To identify the TDFs in the genomic

To identify the TDFs in the genomic DNA of rice, we used the recombinant inbred lines (RILs) inbred in our

previous study, as plant mapping populations [18]. We used the same 887 SSR markers that we used to screen for genomic polymorphism in our previous study as mapping markers (http://www.gramene.org/markers/microsat). These markers are uniformly distributed across various rice chromosomes. PCR- amplified TDFs that co-segregated with one or more markers were considered to be in the same linkage group as those markers. We were able to map most of the TDFs to the rice genome using the locus information of the markers. TDF-derived primer pairs were designed using Primer-Blast software in NCBI according to the original sequence or the homologous sequences of the 54 TDFs. The specificity of the TDF-derived primer pairs was selected and confirmed by the heat-tolerant rice XN0437T. The expected sizes of amplicons from TDF-derived primer pairs were sometimes larger than the TDFs themselves, especially if the amplified region contained introns. The TDF-derived primer pairs are shown in Table A.1.

2.6. Real-time qRT-PCR and data analysis

Real-time qPCR analysis was performed to confirm the expres- sion pattern of each identified gene. The double stranded-cDNA used for real-time qPCR analysis was obtained via the procedure described above in the section discussing cDNA-AFLP. The cDNA concentrations of all samples were normalized against the expres- sion levels of the ACT1 (GenBank ID: AK100267) gene [19].
Real-time qPCR was carried out by SYBR-green fluorescence using a 7500 Real-Time PCR Machine (Applied Biosystems, U.S.). The threshold cycle (CT) value, representing the PCR cycle at which fluoresce passes the threshold, were generated from the ABI PRISM 7500 software tool

Kết quả (Việt) 1:

Để xác định TDFs trong DNA gen gạo, chúng tôi sử dụng các đường tự nhiên tái tổ hợp (RILs) inbred trong của chúng tôi nghiên cứu trước đó, như là thực vật bản đồ quần thể [18]. Chúng tôi sử dụng các dấu hiệu 887 SSR cùng mà chúng tôi sử dụng để hộ tống cho các đa hình gen trong chúng tôi nghiên cứu trước đó như lập bản đồ đánh dấu (http://www.gramene.org/markers/microsat). Các dấu hiệu được phân bố đồng đều trên nhiều gạo nhiễm sắc thể. Đảng Cộng sản Romania – amplified TDFs đồng tách biệt với một hoặc nhiều dấu hiệu được coi là để trong nhóm liên kết tương tự như những dấu hiệu. Chúng tôi đã có thể để ánh xạ hầu hết các TDFs cho bộ gen gạo sử dụng thông tin locus của các dấu hiệu. Cặp nguồn gốc TDF mồi được thiết kế sử dụng phần mềm vụ nổ mồi trong NCBI theo trình tự ban đầu hoặc chuỗi 54 TDFs, tương đồng. Specificity có nguồn gốc TDF mồi cặp được chọn và confirmed bởi chịu nhiệt gạo XN0437T. Các kích thước dự kiến của amplicons từ nguồn gốc TDF mồi Cặp đôi khi lớn hơn TDFs bản thân, đặc biệt là nếu amplified vùng chứa introns. Cặp nguồn gốc TDF mồi được hiển thị trong bảng A.1.2.6. thời gian thực qRT Đảng Cộng sản Romania và dữ liệu phân tíchPhân tích thời gian thực qPCR được thực hiện để confirm expres-sion mô hình của mỗi gen identified. Stranded đôi cDNA được sử dụng để phân tích thời gian thực qPCR được thu được thông qua các thủ tục mô tả ở trên trong phần thảo luận về cDNA-GENET. Nồng độ cDNA của tất cả các mẫu được chuẩn hoá chống lại các đơn vị expres-sion ACT1 (GenBank ID: AK100267) gen [19].Thời gian thực qPCR được thực hiện bởi SYBR màu xanh lá cây fluorescence bằng cách sử dụng một 7500 Real-Time PCR máy (áp dụng Biosystems, U.S.). Chu kỳ ngưỡng giá trị (CT), đại diện cho Đảng Cộng sản Romania chu kỳ lúc đó Pass fluoresce ngưỡng, đã được tạo ra từ các công cụ phần mềm ABI PRISM 7500

Kết quả (Việt) 2:

Để xác định các TDFs trong DNA bộ gen của lúa, chúng tôi sử dụng các dòng thuần tái tổ hợp (RILs) thuần của chúng tôi trong nghiên cứu trước đây, khi dân số đồ vật [18]. Chúng tôi sử dụng 887 SSR marker mà chúng tôi sử dụng để sàng lọc cho đa hình gen trong nghiên cứu trước đây của chúng tôi là đánh dấu bản đồ (http://www.gramene.org/markers/microsat). Những dấu hiệu được phân bố đều trên các nhiễm sắc thể lúa khác nhau. PCR- ampli fi ed TDFs rằng đồng tách biệt với một hoặc nhiều dấu chuẩn được coi là trong các nhóm liên kết giống như những dấu hiệu. Chúng tôi đã có thể để ánh xạ hầu hết các TDFs với hệ gen của lúa bằng cách sử dụng thông tin của các locus dấu. Cặp mồi TDF có nguồn gốc đã được thiết kế sử dụng phần mềm Primer-Blast trong NCBI theo trình tự ban đầu hoặc các trình tự tương đồng của 54 TDFs. Các thành phố fi đặc hiệu của cặp mồi TDF có nguồn gốc đã được lựa chọn và con fi rmed bởi XN0437T lúa chịu nhiệt. Các kích thước dự kiến của amplicon từ cặp mồi TDF có nguồn gốc từ đôi khi lớn hơn TDFs mình, đặc biệt là nếu các khu vực fi ed ampli chứa intron. Các cặp mồi TDF có nguồn gốc được thể hiện trong Bảng A.1. 2.6. Real-time QRT-PCR và phân tích dữ liệu theo thời gian thực phân tích qPCR đã được thực hiện để con fi rm mô hình biểu hiện của mỗi gen fi ed identi. Các đôi bị mắc kẹt-cDNA được sử dụng để phân tích thời gian thực qPCR được thu thập thông qua các thủ tục mô tả ở trên trong phần thảo luận cDNA-AFLP. Nồng độ cDNA của tất cả các mẫu đã được bình thường hóa với các mức biểu hiện của các Act1 (GenBank ID: AK100267). Gen [19] Real-time qPCR được thực hiện bởi SYBR xanh fl uorescence sử dụng một máy PCR Real-Time 7500 (Ứng dụng Biosystems, Mỹ). Các chu kỳ ngưỡng (CT) giá trị, đại diện cho các chu kỳ PCR mà fl uoresce vượt qua các ngưỡng, được tạo ra từ những công cụ ABI PRISM 7500 phần mềm