fingerprint of the bacterial commun

fingerprint of the bacterial community in an environmental
sample after a direct DNA extraction (Fig.
1). Briefly, an environmental sample (e.g., a food
sample) is subjected to DNA extraction obtaining a
mixture containing DNA from the bacterial species
occurring in the sample. Successively, the DNA
mixture is used as template in PCR amplifications
of particular variable DNA regions of taxonomic
interest by obtaining an amplified product that is a
mixture of amplicons from the species present in the
initial sample. All the amplicons have the same size
but different sequences, and can be thus separated by
DGGE. The final result is a fingerprint that is
specific of the sample analysed and contains a series
of bands relative to the microbial species present in
the sample. Identification of the species can be
achieved by purifying and sequencing the bands in
the DGGE profile.
The most commonly employed target for PCR
amplification prior to DGGE is the ribosomal DNA.
This is because it is a very conserved region of the
genome that also includes variable regions. Therefore,
primers can be designed by hybridizing to
conserved regions but spanning variable regions in
order to obtain PCR amplicons with species-specific
differences in base pair composition that can be
separated by DGGE. Several primer pairs have been
employed to amplify variable regions of the 16S
rDNA for Bacteria and 26S rDNA or 18S rDNA for
Eucarya. In Table 1, primer sets that have been used
to study microbial communities from food are described
and examples of studies performed on different
food products are reported.
4. Differentiation of bacterial species isolated from
food by PCR-DGGE
Different bacterial species have differences in
base pair composition within the variable regions
of the 16S rDNA, which makes it possible to
distinguish them by PCR-DGGE. In fact, each
species is theoretically supposed to yield a different
DGGE profile after the amplification of variable
regions of the rDNA. Analysis of the amplified
variable V3 region of the 16S rDNA was used to
differentiate and identify lactic acid bacteria isolated
from food (Ercolini et al., 2001a). Differences were

Kết quả (Việt) 1:

dấu vân tay của cộng đồng vi khuẩn trong một môi trườngmẫu sau khi một khai thác ADN trực tiếp (hình.1). một thời gian ngắn, một môi trường mẫu (ví dụ, một thực phẩmmẫu) phải chịu sự DNA khai thác lấy mộthỗn hợp có DNA từ các loài vi khuẩnxảy ra trong mẫu. Liên tục, DNAhỗn hợp được sử dụng như là các bản mẫu trong Đảng Cộng sản Romania amplificationstrong vùng DNA biến cụ thể của phân loạiquan tâm bằng cách lấy một sản phẩm khuếch đại là mộthỗn hợp của amplicons từ các loài hiện diện trong cácmẫu ban đầu. Tất cả các amplicons có cùng kích thướcnhưng khác nhau chuỗi, và do đó có thể được tách ra bởiDGGE. Kết quả cuối cùng là một dấu vân tay đó làcụ thể của mẫu phân tích và có chứa một loạt cáccủa ban nhạc tương đối so với các loài vi khuẩn hiện diện trongmẫu. Nhận dạng của các loài có thểđạt được bằng cách thanh lọc và xác định trình tự các ban nhạc trongcấu hình DGGE.Mục tiêu phổ biến nhất được sử dụng cho Đảng Cộng sản RomaniaCác khuếch đại trước khi DGGE là ADN ribosome.Điều này là bởi vì nó là một khu vực rất bảo tồn của cácbộ gen cũng bao gồm biến vùng. Do đó,chất nền, mồi có thể được thiết kế bởi hybridizing đểbảo tồn khu vực nhưng khung biến vùng ởđể có được Đảng Cộng sản Romania amplicons với species-specificsự khác biệt trong thành phần cơ sở cặp có thểtách ra bởi DGGE. Một số mồi cặp đãlàm việc để khuyếch đại biến vùng của những 16rDNA cho vi khuẩn và 26 rDNA hoặc 18S rDNA choEucarya. Trong bảng 1, mồi bộ đã được sử dụngđể nghiên cứu các cộng đồng vi sinh vật từ thực phẩm được mô tảvà ví dụ về nghiên cứu thực hiện trên khác nhauthực phẩm được báo cáo.4. sự khác biệt của loài vi khuẩn phân lập từthực phẩm của Đảng Cộng sản Romania-DGGELoài vi khuẩn khác nhau có sự khác biệt trongthành phần cơ sở cặp trong vùng biếncủa rDNA 16, mà làm cho nó có thểphân biệt chúng bởi Đảng Cộng sản Romania-DGGE. Trong thực tế, mỗiloài theo lý thuyết là nghĩa vụ phải mang lại một khác nhauDGGE hồ sơ sau khi khuếch đại của biếnkhu vực của rDNA. Phân tích của các khuếch đạibiến vùng V3 rDNA 16 đã được sử dụng đểphân biệt và xác định vi khuẩn axit lactic bị cô lậptừ thực phẩm (Ercolini và ctv., 2001a). Khác biệt là