Next generation sequencing (NGS) en

Next generation sequencing (NGS) enables rapid analysis of the composition and diversity of microbial communities
in several habitats. We applied the high throughput techniques of NGS to the metagenomics study of endophytic
bacteria in Aloe vera plant, by assessing its PCR amplicon of 16S rDNA sequences (V3–V4 regions)
with the Illumina metagenomics technique used to generate a total of 5,199,102 reads from the samples. The
analyses revealed Proteobacteria, Firmicutes, Actinobacteria and Bacteriodetes as the predominant genera. The
roots have the largest composition with 23% not present in other tissues. The stems have more of the
genus—Pseudomonas and the unclassified Pseudomonadaceae. The α-diversity analysis indicated the richness
and inverse Simpson diversity index of the bacterial endophyte communities for the leaf, root and stem tissues
to be 2.221, 6.603 and 1.491 respectively. In a similar study on culturable endophytic bacteria in the same
A. vera plants (unpublished work), the dominance of Pseudomonas and Bacillus genera was similar, with equal
proportion of four species each in root, stem and leaf tissues. It is evident that NGS technology captured effectively
the metagenomics of microbiota in plant tissues and this can improve our understanding of the microbial–
plant host interactions

Kết quả (Việt) 1:

Thế hệ tiếp theo xác định trình tự (Spincam) cho phép nhanh chóng phân tích thành phần và sự đa dạng của cộng đồng vi sinh vậttrong một số môi trường sống nhất. Chúng tôi áp dụng các kỹ thuật cao thông lượng của Spincam để nghiên cứu metagenomics cònvi khuẩn trong cây Aloe vera, bằng cách đánh giá của nó amplicon PCR 16S rDNA chuỗi (V3-V4 khu vực)với kỹ thuật metagenomics Illumina được sử dụng để tạo ra một tổng số 5,199,102 đọc từ các mẫu. Cácphân tích cho thấy sơ, Firmicutes, Actinobacteria và Bacteriodetes như là chi chiếm ưu thế. Cácrễ có các thành phần lớn nhất với 23% không hiện diện ở các mô khác. Thân cây có nhiều hơn cácchi — Pseudomonas và Pseudomonadaceae không phân loại. Phân tích đa dạng α chỉ ra sự phong phúvà nghịch đảo Simpson chỉ số tính đa dạng của cộng đồng vi khuẩn endophyte cho các lá, rễ và thân cây môlà 2.221, 6.603 và 1.491 tương ứng. Trong một nghiên cứu tương tự như trên dễ còn vi khuẩn trong cùng mộtA. vera cây (chưa được công bố công việc), sự thống trị của Pseudomonas và trực khuẩn chi được tương tự, với nhautỷ lệ của bốn loài mỗi mô rễ, thân và lá. Nó là điều hiển nhiên rằng công nghệ Spincam bắt hiệu quảmetagenomics microbiota trong các mô thực vật và điều này có thể cải thiện sự hiểu biết của chúng tôi về các vi khuẩn-thực vật chủ tương tác

Kết quả (Việt) 2:

Tiếp theo thế hệ trình tự (NGS) cho phép phân tích nhanh chóng của các thành phần và tính đa dạng của cộng đồng vi khuẩn
trong một số môi trường sống. Chúng tôi áp dụng các kỹ thuật thông lượng cao của NGS để nghiên cứu khổng lồ metagenomics của endophytic
vi khuẩn trong cây lô lô hội, bằng cách đánh giá amplicon PCR của 16S trình tự rDNA (vùng V3-V4)
với Illumina khổng lồ metagenomics kỹ thuật sử dụng để tạo ra một tổng cộng 5.199.102 đọc từ mẫu. Các
phân tích cho thấy Proteobacteria, Firmicutes, Actinobacteria và Bacteriodetes như chi phối. Các
rễ có thành phần lớn nhất với 23% không có mặt ở các mô khác. Thân cây có nhiều
chi-Pseudomonas và Pseudomonadaceae mật. Các phân tích α-đa dạng cho thấy sự phong phú
và ngược Simpson chỉ số đa dạng của cộng đồng endophyte khuẩn cho lá, rễ và thân cây mô
là 2,221, 6,603 và 1,491 tương ứng. Trong một nghiên cứu tương tự trên vi khuẩn endophytic culturable trong cùng
A. nhà máy vera (chưa công bố), sự thống trị của Pseudomonas và Bacillus chi là tương tự, với bằng
tỷ lệ của bốn loài từng ở rễ, thân và mô lá. Rõ ràng là công nghệ NGS bị bắt có hiệu quả
các vi sinh vật khổng lồ metagenomics của trong mô thực vật và điều này có thể cải thiện sự hiểu biết của chúng ta về microbial-
tương tác cây chủ