DNA sequencing and phylogenetic ana

DNA sequencing and phylogenetic analysis
Sequencing was performed using ABI PRISM 377 DNA sequencer (Perkin Elmer). All sequences were aligned using MEGA version 3.1 (Kumar et al., 2004). Alignments were manually corrected and then saved as fasta file. All sequences of C. militaris and P. militaris were submitted to RDP v3 beta 05 (Martin and Rybicki, 2000) and TOPALi v2 (Milne et al., 2004) to detect recombination by six automated methods and DSS method. Pairwise distance matrix was generated with Kimura two-parameter model (K2P) (Kimura,


1980) by using MEGA version 3.1 (Kumar et al., 2004). Minimum Evolution (ME) tree and Maximum Parsimony (MP) trees were searched by Close-Neighbour- Interchange (CNI) and tested by bootstrap analyses (Felsenstein, 1985) with 1000 search replicates.

Kết quả (Việt) 1:

Trình tự DNA và phân tích phát sinh loàiTrình tự đã được thực hiện bằng cách sử dụng ABI PRISM 377 DNA sequencer (Perkin Elmer). Tất cả các trình tự đã được liên kết bằng cách sử dụng MEGA Phiên bản 3.1 (Kumar et al, 2004). Sự sắp xếp đã được sửa chữa bằng tay và sau đó lưu dưới dạng tập tin fasta. Tất cả các chuỗi C. militaris và P. militaris đã được gửi đến RDP v3 beta 05 (Martin và Rybicki, 2000) và TOPALi v2 (Milne et al, 2004) để phát hiện các gen bởi sáu phương pháp tự động và phương pháp DSS. Ma trận cử khoảng cách đã được tạo ra với Kimura hai tham số mô hình (K2P) (Kimura, 1980) bằng cách sử dụng MEGA Phiên bản 3.1 (Kumar et al, 2004). Cây tiến hóa (ME) tối thiểu và tối đa sự cẩn thận (MP) cây đã được tìm kiếm bởi đóng hàng xóm trao đổi (CNI) và được kiểm tra bởi phân tích bootstrap (Felsenstein, 1985) với 1000 tìm sao chép.

Kết quả (Việt) 2:

Trình tự DNA và phân tích phát sinh loài
Sequencing được thực hiện bằng cách sử dụng ABI PRISM 377 DNA sequencer (Perkin Elmer). Tất cả các trình tự đã được liên kết bằng cách sử dụng MEGA phiên bản 3.1 (Kumar et al., 2004). Sự sắp xếp đã được sửa chữa bằng tay và sau đó lưu lại dưới dạng tập tin FASTA. Tất cả các trình tự của C. Militaris và P. Militaris đã được trình lên RDP v3 beta 05 (Martin và Rybicki, 2000) và TOPALi v2 (Milne et al., 2004) để phát hiện tái tổ hợp của sáu phương pháp tự động và phương pháp DSS. Ma trận khoảng cách cặp đã được tạo ra với Kimura mô hình hai tham số (K2P) (Kimura, 1980) bằng cách sử dụng MEGA phiên bản 3.1 (Kumar et al., 2004). Minimum Evolution (ME) cây và sự cẩn thận tối đa (MP) cây được tìm kiếm bởi Close-tỉnh láng giềng Interchange (CNI) và thử nghiệm bởi các phân tích bootstrap (Felsenstein, 1985) với 1000 tìm kiếm sao chép.