treatment. Leaf material served for

treatment. Leaf material served for RNA extraction or trypan blue
staining. To verify normal proliferation of the fungus on each
Arabidopsis genotype, and to assess whether the fungus had
already established hyphae and/or haustoria in the mesophyll of
pen2 and pen2 pad4 sag101, trypan blue-stained leaves of each
plant were examined by bright-field microscopy. For each
genotype and treatment, we pooled leaves of four different
plants and used it for RNA extraction following a protocol slightly
modified to the one mentioned above: following chloroform
extraction, RNA was not precipitated using isopropanol; we
rather purified RNA using RNeasy Mini spin columns (QIAGEN,
Hilden, Germany) according to the manufacturer0s instructions.
All steps of labelling, hybridization with Affymetrix ATH1 Gene-
Chips and scanning were carried out at the IZKF (Munster,
Germany). Only samples with RNA integrity number values >8
served for transcriptome analysis. We processed raw expression
data of two independent experiments using the Web-based
pipeline for microarray gene expression-profile analysis (GEPAS;
Herrero, 2003) merged with Babelomics to a unique new web
application (http://babelomics.bioinfo.cipf.es/; Medina et al.,
2010). Robust multiarray averaging (Irizarry et al., 2003) was
chosen for background correction and data normalization. We
monitored gene expression using the FiRe program (Garcion
et al., 2006). We verified by qRT-PCR abundance of mRNA
transcripts in pen2 but no, or only weak, abundance in wild type
or pen2 pad4 sag101 in both replicates of three additional
experiments. We selected only genes with consistent activation in
all replicates for functional analysis.

Kết quả (Việt) 1:

điều trị. Lá vật liệu phục vụ cho RNA khai thác hoặc trypan màu xanh nhuộm. Để xác minh các phát triển bình thường của các loại nấm trên mỗi Arabidopsis kiểu gen, và để đánh giá liệu các loại nấm có hyphae đã được thành lập và/hoặc haustoria trong các của pen2 và pen2 pad4 sag101, trypan màu xanh lá của mỗi thực vật đã được kiểm tra bằng kính hiển vi trường tươi sáng. Cho mỗi kiểu gen và điều trị, chúng tôi gộp lại lá của bốn khác nhau cây trồng và sử dụng nó cho khai thác RNA sau một giao thức hơi thay đổi để một trong những đề cập ở trên: sau cloroform khai thác, RNA không kết tủa bằng cách sử dụng isopropanol; chúng tôi thay vì tinh khiết RNA bằng cách sử dụng RNeasy Mini quay cột (QIAGEN, Hilden, Đức) theo hướng dẫn của manufacturer0s. Tất cả các bước của nhãn mác, lai ghép với Affymetrix ATH1 gen-Khoai tây chiên và quét được thực hiện tại IZKF (Munster, Đức). Chỉ mẫu với tính toàn vẹn RNA số giá trị > 8 phục vụ cho phân tích transcriptome. Chúng tôi xử lý nguyên biểu hiện dữ liệu của hai thí nghiệm độc lập sử dụng dựa trên Web đường ống dẫn cho phân tích hồ sơ biểu hiện gen microarray (GEPAS; Herrero, 2003) sáp nhập với Babelomics để một trang web mới độc đáo ứng dụng (http://babelomics.bioinfo.cipf.es/; Medina et al., 2010). là mạnh mẽ multiarray trung bình (Irizarry và ctv., 2003) chọn cho bình thường hóa sự điều chỉnh và dữ liệu nền. Chúng tôi biểu hiện gen theo dõi bằng cách sử dụng chương trình cháy (Garcion et al., 2006). Chúng tôi xác minh bởi Đảng Cộng sản Romania qRT sự phong phú của mRNA bảng điểm trong pen2 nhưng không có, hoặc chỉ yếu, sự phong phú trong tự nhiên loại hoặc pen2 pad4 sag101 trong cả hai sao chép của ba bổ sung thí nghiệm. Chúng tôi đã chọn chỉ gen với phù hợp kích hoạt trong sao chép tất cả cho giải tích hàm.

Kết quả (Việt) 2:

điều trị. Lá nguyên liệu phục vụ cho khai thác RNA hoặc Trypan blue
nhuộm. Để xác minh sự phát triển bình thường của các loại nấm trên mỗi
kiểu gen Arabidopsis, và để đánh giá liệu các loại nấm đã
đã thành lập các sợi nấm và / hoặc giác mút trong diệp nhục của
pen2 và pen2 PAD4 sag101, Trypan lá màu xanh-màu của mỗi
nhà máy được kiểm tra bằng sáng-field kính hiển vi. Đối với mỗi
kiểu gen và điều trị, chúng tôi nhập chung lá của bốn khác nhau
thực vật và sử dụng nó để tách RNA sau một giao thức hơi
sửa đổi đã nêu ở trên: sau chloroform
chiết, RNA không được kết tủa bằng isopropanol; chúng tôi
RNA khá tinh khiết sử dụng RNeasy Thống cột spin (Qiagen,
Hilden, Đức) theo các hướng dẫn manufacturer0s.
Tất cả các bước của việc ghi nhãn, lai tạo với Affymetrix ATH1 Gene-
Chips và quét được thực hiện tại các IZKF (Munster,
Đức). Chỉ có các mẫu với các giá trị số toàn vẹn RNA> 8
phục vụ cho việc phân tích transcriptome. Chúng tôi xử lý biểu hiện nguyên
dữ liệu của hai thí nghiệm độc lập bằng cách sử dụng Web dựa trên
đường ống dẫn cho gene microarray phân tích biểu hiện hồ sơ (GEPAS;
Herrero, 2003) sáp nhập với Babelomics đến một trang web độc đáo mới
ứng dụng (http://babelomics.bioinfo.cipf.es /;. Medina et al,
2010). Trung bình multiarray mạnh mẽ (Irizarry et al., 2003) đã được
lựa chọn để điều chỉnh nền và chuẩn hóa dữ liệu. Chúng tôi
theo dõi biểu hiện gen bằng cách sử dụng chương trình lửa (Garcion
et al., 2006). Chúng tôi xác nhận qua sự phong phú QRT-PCR của mRNA
bảng điểm bằng pen2 nhưng không có, hoặc chỉ ở mức yếu, sự phong phú trong loại hoang dã
hoặc pen2 PAD4 sag101 trong cả hai lần lặp lại của ba thêm
các thí nghiệm. Chúng tôi chỉ chọn các gen có kích hoạt phù hợp trong
tất cả các lần lặp lại để phân tích chức năng.