Proteomic approaches using fungal a

Proteomic approaches using fungal and oomycete plant pathogens are now aimed mainly at detecting effector proteins, but also at monitoring stage-specific diffeences in protein patterns. In this context, two major challenges arise: (1) the diversity of fungal plant pathogens, and (2) the poor availability of genome sequence data, with only a few MS-based protein sequence references available (Padliya and Cooper 2006). This lack of MS-based protein references from fungi becomes
strikingly apparent when carrying out proteomic studies; often, only a minority of proteins can be identified. Performing cross-species identification (CSI) using available protein sequence data from other related fungi is one possible way to bridge this gap. For example, protein identification from spores of the bean rust fungus U. appendiculatus initially led to only three identified proteins, but an enhanced number of proteins could be matched to data from related fungi, among them 25 proteins from the Basidiomycete U. maydis (Cooper et al. 2006). In cases where genome sequencing programs have been initiated, the situation appears more favourable. For oomycete pathogens from the species Phytophthora, initiated sequencing programmes (Phytophthora Genome Consortium; National Centre for Genome Resources, NCGR) have led to the identification of stage-specific as well as extracellular proteins from P. infestans, P. palmivora and P.nicotianae (Mitchel et al. 2002; Sheperd et al. 2003; Torto et al. 2003). Thus, several proteins were found to be stage-specific or specific to one or another spore type; their identification will help determine their specific functions during pathogenesis (van West et al. 2003).

Kết quả (Việt) 1:

Phương pháp tiếp cận proteomic bằng cách sử dụng nấm và tác nhân gây bệnh thực vật oomycete bây giờ được mục tiêu chủ yếu là lúc phát hiện effector protein, nhưng cũng lúc giám sát giai đoạn cụ thể diffeences trong protein mô hình. Trong bối cảnh này, hai thách thức lớn phát sinh: (1) sự đa dạng của nấm trồng mầm bệnh, và (2) sự sẵn có kém của các dữ liệu chuỗi bộ gen, với chỉ một vài protein MS dựa trên trình tự tài liệu tham khảo có sẵn (Padliya và Cooper 2006). Điều này thiếu protein dựa trên MS tham khảo từ nấm trở thànhnổi bật rõ ràng khi thực hiện các nghiên cứu của proteomic; thông thường, chỉ có một thiểu số của các protein có thể được xác định. Thực hiện xác định cross-loài (CSI) bằng cách sử dụng dữ liệu chuỗi cung cấp protein từ các loại nấm có liên quan khác là một trong những cách có thể thu hẹp khoảng cách này. Cho ví dụ, xác định protein từ bào tử của appendiculatus U. rust nấm đậu ban đầu dẫn đến protein được xác định chỉ có ba, nhưng một số tăng cường lượng protein có thể được kết hợp với dữ liệu từ liên quan đến nấm, trong đó có 25 protein từ Basidiomycota U. maydis (Cooper et al. 2006). Trong trường hợp nơi mà các chương trình trình tự gen đã được khởi tạo, tình hình sẽ xuất hiện nhiều thuận lợi. Cho oomycete các mầm bệnh từ loài Phytophthora, khởi xướng chương trình trình tự (Phytophthora Genome Consortium; Trung tâm quốc gia cho các tài nguyên gen, NCGR) đã dẫn đến việc xác định các giai đoạn cụ thể cũng như ngoại bào protein từ P. infestans, P. palmivora và P.nicotianae (Mitchel và ctv. 2002; Sheperd et al. năm 2003; Torto et al. năm 2003). Vì vậy, một số protein được tìm thấy là giai đoạn cụ thể hoặc cụ thể cho một hoặc một spore loại; nhận dạng của họ sẽ giúp xác định các chức năng cụ thể trong sinh bệnh (van West et al. năm 2003).

Kết quả (Việt) 2:

Phương pháp tiếp cận proteomic sử dụng nấm và thực vật oomycete mầm bệnh hiện nay là nhằm mục đích chủ yếu là khả năng phát hiện các protein gây ảnh hưởng, nhưng cũng có lúc theo dõi diffeences giai đoạn cụ thể trong mô hình protein. Trong bối cảnh này, hai thách thức lớn phát sinh: (1) sự đa dạng của các tác nhân gây bệnh nấm, và (2) sự sẵn có nghèo của gen được giải mã, chỉ với một vài tài liệu tham khảo trình tự protein MS-dựa sẵn (Padliya và Cooper 2006). Sự thiếu tài liệu tham khảo protein MS dựa trên từ nấm trở nên
nổi bật rõ ràng khi thực hiện nghiên cứu protein học; thường, chỉ có một thiểu số của các protein có thể được xác định. Thực hiện nhận dạng chéo loài (CSI) sử dụng có sẵn dữ liệu chuỗi protein từ nấm khác có liên quan là một trong những cách có thể để thu hẹp khoảng cách này. Ví dụ, nhận dạng protein từ các bào tử của nấm đậu gỉ U. appendiculatus ban đầu dẫn đến chỉ có ba loại protein được xác định, nhưng một số nâng cao của protein có thể được kết hợp với dữ liệu từ nấm có liên quan, trong đó có 25 protein từ Basidiomycete U. maydis (Cooper et al. 2006). Trong trường hợp chương trình giải mã bộ gen đã được bắt đầu, tình hình trở nên thuận lợi hơn. Đối với tác nhân gây bệnh oomycete từ các loài Phytophthora, khởi xướng các chương trình xử (Phytophthora Genome Consortium, Trung tâm Quốc gia về Tài nguyên Genome, NCGR) đã dẫn đến việc xác định các giai đoạn cụ thể cũng như các protein ngoại bào từ P. infestans, P. palmivora và P.nicotianae (Mitchel et al 2002;. Sheperd et al 2003;.. Torto et al 2003). Như vậy, nhiều protein được tìm thấy là giai đoạn cụ thể hoặc cụ thể cho một hoặc một loại bào tử;

Kết quả (Việt) 3:

Nhóm học cách sử dụng protein của vi khuẩn nấm và thực vật thể hiện trong trứng người bệnh chủ yếu nhắm phát hiện hiệu ứng của protein, và protein đặc trưng của giai đoạn nóng của chế độ giám sát.Như vậy dưới nền, xuất hiện hai thách thức chính: (1) thực vật đa dạng của mầm bệnh nấm, và (2) genome sequence data có độ chênh lệch, chỉ có một số ít dựa trên MS protein sequence Reference (padliya và Cooper, 2006).Thiếu protein này dựa trên Microsoft trở thành tham khảo từ nấmChú ý là, trong khi nhóm nghiên cứu tiến hành học protein, thường chỉ có một số ít protein có thể được xác định.Sử dụng những nấm có liên quan đến protein sequence data tiến hành lai ghép được xác định (các chứng) là một loại có thể có cách để đem lại hòa bình cho chỗ này.Ví dụ, appendiculatus Mỹ ban đầu dẫn đến chỉ có ba người được xác định protein đậu cô ve bệnh đốm lá bào tử nấm protein được xác định, nhưng tăng số lượng protein có thể khớp với dữ liệu liên quan đến nấm, trong đó 25 protein từ Basidiomycete U. maydis (Cooper et al.2006).Trong genome sequencing đã khởi động kế hoạch hợp, tình hình có vẻ thuận lợi hơn.Vi khuẩn với trứng của loài mốc, thực hiện kế hoạch ( mốc genome sequencing của Hiệp hội; National genome Resource Center, NCGR) dẫn đến việc xác định đặc trưng của giai đoạn và bên ngoài tế bào từ khoai Tây muộn protein của vi khuẩn, P. palmivora và P.nicotianae (Mitchel et al.2002 người chờ.2003 có nhân bánh, đợi đã.2003).Do đó, một số protein được tìm thấy hay cụ thể là giai đoạn cụ thể của một hay một loại bào tử khác, nó có thể giúp xác định cụ thể xác định chức năng của nó trong cơ chế phát ( chờ.2003).