho các dấu hiệu chiếm ưu thế như RAPDs, mặc dù trong trường hợp dân số ít nhất một hệ số khác biệt dựa trên tần số RAPD ước tính gián tiếp là không phù hợp với những người dựa trên tần số RAPD ước tính trực tiếp từ macrogametophytes đơn bội (Szmidt et al. 1996 ). Điều trị cẩn thận cũng cần được trao cho những khó khăn phát sinh từ sự xuất hiện của một số lượng lớn các alen tại một locus trong STMS, và các nguồn khác nhau của lỗi lấy mẫu trong và giữa các quần thể (Weir và Cockeram 1984). Các gói phần mềm trong Box 2 có thể được sử dụng để tính toán các thông số di truyền và khoảng cách và những người trong Box 3 có thể được sử dụng để phân tích thống kê tổng hợp.