DNA barcoding systems employ a shor

DNA barcoding systems employ a short, standardized gene region to identify species. A 648-bp segment of mitochondrial cytochrome c oxidase 1 (CO1) is the core barcode region for animals, but its utility has not been tested in fungi. This study began with an examination of patterns of sequence divergences in this gene region for 38 fungal taxa with full CO1 sequences. Because these results suggested that CO1 could be effective in species recognition, we designed primers for a 545-bp fragment of CO1 and generated sequences for multiple strains from 58 species of Penicillium subgenus Penicillium and 12 allied species. Despite the frequent literature reports of introns in fungal mitochondrial genomes, we detected introns in only 2 of 370 Penicillium strains. Representatives from 38 of 58 species formed cohesive assemblages with distinct CO1 sequences, and all cases of sequence sharing involved known species complexes. CO1 sequence divergences averaged 0.06% within species, less than for internal transcribed spacer nrDNA or β-tubulin sequences (BenA). CO1 divergences between species averaged 5.6%, comparable to internal transcribed spacer, but less than values for BenA (14.4%). Although the latter gene delivered higher taxonomic resolution, the amplification and alignment of CO1 was simpler. The development of a barcoding system for fungi that shares a common gene target with other kingdoms would be a significant advance.

Kết quả (Việt) 1:

ADN barcoding hệ thống sử dụng một khu vực ngắn, tiêu chuẩn hóa gen để xác định các loài. Một đoạn 648-bp của ti thể cytochrome c oxidase 1 (CO1) là vùng lõi mã vạch cho động vật, nhưng tiện ích của nó đã không được thử nghiệm trong nấm. Nghiên cứu này bắt đầu với một kiểm tra các mô hình chuỗi divergences trong khu vực này gene cho 38 đơn vị phân loại nấm với đầy đủ CO1 trình tự. Bởi vì những kết quả này gợi ý rằng CO1 có thể được hiệu quả trong loài công nhận, chúng tôi được thiết kế lớp lót cho các một mảnh 545-bp của CO1 và tạo ra chuỗi cho nhiều chủng từ 58 loài Penicillium chi Penicillium và 12 loài đồng minh. Mặc dù các báo cáo văn học thường xuyên của introns trong bộ gen ti thể nấm, chúng tôi phát hiện introns trong chỉ có 2 370 Penicillium chủng. Các đại diện từ 38 58 loài thành cố kết tập với khác biệt CO1 trình tự, và tất cả các trường hợp tự chia sẻ liên quan đến các loài được biết đến tổ hợp. CO1 chuỗi divergences trung bình 0,06% trong loài, ít hơn cho nội bộ phiên âm spacer nrADN hoặc β-transistor sequences (BenA). CO1 divergences giữa loài bình quân 5,6%, tương đương với nội bộ phiên âm spacer, nhưng ít hơn so với giá trị cho BenA (14,4%). Mặc dù các gen thứ hai chuyển giao phân loại độ phân giải cao, khuếch đại và sự liên kết của CO1 là đơn giản. Sự phát triển của một hệ thống barcoding cho nấm mà chia sẻ một mục tiêu chung của gene với các Vương Quốc khác sẽ là một tiến bộ đáng kể.

Kết quả (Việt) 2:

hệ thống DNA mã vạch sử dụng một, khu vực gen chuẩn ngắn để xác định loài. Một đoạn 648 bp của cytochrome c oxidase ty thể 1 (CO1) là cốt lõi khu vực mã vạch cho động vật, nhưng tiện ích của nó đã không được thử nghiệm trong nấm. Nghiên cứu này bắt đầu với việc xem xét các mô hình phân kỳ tự trong khu vực gene này cho 38 loài nấm có trình tự CO1 đầy đủ. Bởi vì những kết quả này gợi ý rằng CO1 có thể có hiệu quả trong công nhận loài, chúng tôi thiết kế mồi cho một đoạn 545 bp của CO1 và trình tự tạo ra cho nhiều chủng từ 58 loài Penicillium phân chi Penicillium và 12 loài đồng minh. Mặc dù các báo cáo văn học thường xuyên của intron trong hệ gen ty thể nấm, chúng tôi phát hiện intron trong chỉ có 2 trong 370 chủng Penicillium. Đại diện của 38 của 58 loài hình thành tập hợp gắn kết với chuỗi CO1 khác nhau, và tất cả các trường hợp chia sẻ chuỗi liên quan đến phức loài được biết đến. CO1 phân kỳ chuỗi trung bình 0,06% trong một loài, thấp hơn so với nội chép spacer nrDNA hoặc chuỗi β-tubulin (Bena). phân kỳ CO1 giữa các loài trung bình 5,6%, so sánh với spacer chép nội bộ, nhưng ít hơn giá trị cho Bena (14,4%). Mặc dù các gen sau giao giải quyết phân loại cao, khuếch đại và sự liên kết của CO1 đã được đơn giản. Sự phát triển của một hệ thống mã vạch cho nấm có chung một mục tiêu gen chung với các vương quốc khác sẽ là một bước tiến đáng kể.