We used two separate backbones for

We used two separate backbones for constructing our distribution of trees, one based on the
results and data from Hackett et al. (2008) that we present in the main text, and an alternative set based on the data from Ericson et al. (2006). The Spearman Rank correlation of mean specieslevel lineage diversification rate (DR, section 1.2.2) between the two tree distributions was > 0.99. In Supplementary Discussion Figures 5 and 6 we show that also the MEDUSA results were
insensitive to backbone tree choice
Supplementary Discussion Figure 6. MEDUSA results for 525 trees from the posterior using the Hackett backbone
tree. This tree is identical to that shown in Fig 2 of the main text, but with clades labeled as in Supplementary
Discussion Figure 5. We note that the prevalence of shifts may be lowered by a “trickle-down” effect where
combinations of nested shifts are rarely identified in the same tree. Notably, joint shifts at nodes A+B, H+I, J+L, and
N+O are found in 80% of trees (> 97% of trees for N+O). The
trickle-down effect can extend to larger sets of nested nodes (e.g. the combination J+L+Q does not occur in any tree
but at least one of the three nodes is identified by MEDUSA in >96% of trees), but the trickle-down effect does not
itself preclude the possibility of nested shifts co-occurring (e.g. shifts at nodes F and G co-occur in 66% of trees).

Kết quả (Việt) 1:

Chúng tôi sử dụng hai xương sống riêng biệt để xây dựng chúng tôi phân phối của cây, một dựa trên cáckết quả và dữ liệu từ Hackett et al. (2008) mà chúng tôi trình bày trong văn bản chính, và một cách thay thế thiết lập dựa trên dữ liệu từ Ericson et al. (2006). Các mối tương quan Spearman xếp hạng của specieslevel có nghĩa là dòng dõi đa dạng hóa tỷ lệ (DR, phần 1.2.2) giữa hai cây phân phối là > 0,99. Trong bổ sung thảo luận con số 5 và 6 chúng tôi chỉ rằng cũng kết quả MEDUSA làkhông nhạy cảm với sự lựa chọn cây xương sốngBổ sung thảo luận các con số 6. MEDUSA kết quả cho 525 cây từ sau bằng cách sử dụng xương sống Hackettcây. Cây này là giống hệt nhau để mà minh họa trong hình 2 của các văn bản chính, nhưng với nhánh có nhãn như trong ngânThảo luận các con số 5. Chúng tôi lưu ý rằng sự phổ biến của thay đổi có thể được hạ xuống bởi một hiệu ứng "trickle-down" nơisự kết hợp của lồng nhau thay đổi hiếm khi được xác định trong cùng một cây. Đáng chú ý, phần thay đổi tại nút A + B, H + I, J + L, vàN + O được tìm thấy trong < 5% của cây nhưng hoặc là một hoặc thay đổi khác xảy ra ở > 80% của cây (> 97% của cây cho N + O). CácTrickle-Down hiệu ứng có thể mở rộng để bộ lớn hơn của lồng nhau nút (ví dụ như sự kết hợp J + L + Q không xảy ra trong bất kỳ câynhưng ít nhất là một trong ba nút được xác định bởi MEDUSA trong > 96% của cây), nhưng có hiệu lực trickle-down khôngchính nó ngăn cản khả năng thay đổi lồng nhau đồng xảy ra (ví dụ như là thay đổi tại nút F và G đồng xảy ra trong 66% của cây).

Kết quả (Việt) 2:

Chúng tôi sử dụng hai trụ cột riêng biệt để xây dựng phân phối của chúng ta về cây, một dựa trên
kết quả và dữ liệu từ Hackett et al. (2008) mà chúng tôi trình bày trong văn bản chính, và một bộ thay thế dựa trên các dữ liệu từ Ericson et al. (2006). Các Spearman Rank tương quan tỷ lệ đa dạng hóa dòng bình specieslevel (DR, phần 1.2.2) giữa hai phân bố cây là> 0.99. Trong bổ sung Thảo luận Hình 5 và 6, chúng tôi thấy đó cũng là kết quả Medusa
không nhạy cảm để lựa chọn cây xương sống
phụ Thảo luận Hình 6. Kết quả Medusa cho 525 cây từ phía sau bằng cách sử dụng đường trục Hackett
cây. Cây này giống hệt với những gì thể hiện trong hình 2 của văn bản chính, nhưng với nhánh có nhãn như trong bổ sung
Thảo luận Hình 5. Chúng tôi lưu ý rằng tỷ lệ thay đổi có thể được hạ xuống bởi một "nhỏ giọt xuống" hiệu ứng nơi
kết hợp của ca lồng nhau là hiếm khi được xác định trong cùng một cây. Đáng chú ý, ca chung tại các nút A + B, H + I, J + L và
N + O được tìm thấy trong <5% số cây nhưng một hoặc khác thay đổi xảy ra trong> 80% số cây (> 97% số cây cho N + O). Các
quả kéo theo có thể mở rộng đến các bộ lớn hơn của các nút lồng nhau (ví dụ như sự kết hợp J + L + Q không xảy ra trong bất kỳ cây
nhưng ít nhất một trong ba nút được xác định bởi Medusa trong> 96% số cây), nhưng chảy xuống ảnh hưởng không
tự loại trừ khả năng ca lồng nhau xảy ra đồng thời (ví dụ như thay đổi tại các nút F và G cùng xảy ra ở 66% số cây).