Genetic environment of genes encodi

Genetic environment of genes encoding OXA-type carbapenemases
In clinical strains, the genes encoding class D oxacillinases have commonly been found on plasmids incorporated as gene cassettes in integrons.58 Among the genes encoding OXA-type carbapenemases, only blaOXA-23, blaOXA-40 and blaOXA-58 in
A. baumannii and blaOXA-48 in K. pneumoniae are plasmid borne (Table 1). None of the genes have, however, been found as gene cassettes, owing to the lack of the characteristic features of the 59-base element. Instead, blaOXA-23, blaOXA-48 and blaOXA-58, together with blaOXA-27, are associated with insertion sequences (IS). Upstream of the blaOXA-48 gene IS1999 is found;42 whereas, two slightly divergent copies of ISAba3 bracket the blaOXA-58 gene forming a composite transposon.48 Mobile elements were not
linked to the plasmid-borne blaOXA-40 gene (AY228470).
The association of the blaOXA-48 gene with the reversely oriented IS1999 may cause an increased expression of the bla gene, as shown for the blaVEB-1 gene in P. aeruginosa.59
The genetic context of the blaOXA-23 gene characterized by Donald and co-workers30 was investigated by an in silico analysis of the DNA sequences flanking the gene. The examination showed that the upstream sequence from the blaOXA-23 gene was 99.3% identical to the insertion sequence, ISAba1, described by Segal et al.60 and Poirel (http://www-is.biotoul.fr; 21 June 2005, date last accessed). This ISAba1 isoform diverged slightly from ISAba1 in the tnp gene and inverted-repeat-left (IR-L), and there- fore the variant was designated ISAba1-B. The nucleotide sequence of ISAba1-B contained a deletion and five changes compared with that of ISAba1, and the former occurred in the 50-end of the tnp gene resulting in a premature arrest of translation of the gene. As the orientation of ISAba1-B was reversed compared with the blaOXA-23 gene, IR-L was contiguous to the 50-end of the bla gene. The IR-L of ISAba1-B was also identified in the upstream sequences of other blaOXA-23 genes (AY554200, AY795964, DQ029069) and the
blaOXA-27 gene (AF201828). ISAba1 is related to IS4, a heterogen- eous family of insertion sequences.
The sequences, including IR-L of ISAba1-B, upstream of the
blaOXA-23 (AY554200, AY795964, DQ029069) and blaOXA-27
genes40 in isolates recovered from Asia were completely identical. In the equivalent sequence from the UK isolate,30 a heptamer was truncated from the outer boundary to IR-L, but apart from this truncation the remaining sequences in the region between IR-L and the bla locus were identical. The first 75 nucleotides of down- stream sequences from the blaOXA-23 and blaOXA-27 genes were completely identical; however, A. baumannii strain 25547/96 (AY795964) contained three transversions in the most distant part (>75 bp) of the downstream sequence. These findings may
imply that the genes from Asia and the gene from the UK have been mobilized from the same unknown ancestor.

Kết quả (Việt) 1:

Các môi trường di truyền của gen mã hóa OXA kiểu carbapenemasesTrong lâm sàng chủng, các gen mã hóa lớp D oxacillinases thường được tìm thấy trên một plasmid kết hợp như là băng cát-sét gen trong integrons.58 giữa các gen mã hóa OXA kiểu carbapenemases, chỉ blaOXA 23, blaOXA-40 và blaOXA 58A. baumannii và blaOXA-48 K. pneumoniae là plasmid mọc (bảng 1). Không có các gen có, Tuy nhiên, có thể tìm thấy ở dạng băng cát-sét gen, do việc thiếu các tính năng đặc trưng của các yếu tố cơ bản 59. Thay vào đó, blaOXA-23, blaOXA-48 và blaOXA-58, cùng với blaOXA-27, được kết hợp với trình tự chèn (IS). Thượng lưu của gen blaOXA-48 IS1999 được tìm thấy; 42 trong khi đó, hai bản sao hơi khác nhau của ISAba3 khung blaOXA-58 gen tạo thành một hỗn hợp transposon.48 điện thoại di động các yếu tố khôngliên kết với các plasmid-borne blaOXA-40 gen (AY228470).Hiệp hội blaOXA-48 gen với IS1999 reversely định hướng có thể gây ra một biểu hiện gia tăng của các gen bla, như được hiển thị cho các gen blaVEB-1 trong P. aeruginosa.59Bối cảnh di truyền của gen blaOXA-23 được đặc trưng bởi Donald và co-workers30 đã được điều tra do một silico tại phân tích DNA sequences sườn gen. Các xét nghiệm cho thấy rằng thứ tự ngược dòng từ gen blaOXA-23 đã là 99.3% giống hệt nhau để chèn chuỗi, ISAba1, được mô tả bởi Segal et al.60 và Poirel (http://www-is.biotoul.fr; 21 tháng 6 năm 2005, ngày truy cập). Isoform ISAba1 này đã phân tỏa ra hơi từ ISAba1 ở tnp gen và ngược lại-bên trái (IR-L), và có-fore các biến thể được đặt tên là ISAba1-B. Trình tự nucleotide ISAba1-B chứa một xóa và năm thay đổi so với ISAba1 và trước đây đã xảy ra ở cuối 50 tnp gen dẫn đến một bị bắt sớm của bản dịch của các gen. Như định hướng ISAba1-B đã được đảo ngược so với gen blaOXA-23, IR-L đã được liên tục đến hết 50 gen bla. IR-L ISAba1-b cũng được xác định trong chuỗi các gen blaOXA-23 (AY554200, AY795964, DQ029069), thượng lưu và cácblaOXA-27 gen (AF201828). ISAba1 là liên quan đến IS4, một gia đình heterogen-eous trình tự chèn.Trình tự, bao gồm cả IR-L ISAba1-b, thượng lưu của cácblaOXA-23 (AY554200, AY795964, DQ029069) và blaOXA-27genes40 trong chủng phục hồi từ Châu á đã hoàn toàn giống hệt nhau. Tương đương theo trình tự từ UK isolate, 30 heptamer một cắt bớt từ ranh giới ngoài IR-L, nhưng ngoài truncation này còn lại đoạn trong vùng giữa IR-L và bla locus là giống hệt nhau. Các nucleotide 75 lần đầu trình tự xuống dòng từ gen blaOXA-23 và blaOXA-27 đã hoàn toàn giống hệt nhau; Tuy nhiên, căng thẳng A. baumannii 25547/96 (AY795964) chứa ba transversions ở phần xa nhất (> 75 bp) của dãy hạ lưu. Những phát hiện này có thểngụ ý rằng các gen từ Châu á và gen từ Vương Quốc Anh đã được huy động từ cùng một tổ tiên không rõ.

Kết quả (Việt) 2:

Môi trường di truyền của gen mã hóa OXA-type carbapenemases
Trong chủng lâm sàng, các gen mã hóa oxacillinases lớp D đã thường được tìm thấy trên plasmid kết hợp như cassette gen trong integrons.58 Trong số các gen mã hóa carbapenemases OXA-type, chỉ blaOXA-23, blaOXA-40 và blaOXA-58 trong
A. baumannii và blaOXA-48 trong K. pneumoniae được plasmid truyền (Bảng 1). Không ai trong số các gen có, tuy nhiên, được tìm thấy như băng cassette gen, do thiếu các tính năng đặc trưng của nguyên tố 59-base. Thay vào đó, blaOXA-23, blaOXA-48 và blaOXA-58, cùng với blaOXA-27, được kết hợp với trình tự chèn (IS). Thượng lưu của IS1999 gen blaOXA-48 được tìm thấy, 42 trong khi đó, hai bản hơi khác nhau của khung ISAba3 gen blaOXA-58 tạo thành một transposon.48 hợp các yếu tố di động không được
liên kết với gen blaOXA-40 plasmid-borne (AY228470).
sự kết hợp của các gen blaOXA-48 với IS1999 đổi lại định hướng có thể gây ra một biểu hiện tăng của gen bla, như thể hiện cho các gen blaVEB-1 ở P. aeruginosa.59
Bối cảnh di truyền của gen blaOXA-23 đặc trưng bởi Donald và đồng workers30 đã được điều tra bởi một phân tích silic của các chuỗi DNA chầu gen. Việc kiểm tra cho thấy trình tự thượng nguồn gen blaOXA-23 là 99,3% giống với trình tự chèn, ISAba1, được mô tả bởi Segal et al.60 và Poirel (http://www-is.biotoul.fr; ngày 21 Tháng 6 năm 2005, ngày truy cập cuối cùng). Isoform ISAba1 này tách nhẹ từ ISAba1 ở gen TNP và ngược lại bên trái (IR-L), và Do vậy các biến thể đã được chỉ định ISAba1-B. Trình tự nucleotide của ISAba1-B chứa một xóa và năm thay đổi so với các ISAba1, và cựu xảy ra trong vòng 50 cuối của gen TNP dẫn đến bắt giữ sớm của bản dịch của các gen. Là định hướng của ISAba1-B đã được đảo ngược so với gen blaOXA-23, IR-L là tiếp giáp với 50 của gen bla. IR-L của ISAba1-B cũng đã được xác định trong các trình tự ngược dòng của blaOXA-23 gen khác (AY554200, AY795964, DQ029069) và
gen blaOXA-27 (AF201828). ISAba1 có liên quan đến IS4, một gia đình eous heterogen- trình tự chèn.
Các trình tự, bao gồm IR-L của ISAba1-B, thượng nguồn của
blaOXA-23 (AY554200, AY795964, DQ029069) và blaOXA-27
genes40 phân lập được thu hồi từ châu Á là hoàn toàn giống nhau. Trong chuỗi tương đương từ Anh cô lập, 30 một heptamer đã được cắt ngắn từ ranh giới ngoài để IR-L, nhưng ngoài việc cắt ngắn này trình tự còn lại ở khu vực giữa IR-L và các locus bla là giống hệt nhau. 75 nucleotide đầu tiên của chuỗi dòng down- từ gen blaOXA-23 và blaOXA-27 là hoàn toàn giống nhau; Tuy nhiên, A. baumannii căng 25547/96 (AY795964) chứa ba transversions ở phần xa nhất (> 75 bp) của chuỗi hạ lưu. Những phát hiện này có thể
ngụ ý rằng các gen từ châu Á và gen từ Anh đã được huy động từ các tổ tiên chưa biết tương tự.