2. Bond lengths in amino acids as s

2. Bond lengths in amino acids as sums of the atomic covalent radii
The atomic covalent radii [6] or the bonding atomic radii [7], d(A) is a distance defined as, Rcov = d(A) = d(AA)/2, where d(AA) is the known inter-atomic distance. The atomic single bond (subscript: s.b.) covalent radius of an atom A is [6] as half of the single bond distance, d(A-A) and the double bond (subscript: d.b.) covalent radius is half of the double bond distance d(A=A). The latter is smaller than the single bond distance [6]. Fig. 2A gives the values of Rcov for C, N, O and H atoms (data in [6], [8]), as shown under the circles of the given radii. The radius of Cres, as in graphite [6], also forms the resonance bond in benzene [1,6] and in the atomic structures of the molecular components of nuclei acids [3] and caffeine related molecules [4]. For a covalent bond between any two atoms, Pauling [6] considered the bond length as the sum of the covalent radii. However, he did not extend this to the biological molecules under consideration here.
The average values of the main bond lengths for amino acids from [6, 9-14] are presented in Table 1. The corresponding sums of the covalent radii R(sum) of the adjacent atoms in the bonds in the above molecules (see e.g., glycine, alanine and serine in Fig. 2B) are also given in Table 1 (see column 3).
Fig. 3 shows a plot of the various bond lengths [6, 9-14] in Table 1 versus the sum of the atomic covalent radii, R(sum). A least square line drawn through all the points gives a slope of 1.18 and an intercept of -0.25 as shown in Fig. 3. The calculated values of R(sum)cal, using the values of the slope and intercept, are given in the last but one column in Table 1. The last column gives the difference between R(sum) and R(sum)cal. This column shows that but for the deviation by 0.06 of the NH and OH bond lengths, all the rest are effectively in good agreement (< +/- 0.04). The NH and OH bond lengths [6, 9-14] are shorter perhaps because H is in the form of a ‘transient’ proton, H+ due to H-bonding [2]. The radius of H+ is 0.28 Å [1,2], whereas the covalent radius of H atom is 0.37 Å (see Fig. 2A).
Thus, it is concluded here that the main bond lengths in the amino acids are sums of the atomic covalent radii of the adjacent atoms. The atomic structures of glycine, alanine and serine (taken as examples) are drawn to scale in Fig. 2B. Note that this basic structure holds for any amino acid since the various amino acids differ only by the side group, R (see Fig. 1). Based on this result, the conventional structures such as those in [15] for molecules of all the essential amino acids (see Fig. 4) have now been converted into the atomic structures as shown in Fig. 5 (see pages 9-12 below), with bond lengths as the sum of the atomic radii given in Fig. 2A. All the structures refer to the undissociated neutral forms.

Kết quả (Việt) 1:

2. trái phiếu độ dài trong các axit amin như các khoản tiền của nguyên tử bán kính cộng hoá trị Bán kính cộng hoá trị nguyên tử [6] hoặc bán kính nguyên tử liên kết [7], d(A) là khoảng cách được định nghĩa như là Rcov = d(A) = d (AA) / 2, nơi d(AA) là khoảng cách giữa hai nguyên tử được biết đến. Liên kết đơn nguyên tử (chỉ số: SB) bán kính cộng hoá trị của một nguyên tử A là [6] như là một nửa khoảng cách liên kết đơn, d(A-A) và liên kết đôi (chỉ số: d.b.) bán kính cộng hoá trị là một nửa của đôi khoảng cách d(A=A). Sau đó là nhỏ hơn khoảng cách liên kết đơn [6]. Hình 2A cung cấp cho các giá trị của Rcov cho nguyên tử C, N, O và H (dữ liệu trong [6], [8]), như được hiển thị theo vòng tròn bán kính nhất định. Bán kính của Cres, như trong than chì [6], cũng hình thức trái phiếu cộng hưởng trong benzen [1,6] và trong các cấu trúc nguyên tử của các thành phần phân tử của axit hạt nhân [3] và Cafein liên quan đến phân tử [4]. Cho một trái phiếu liên giữa bất kỳ hai nguyên tử, Pauling [6] coi là chiều dài liên kết tổng hợp bán kính cộng hoá trị. Tuy nhiên, ông đã mở rộng điều này với các phân tử sinh học đang được xem xét ở đây. Các giá trị trung bình của độ dài chính trái phiếu cho các axit amin từ [6, 9-14] được trình bày trong bảng 1. Các khoản tiền tương ứng của bán kính cộng hoá trị R(sum) của các nguyên tử lân cận trong trái phiếu trong các phân tử ở trên (xem ví dụ như, glycine, alanine và serine trong hình 2B) cũng được đưa ra trong bảng 1 (xem cột 3). Hình 3 cho thấy một lô các độ dài liên kết khác nhau [6, 9-14] trong bảng 1 so với tổng số bán kính cộng hoá trị nguyên tử, R(sum). Một ít vuông đường rút ra qua tất cả các điểm cho độ dốc 1,18 và đánh chặn một số-0.25 như minh hoạ trong hình 3. Tính giá trị của R (tổng) cal, bằng cách sử dụng các giá trị của độ dốc và đánh chặn, được đưa ra trong cuối cùng nhưng một cột trong bảng 1. Các cột cuối cùng cho sự khác biệt giữa R(sum) và R (tổng) cal. Cột này hiển thị đó, nhưng đối với độ lệch bởi 0,06 độ dài NH và OH trái phiếu, tất cả phần còn lại là có hiệu quả trong các thỏa thuận tốt (< + /-0,04). Các NH và OH bond dài [6, 9-14] là ngắn hơn có lẽ vì H là dưới hình thức một proton 'tạm', H + do liên kết H [2]. Bán kính của H + là 0,28 Å [1,2], trong khi bán kính cộng hoá trị của nguyên tử H là 0,37 Å (xem hình 2A). Vì vậy, nó kết luận ở đây rằng độ dài chính trái phiếu trong các axit amin là tiền bán kính cộng hoá trị nguyên tử của các nguyên tử lân cận. Các cấu trúc nguyên tử của glycine, alanine và serine (thực hiện như là ví dụ) được rút ra để quy mô hình 2B. Lưu ý rằng cấu trúc cơ bản này giữ cho bất kỳ axit amin vì các axit amin khác nhau khác nhau chỉ bằng các nhóm bên, R (xem hình 1). Dựa trên kết quả này, các cấu trúc thông thường như những người trong [15] cho các phân tử của tất cả các axit amin thiết yếu (xem hình 4) có bây giờ được chuyển đổi thành các cấu trúc nguyên tử như hiển thị trong hình 5 (xem trang 9-12 dưới đây), với độ dài trái phiếu như là tổng kết của bán kính nguyên tử được đưa ra trong hình 2A. Tất cả các cấu trúc tham khảo các hình thức undissociated trung tính.

Kết quả (Việt) 2:

2. Bond độ dài các axit amin như là một khoản tiền của nguyên tử cộng hóa trị bán kính
Các kết cộng hóa trị bán kính nguyên tử [6] hoặc các nguyên tử liên kết bán kính [7], d (A) là một khoảng cách định nghĩa là, Rcov = d (A) = d (AA ) / 2, trong đó d (AA) là khoảng cách giữa các nguyên tử được biết đến. Các trái phiếu đơn nguyên tử (subscript: sb) bán kính cộng hóa trị của một nguyên tử A [6] như là một nửa của khoảng cách đơn trái phiếu, d (AA) và các liên kết đôi (subscript: db) bán kính cộng hóa trị là một nửa của khoảng cách kết đôi d (A = A). Sau đó là nhỏ hơn khoảng cách trái phiếu duy nhất [6]. Sung. 2A mang đến cho các giá trị của Rcov cho C, N, O và H nguyên tử (dữ liệu trong [6], [8]), như thể hiện dưới các vòng tròn của bán kính nhất định. Bán kính của Cres, như trong graphite [6], cũng tạo thành các trái phiếu cộng hưởng trong benzen [1,6] và trong các cấu trúc nguyên tử của các thành phần phân tử của axit hạt nhân [3] và các phân tử caffeine liên quan [4]. Đối với một liên kết hóa trị giữa hai nguyên tử, Pauling [6] coi chiều dài trái phiếu là tổng của các bán kính cộng hóa trị. Tuy nhiên, ông đã không mở rộng này để các phân tử sinh học được xem xét ở đây.
Các giá trị trung bình của trái phiếu chính độ dài cho các axit amin từ [6, 9-14] được thể hiện trong Bảng 1. Các khoản tiền tương ứng của cộng hóa trị bán kính R (sum ) của các nguyên tử lân cận trong các trái phiếu trong các phân tử ở trên (xem ví dụ, glycine, alanine và serine trong hình. 2B) cũng được cho trong bảng 1 (xem cột 3).
Hình. 3 cho thấy một biểu đồ về độ dài trái phiếu khác nhau [6, 9-14] trong Bảng 1 so với tổng các bán kính nguyên tử cộng hóa trị, R (tổng hợp). Một đường vuông ít nhất rút ra thông qua tất cả các điểm cung cấp một độ dốc của 1,18 và đánh chặn của -0,25 như thể hiện trong hình. 3. Các giá trị tính toán của R (tổng hợp) cal, bằng cách sử dụng các giá trị của mái dốc và đánh chặn, được đưa ra trong phần cuối, nhưng một cột trong Bảng 1. Các cột cuối cùng cho sự khác biệt giữa R (tổng hợp) và R (tổng hợp) cal . Cột này cho thấy, nhưng đối với độ lệch 0,06 độ dài của trái phiếu NH và OH, tất cả còn lại là có hiệu quả trong thỏa thuận tốt (<+/- 0,04). Các NH và OH dài trái phiếu [6, 9-14] là ngắn hơn có lẽ vì H là dưới hình thức của một proton 'thoáng', H + do H-bonding [2]. Bán kính của H + là 0,28 Å [1,2], trong khi bán kính cộng hóa trị của H nguyên tử là 0,37 Å (xem hình 2A.).
Như vậy, có thể kết luận đây rằng chiều dài trái phiếu chính trong các axit amin là khoản của nguyên tử kết cộng hóa trị bán kính của các nguyên tử lân cận. Các cấu trúc nguyên tử của glycine, alanine và serine (lấy làm ví dụ) được rút ra để mở rộng quy mô trong hình. 2B. Lưu ý rằng cấu trúc cơ bản này giữ cho bất kỳ axit amin từ các axit amin khác nhau chỉ khác nhau bởi các nhóm phụ, R (xem hình. 1). Dựa trên kết quả này, các cấu trúc thông thường như những người trong [15] cho các phân tử của tất cả các axit amin thiết yếu (xem hình. 4) bây giờ đã được chuyển đổi thành các cấu trúc nguyên tử như hình. 5 (xem các trang 9-12 dưới đây), với chiều dài trái phiếu là tổng của bán kính nguyên tử đưa ra trong hình. 2A. Tất cả các cấu trúc tham khảo các hình thức trung tính undissociated.