Like the other iron oxidizers descr

Like the other iron oxidizers described in this section ‘Fv. myxofaciens’ is an extreme acidophile, though with a pH optimum of 3.0 and a pH minimum of ~2, it is less acidophilic than Acidithiobacillus spp., Af. thiooxydans and ‘T. prosperus’. Uniquely among these bacteria, it appears to oxidize ferrous iron only, and is an obligate aerobe. ‘Fv. myxofaciens’ is widely distributed in acidic, iron-rich streams and rivers, where it is frequently observed as macroscopic streamer growths (Supplementary Fig. S2c) (Hallberg et al., 2006). It has also been identified as the major iron-oxidizing bacterium colonizing a pilot-scale mine water treatment plant designed to oxidize and precipitate iron from contaminated ground water (Heinzel et al., 2009).
Other bacteria, classified as ‘moderate acidophiles’ (pH optima for growth of 3–5) have also been occasionally reported to catalyse the dissimilatory oxidation of iron under aerobic conditions. These include some Thiomonas spp. (mixotrophic sulfur-oxidizing betaproteobacteria) that have been reported to precipitate ferric iron when grown in liquid and on solid media (Battaglia-Brunet et al., 2006). However, great care has to be taken to differentiate biological and abiotic iron oxidation, as noted above, particularly as small changes in the culture pH of moderate acidophiles can induce rapid chemical oxidation of iron. Slyemi et al. (2011) reported that Thiomonas strains that deposited ferric iron in shake flasks and on solid media did not oxidize iron in pH-controlled bioreactors, leading to the conclusion that Thiomonas spp. probably do not directly catalyse ferrous iron oxidation.

Neutrophilic, aerobic iron-oxidizing proteobacteria
Currently, all known oxygen-dependent, neutrophilic, lithotrophic iron oxidizers are proteobacteria (Emerson et al., 2010). Interestingly these appear to be readily divided into freshwater species, all of which are betaproteobacteria, and marine species, which have mostly been affiliated to the proposed (Candidatus) class ‘Zetaproteobacteria’ (Emerson et al., 2007). Although this group includes one of the earliest described bacteria (Gallionella), most neutrophilic aerobic iron-oxidizing bacteria have been isolated and characterized only relatively recently. Because of the potential for rapid abiotic oxidation of ferrous iron in oxygen-rich, pH-neutral waters, aerobic, neutrophilic iron oxidizers often colonize the interface between aerobic and anoxic zones in sediments and ground waters, and have often been described as ‘gradient’ organisms. Tech- niques used to isolate these bacteria have usually attempted to mimic these environmental conditions in vitro, such as incubating in micro-aerobic atmospheres and using ‘gradient tubes’ (e.g. Druschel et al., 2008; Emerson & Floyd, 2005; Hallbeck et al., 1993). In contrast to their acidophilic counterparts, neutrophilic iron oxidizers do not have pre-existing pH gradients across their membranes that can drive ATP synthesis and, although the redox potentials of the ferrous/ferric couple(s) are lower at pH 7 than at pH 2, so is that of the oxygen/water couple (Fig. 1).

Kết quả (Việt) 1:

Giống như các khác oxidizers sắt được mô tả trong phần này 'Fv. myxofaciens' là một acidophile cực, mặc dù với một tối ưu pH 3.0 và tối thiểu pH ~ 2, nó là ít acidophilic hơn Acidithiobacillus spp., Af. thiooxydans và 'T. prosperus'. Duy nhất trong số các vi khuẩn, nó xuất hiện để ôxi hóa bằng sắt chỉ, và là một aerobe bắt. 'Fv. myxofaciens' được phân phối rộng rãi trong có tính axit, giàu sắt suối và sông, nơi nó thường xuyên quan sát thấy như streamer vĩ mô tăng trưởng (bổ sung hình. S2c) (Hallberg và ctv., 2006). Nó cũng đã được xác định là vi khuẩn oxy hóa sắt lớn cai một phi công, quy mô tôi nước nhà máy xử lý được thiết kế để ôxi hóa và kết tủa sắt từ đất nước bị ô nhiễm (Heinzel et al., 2009).Vi khuẩn khác, phân loại là 'trung bình acidophiles' (pH optima cho sự tăng trưởng của 3-5) cũng đã được thường xuyên báo cáo để catalyse dissimilatory quá trình oxy hóa của sắt trong điều kiện hiếu khí. Chúng bao gồm một số Thiomonas spp. (mixotrophic ôxi hóa lưu huỳnh betaproteobacteria) đã được báo cáo để kết tủa sắt sắt khi phát triển trong chất lỏng và trên phương tiện truyền thông rắn (Battaglia-Brunet và ctv., 2006). Tuy nhiên, chăm sóc tuyệt vời đã được thực hiện để phân biệt quá trình oxy hóa sinh học và abiotic sắt, như đã nói ở trên, đặc biệt là thay đổi nhỏ trong pH văn hóa của trung bình acidophiles có thể gây ra quá trình oxy hóa hóa học nhanh chóng của sắt. Slyemi et al. (2011) báo cáo rằng chủng Thiomonas gửi sắt sắt trong lắc chậu và trên phương tiện truyền thông rắn đã ôxy hóa sắt trong điều khiển pH bioreactors, dẫn đến kết luận rằng Thiomonas spp. có thể không trực tiếp catalyse quá trình oxy hóa bằng sắt. Neutrophilic, hiếu khí oxy hóa sắt sơHiện nay, tất cả được biết đến phụ thuộc vào ôxy, neutrophilic, lithotrophic sắt oxidizers là sơ (Emerson và ctv., 2010). Điều thú vị đây dường như dễ dàng được chia thành các loài nước ngọt, tất cả đều là betaproteobacteria, và loài sinh vật biển, chủ yếu là có được liên kết đến các lớp học (Candidatus) được đề xuất 'Zetaproteobacteria' (Emerson và ctv., 2007). Mặc dù nhóm này bao gồm một mô tả vi khuẩn sớm nhất (Gallionella), đặt neutrophilic hiếu khí oxy hóa sắt vi khuẩn có được cô lập và đặc trưng chỉ tương đối mới. Vì tiềm năng cho quá trình oxy hóa nhanh chóng abiotic bằng sắt trong giàu ôxy, độ pH trung tính vùng biển, hiếu khí, neutrophilic sắt oxidizers thường thực dân hoá giao diện giữa khu vực hiếu khí và thiếu ôxy trong các trầm tích và đất nước, và thường đã được miêu tả như là 'gradient' sinh vật. Công nghệ-niques được sử dụng để cô lập các vi khuẩn thường đã cố gắng bắt chước những điều kiện môi trường trong ống nghiệm, chẳng hạn như ấp trong khí quyển vi hiếu khí và sử dụng 'gradient ống' (ví dụ như Druschel et al., năm 2008; Emerson & Floyd, 2005; Hallbeck et al., 1993). Trái ngược với đối tác của họ acidophilic, neutrophilic sắt oxidizers không có gradient pH sẵn trên màng mà có thể lái xe tổng hợp ATP và, mặc dù tiềm năng redox của couple(s) màu/III đang thấp hơn ở pH 7 hơn ở pH 2, như vậy là của các cặp vợ chồng oxy/nước (hình 1).

Kết quả (Việt) 2:

Giống như các chất oxi hóa sắt khác được mô tả trong phần này 'FV. myxofaciens 'là một acidophile cực, mặc dù với một pH tối ưu là 3,0 và tối thiểu của pH ~ 2, nó ít ưa acid hơn Acidithiobacillus spp., Af. thiooxydans và 'T. prosperus '. Độc đáo trong số các vi khuẩn, nó xuất hiện để oxy hóa sắt màu duy nhất, và là một aerobe bắt buộc. 'FV. myxofaciens 'được phân phối rộng rãi trong môi trường axit, suối và sông giàu chất sắt, nơi mà nó được quan sát thường xuyên như tăng trưởng vĩ mô streamer (bổ sung hình. S2c) (Hallberg et al., 2006). Nó cũng đã được xác định là vi khuẩn sắt-oxy hóa chủ yếu thuộc địa hóa một nhà máy xử lý nước mỏ quy mô thí điểm thiết kế để oxy hóa và làm kết tủa sắt từ nguồn nước ngầm bị ô nhiễm (Heinzel et al., 2009).
Vi khuẩn khác, phân loại là 'acidophiles vừa' ( optima pH cho sự tăng trưởng của 3-5) cũng thỉnh thoảng được báo cáo để xúc tác quá trình oxy hóa dissimilatory sắt trong điều kiện hiếu khí. Chúng bao gồm một số Thiomonas spp. (mixotrophic lưu huỳnh-oxy hóa betaproteobacteria) đã được báo cáo kết tủa sắt III khi trồng trong nước và trên môi trường rắn (Battaglia-Brunet et al., 2006). Tuy nhiên, chăm sóc tuyệt vời phải được thực hiện để phân biệt sinh học và phi sinh học, quá trình oxy hóa sắt, như đã nói ở trên, đặc biệt là những thay đổi nhỏ về pH văn hóa của acidophiles vừa phải có thể gây ra quá trình oxy hóa hóa nhanh chóng của sắt. Slyemi et al. (2011) báo cáo rằng Thiomonas chủng đọng sắt III trong bình lắc và trên phương tiện truyền thông vững chắc không bị ôxy hóa sắt trong lò phản ứng pH kiểm soát, dẫn đến kết luận rằng Thiomonas spp. có lẽ không trực tiếp xúc tác cho quá trình oxy hóa sắt II. trung tính, proteobacteria sắt-oxy hóa hiếu khí Hiện nay, tất cả phụ thuộc oxy biết, trung tính, chất oxi hóa sắt lithotrophic là proteobacteria (Emerson et al, 2010.). Điều thú vị này xuất hiện để được dễ dàng chia thành các loài nước ngọt, tất cả đều là betaproteobacteria, và loài sinh vật biển, mà chủ yếu là đã được liên kết với các đề xuất (Candidatus) đẳng cấp 'Zetaproteobacteria' (Emerson et al., 2007). Mặc dù nhóm này bao gồm một trong những vi khuẩn được mô tả sớm nhất (Gallionella), vi khuẩn sắt-oxy hóa hiếu khí trung tính nhất đã được phân lập và đặc trưng chỉ tương đối gần đây. Do khả năng cho quá trình oxy hóa vô sinh nhanh chóng của sắt II trong aerobic giàu oxy, pH trung tính nước,, chất oxi hóa sắt trung tính thường xâm nhập vào giao diện giữa các vùng hiếu khí và thiếu ôxy trong trầm tích và nước ngầm, và thường được mô tả là 'dốc' sinh vật. Các kỹ thuật được sử dụng để phân lập các vi khuẩn này đã thường cố gắng để bắt chước các điều kiện môi trường trong ống nghiệm, chẳng hạn như ủ trong môi trường vi hiếu khí và sử dụng 'ống dốc' (ví dụ Druschel et al, 2008;. Emerson & Floyd, 2005; Hallbeck et al., 1993). Ngược lại với các đối tác ưa acid của họ, chất oxi hóa sắt trung tính không có gradient pH có từ trước qua màng của họ mà có thể lái xe tổng hợp ATP và, mặc dù tiềm năng oxi hóa khử của các cặp vợ chồng sắt / màu (s) là thấp hơn ở pH 7 hơn ở pH 2 , như vậy là các cặp vợ chồng oxy / nước (Fig. 1).