Introduction of Xpert® MTB/RIF assa

Introduction of Xpert® MTB/RIF assay has revolutionalised the diagnosis of tuberculosis (TB) by simultaneously detecting the bacteria and resistance to rifampicin (rif), a surrogate marker for multi-drug resistant TB (MDR-TB) as well as one of the principal first-line anti-tuberculosis drugs. In general, rpoB mutations can be found in 96.1% of rif-resistant Mycobacterium tuberculosis (MTB) strains worldwide and these mutations usually are located in a region at the 507-533rd amino acid residuals (81 bp) in the MTB rpoB gene, which is referred to as Rifampicin-resistance-determining region (RRDR). In this study, we determined the frequency of MDR-TB in Kampala using Xpert® MTB/RIF in comparison with the agar proportion method using Middlebrook 7H11and further determined the frequency of probes for different rpoB gene mutations using Xpert® MTB/RIF assay in the 81 bp RRDR.

Methods
A total of 1501 specimens received at Mycobacteriology laboratory, Makerere University for Xpert testing between May 2011 and May 2014 were analysed by Xpert® MTB/RIF assay. Specimens that were positive for both MTB and rifampicin resistance were further subjected to a complete first line anti-mycobacterial drug susceptibility testing using Middlebrook 7H11 agar proportion method (APM).

Results
Xpert® MTB/RIF assay detected 313 MTB positive specimens and out of which 12 specimens had both MTB and rifampicin- resistance conferred by four different rpoB gene mutations in the 81 bp-RRDR of MTB, further one (1/12), specimen was found to be rifampicin mono-resistant on APM while the 11 were found to be MDR-TB. Probes associated with the observed rif- resistance were as follows: E (7/12), B (3/12), A (1/12), D (1/12) and no rif-resistance was associated with probe C. No specimen yielded rif-resistance associated with more than one probe failure (mutation combinations). Probe D was associated with rifampicin mono-resistant.

Conclusions
MDR-TB was at 3.5% in the studied population. Mutations associated with Probe E (58%) also known as codons 531and 533 are the commonest rpoB gene mutation identified by Xpert® MTB/RIF assay in this setting and mutations identified by probe E of the assay, turned out to be MDR-TB strains by agar proportion method antimicrobial susceptibility testing. No mutation was detected in the codon 522.

Keywords

Rifampicin-resistance-determining region RNA polymerase B gene Multi-drug Resistant tuberculosis Xpert® MTB/RIF

Kết quả (Việt) 1:

Giới thiệu Xpert® MTB/RIF khảo nghiệm có revolutionalised chẩn đoán bệnh lao (TB) đồng thời phát hiện các vi khuẩn và kháng rifampicin (rif), một điểm đánh dấu thay thế cho bệnh lao kháng đa thuốc (MDR-TB) cũng như một trong các loại thuốc chống lao chủ yếu hàng đầu. Nói chung, rpoB đột biến có thể được tìm thấy trong 96.1% rif-Mycobacterium tuberculosis (MTB) các chủng kháng thuốc trên toàn thế giới và những đột biến thường nằm trong một khu vực tại dư acid amin 507-533rd (81 bp) trong MTB rpoB gen, mà được gọi là Rifampicin-kháng xác định vùng (RRDR). Trong nghiên cứu này, chúng tôi xác định tần số của MDR-TB ở Kampala bằng cách sử dụng Xpert® MTB/RIF so với phương pháp tỷ lệ agar sử dụng Middlebrook 7H11and tiếp tục xác định tần số đầu dò cho đột biến gen khác nhau rpoB sử dụng Xpert® MTB/RIF khảo nghiệm trong chiếc 81 bp RRDR.Phương phápTổng số 1501 mẫu đã nhận được Mycobacteriology tại Phòng thí nghiệm trường đại học Makerere Xpert cuộc thử nghiêm vào tháng 5 năm 2011 và tháng 5 năm 2014 đã được phân tích bởi Xpert® MTB/RIF khảo nghiệm. Mẫu vật là tích cực cho MTB và rifampicin kháng đã tiếp tục phải chịu hoàn toàn đầu tiên dòng mycobacterial chống ma túy tính nhạy cảm thử nghiệm bằng cách sử dụng Middlebrook 7H 11 phương pháp tỷ lệ agar (APM).Kết quảPhát hiện khảo nghiệm Xpert® MTB/RIF 313 MTB mẫu vật tích cực và trong đó 12 mẫu vật có MTB và sức đề kháng rifampicin trao bằng 4 khác nhau rpoB gen đột biến trong 81 bp-RRDR của MTB, hơn nữa một (1/12), mẫu vật được tìm thấy là rifampicin mono-kháng sinh trên APM trong khi 11 đã được tìm thấy là MDR-TB. Đầu dò kết hợp với quan sát rif-kháng chiến như sau: E (7/12), B (3/12), A (1/12), D (1/12) và không có sức đề kháng rif được kết hợp với thăm dò C. Mẫu vật không mang kháng rif liên kết với nhiều hơn một thăm dò lỗi (đột biến kết hợp). Thăm dò D được liên kết với rifampicin kháng mono.Kết luậnMDR-TB là 3,5% trong dân số nghiên cứu. Đột biến liên quan đến thăm dò E (58%) cũng được gọi là codons 531and 533 là đột biến gen rpoB phổ biến được xác định bởi Xpert® MTB/RIF khảo nghiệm trong này thiết lập và đột biến được xác định bởi các tàu thăm dò E của các khảo nghiệm, hóa ra là MDR-TB chủng bởi agar tỉ lệ phương pháp kháng sinh nhạy cảm thử nghiệm. Không có đột biến được phát hiện ở codon 522.Từ khóaRifampicin-kháng xác định vùng RNA-polymerase B gen bệnh lao kháng đa thuốc Xpert® MTB/RIF

Kết quả (Việt) 2:

Giới thiệu về Xpert® MTB / RIF khảo nghiệm đã revolutionalised chẩn đoán bệnh lao (TB) bằng cách đồng thời phát hiện các vi khuẩn và kháng rifampicin (rif), một dấu hiệu thay thế cho lao đa kháng thuốc (MDR-TB) cũng là một trong những chính đầu tiên dòng thuốc chống lao. Nói chung, các đột biến rpoB có thể được tìm thấy trong 96,1% của rif chống Mycobacterium tuberculosis (MTB) chủng trên toàn thế giới và những đột biến thường được đặt tại một khu vực ở các phần dư axit amin 507-533rd (81 bp) ở gen rpoB MTB, mà được gọi là Rifampicin-kháng-xác định khu vực (RRDR). Trong nghiên cứu này, chúng tôi xác định tần số của MDR-TB ở Kampala sử dụng Xpert® MTB / RIF so với các phương pháp tỷ lệ agar sử dụng Middlebrook 7H11and xác định thêm các tần số của đầu dò cho đột biến gen rpoB khác nhau sử dụng Xpert® MTB khảo nghiệm / RIF trong 81 bp RRDR.

Phương pháp
tổng cộng có 1501 mẫu nhận tại phòng thí nghiệm Mycobacteriology, Đại học Makerere để thử nghiệm Xpert giữa tháng năm 2011 và tháng 5 năm 2014 đã được phân tích bởi Xpert® MTB / RIF khảo nghiệm. Mẫu vật đó dương tính cả MTB và kháng rifampicin được tiếp tục chịu một dòng đầu tiên chống mycobacteria thử nghiệm nhạy cảm thuốc hoàn chỉnh sử dụng Middlebrook 7H11 phương pháp tỷ lệ agar (APM).

Kết quả
Xpert® MTB / RIF xét nghiệm phát hiện 313 mẫu MTB tích cực và trong đó 12 mẫu có cả MTB và kháng rifampicin- trao bốn đột biến gen rpoB khác nhau trong 81 bp-RRDR của MTB, ta càng xa (1/12), mẫu vật đã được tìm thấy là rifampicin mono-kháng trên APM trong khi 11 đã được tìm thấy có MDR-TB. Đầu dò kết hợp với các kháng rif- quan sát như sau: E (7/12), B (3/12), A (1/12), D (1/12) và không có rif kháng được kết hợp với thăm dò C. không có mẫu vật thu được rif kháng kết hợp với nhiều hơn một thất bại đầu dò (kết hợp đột biến). Probe D có liên quan với rifampicin mono chịu.

Kết luận
MDR-TB đã ở mức 3,5% trong dân số nghiên cứu. Đột biến liên quan Probe E (58%) còn được gọi là codon 531and 533 là những đột biến gen rpoB phổ biến xác định bởi Xpert® MTB / RIF khảo nghiệm trong môi trường này và xác định biến đổi bởi tàu thăm dò E của xét nghiệm, hóa ra là chủng MDR-TB bằng phương pháp tỷ lệ thạch thử nghiệm kháng sinh đồ. Không có đột biến đã được phát hiện ở các codon 522.

Từ khóa

Rifampicin-kháng-xác định gen B RNA polymerase khu vực nhiều thuốc kháng lao Xpert® MTB / RIF