ResultsAmplification ofS-RNaseallele

Results
Amplification of
S
-
RNase
alleles in wild potato
species
Nested PCR assay—with C1FD–C4RD primers in the
first round of amplification and C2F–C4RD or C2F–
C3R primers in the second round—was performed to
amplify and characterize
S
-
RNase
alleles in
S.
chac-
oense
populations,
yielding
distinguishable
PCR
fragments (Fig. 2b, c) whose sizes resembled those
of the known
S
-
RNase
alleles (Table 4). Thus,
S11-
and
S16
-
RNase
alleles yielded C2–C4 amplicons of
373
and 367 bp, respectively (Fig. 2b) and C2–C3
amplicons of 295 and 286 bp, respectively (Fig. 2c).
Different patterns of amplified PCR fragments were
determined between and within
S.
chacoense
acces-
sions, suggesting that these primer pair combinations
were suitable to demonstrate
S
-
RNase
gene variability
in
S.
chacoense
accessions. Notwithstanding, identical
PCR product patterns were detected for genotypes of
PI458314 and QBCM accessions that carried different
S
-
RNase
alleles
(
S11
-
and
S16
-
RNase
alleles
in
plants P3 and Q1, respectively (Fig. 2b, c). This was
interpreted to mean that nested PCR assay alone was
not enough to unravel the
S
-
RNase
gene variability
that remained cryptic.
To check whether the usage of the nested primers
could
be
extended
to
other
wild
potato
species
besides
S.
chacoense
, two accessions of
S.
spegazzi-
nii
and
S.
kurtzianum
were analyzed. Interestingly,
nested
primers
amplified
PCR
products
in
these
species
(Fig. 2b,
c)
suggesting
that
not
only
S
-
RNase
alleles of
S.
chacoense, S. spegazzinii
and
S.
kurtzianum
species shared conserved sequences
but also the sizes of their amplified fragments were
similar. The comparison of the performance of the
different primer pair combinations in the three wild
potato species revealed that the C2F–C3R nested
primer combination was responsible for the best
overall amplification (Fig. 2c).
Discrimination of
S
-RNase alleles in wild potato
species by SSCP analysis
SSCP analysis separated the PCR products obtained
with the C2F–C3R nested primers generating different
banding patterns for the
S
-
RNase
gene (Fig. 3

Kết quả (Việt) 1:

Kết quảAmplification củaS-RNaseallele trong khoai tây hoang dãloàiLồng nhau PCR khảo nghiệm — với C1FD-C4RD chất nền, mồi trong cácVòng tròn của amplification và C2F-C4RD hoặc C2F-C3R lớp lót ở vòng thứ hai — được thực hiện đểkhuyếch đại và đặc trưngS-RNaseallele trongS.Chac-oenseQuần thể,năng suấtphân biệtĐẢNG CỘNG SẢN ROMANIAmảnh vỡ (hình 2b, c) có kích thước giống như những ngườibiếtS-RNaseallele (bảng 4). Do đó,S11-vàS16-RNaseallele mang lại C2-C4 amplicons của373và 367 bp, tương ứng (hình 2b) và C2-C3amplicons của 295 và 286 bp, tương ứng (hình 2c).Các mô hình khác nhau của amplified PCR mảnh vỡxác định giữa và trong vòngS.chacoenseacces-sions, cho thấy rằng những kết hợp cặp mồiđược phù hợp để chứng minhS-RNasebiến đổi genởS.chacoenseaccessions. Tuy nhiên, giống hệt nhauĐảng Cộng sản Romania sản phẩm mô hình đã được phát hiện cho kiểu gen củaPI458314 và QBCM accessions thực hiện khác nhauS-RNaseallele(S11-vàS16-RNasealleleởcây P3 và Q1, tương ứng (hình 2b, c). Điều này làgiải thích để có nghĩa là rằng khảo nghiệm PCR lồng nhau một mìnhkhông đủ để làm sáng tỏ cácS-RNasebiến đổi genmà vẫn còn khó hiểu.Để kiểm tra xem liệu việc sử dụng các chất nền, mồi lồng nhaucó thểđượcmở rộngđểkháchoang dãkhoai tâyloàibên cạnh đóS.chacoense, hai accessions củaS.spegazzi-niivàS.kurtzianumđược phân tích. Điều thú vị,lồng nhauchất nền, mồiamplifiedĐẢNG CỘNG SẢN ROMANIAsản phẩmởCácloài(Hình 2b,c)gợi ýmàkhôngchỉS-RNaseallele củaS.chacoense, S. spegazziniivàS.kurtzianumloài chia sẻ trình tự bảo tồnnhưng cũng đã các kích thước của mảnh amplifiedtương tự như. So sánh hiệu suất của cáckết hợp cặp mồi khác nhau trong tự nhiên bakhoai tây loài tiết lộ rằng C2F-C3R lồng nhausự kết hợp mồi là chịu trách nhiệm cho tốt nhấttổng thể amplification (hình 2c).Phân biệt đối xử củaS-RNase alen trong khoai tây hoang dãloài bởi SSCP phân tíchPhân tích SSCP tách các đảng Cộng sản Romania sản phẩm thu đượcvới C2F-C3R chất nền, mồi tạo ra khác nhau lồng nhaudải mẫu cho cácS-RNasegen (hình 3

Kết quả (Việt) 2:

Kết quả
Ampli fi cation của
S
-
RNase
alen trong khoai tây hoang dã
loài
Nested PCR assay-với mồi C1FD-C4RD trong
vòng fi đầu tiên của ampli cation fi và C2F-C4RD hoặc C2F-
C3R mồi trong vòng được thực hiện để thứ hai
khuếch đại và đặc trưng
S
-
RNase
alen trong
S.
chac-
oense
quần thể,
năng suất
phân biệt
PCR
mảnh (Hình 2b, c.) có kích thước giống như những người
của tiếng
S
-
RNase
alen (Bảng 4). Như vậy,
S11-
và
S16
-
RNase
alen mang lại C2-C4 amplicon của
373
và 367 bp, tương ứng (Hình 2b.) Và C2-C3
amplicon của 295 và 286 bp, tương ứng (Hình 2c.).
Mô hình khác nhau của các mảnh PCR ampli fi ed đã được
xác định giữa và trong
S.
chacoense
acces-
những quyết, gợi ý rằng những kết hợp cặp mồi
là phù hợp để chứng minh
S
-
RNase
biến đổi gen
trong
S.
chacoense
đan có. Mặc dù, giống hệt
các mẫu sản phẩm PCR được phát hiện cho kiểu gen của
PI458314 và QBCM đan có mà thực khác nhau
S
-
RNase
alen (S11 - và S16 - RNase alen trong.. Cây P3 và Q1, tương ứng (Hình 2b, c) Điều này được giải thích là: rằng xét nghiệm PCR lồng nhau một mình là không đủ để làm sáng tỏ những S - RNase biến đổi gen. mà vẫn khó hiểu Để kiểm tra xem việc sử dụng các đoạn mồi lồng nhau có thể được mở rộng để khác hoang dã khoai loài ngoài S. chacoense, hai đan có của S. spegazzi- nii và S. kurtzianum được phân tích thú vị,. lồng mồi ampli fi ed PCR sản phẩm trong các loài (Hình 2b,. c) cho thấy rằng không chỉ có S - RNase alen của S. chacoense, S. spegazzinii và S. kurtzianum loài chia sẻ các trình tự bảo tồn mà còn các kích thước của các mảnh vỡ ed fi ampli của họ là tương tự. Việc so sánh hiệu suất của các tổ hợp cặp mồi khác nhau trong ba hoang dã loài khoai tây đã tiết lộ rằng C2F-C3R lồng kết hợp sơn lót chịu trách nhiệm cho tốt nhất tổng thể cation fi ampli (Fig. 2c). Phân biệt đối xử của S alen -RNase trong khoai tây hoang dã loài bởi SSCP phân tích phân tích SSCP tách các sản phẩm PCR thu được với các cặp mồi lồng nhau C2F-C3R tạo khác nhau mô hình dải cho S - RNase gen (Hình. 3