taxonomical hierarchy. In addition,

taxonomical hierarchy. In addition, to explore
organismal coverage among pathogen-suppression composts, rarefaction curves can be calculated using EstimateS
(Colwell, 2011). The microbial
communities of waste treatment
processing samples contain a huge genetic diversity that encompasses microorganisms from bacterial, fungal and archaeal domains. In recent years, 454 sequencing has increasingly been applied in the analysis of microbial communities in the waste treatment process from sewage treatment (Ye et al.,
2011) to wastewater treatment and anaerobic digestion (Liao et al., 2013; Pervin et al., 2013).
To reveal the assemblage of microbial populations within a community, various diversity indices can be applied, for example species richness - the number of OTUs per sample, and species evenness - the measure of the relative abundance of the different OTUs (Christen, 2008). It is generally accepted that a more evenly distributed community is more diverse than a community with a few dominant species but having the same species richness. The simplest way of representing community richness is to determine the observed richness, i.e. how many species are observed using a given sampling effort. However, regardless of the sampled environment and organisms of interest, the observed richness is typically far lower than the true richness, indicating that more extensive sampling would yield a higher number of observed taxa (Koskinen, 2013). Widely used measures of diversity include the Shannon and Simpson indices, which are sensitive to both the species richness and relative species abundance of the community (Chao et al., 2003). Chao1 (Chao, 1984; Hughes et al., 2001) and ACE (Chao and Lee, 1992) indices are also commonly applied in measuring the species richness in a community. A rarefaction curve is usually generated by plotting the cumulative numbers of OTUs against the number of sequences. If the asymptote of a rarefaction curve is reached, the OTU observed richness provides a good coverage of the total richness in the studied community. Rarefaction curves can be generated by programs such as Estimates (Colwell,
2011) and R software (Christen, 2008).

Kết quả (Việt) 1:

taxonomical hệ thống phân cấp. Ngoài ra, để khám pháorganismal bảo hiểm trong số gây bệnh cho cây đàn áp composts, ngang đường cong có thể được tính toán bằng cách sử dụng ước tính(Colwell, năm 2011). Các vi sinh vậtcộng đồng của xử lý chất thảichế biến mẫu chứa một sự đa dạng di truyền lớn bao gồm các vi sinh vật từ vi khuẩn, nấm và vi khuẩn cổ tên miền. Những năm gần đây, 454 trình tự đã ngày càng được áp dụng trong phân tích của các cộng đồng vi sinh vật trong quá trình xử lý chất thải từ nước thải (Ye et al.,2011) để thải và kỵ khí tiêu hóa (Liêu et al., 2013; Pervin et al., 2013).Tiết lộ tổ hợp của các quần thể vi khuẩn trong một cộng đồng, sự đa dạng khác nhau chỉ số có thể được áp dụng, cho ví dụ loài phong phú - số OTUs một mẫu, và ngang nhau loài - các biện pháp của sự phong phú tương đối của OTUs khác nhau (Christen, 2008). Nó thường được chấp nhận là một cộng đồng đều hơn phân phối đa dạng hơn so với một cộng đồng với một vài loài thống trị nhưng có sự phong phú cùng một loài. Cách đơn giản nhất để đại diện cho cộng đồng phong phú là để xác định sự phong phú quan sát, tức là bao nhiêu loài được quan sát bằng cách sử dụng một nỗ lực nhất định lấy mẫu. Tuy nhiên, bất kể lấy mẫu môi trường và các sinh vật ưa thích, sự phong phú quan sát là thường ít hơn so với sự phong phú đúng, chỉ ra rằng lấy mẫu rộng rãi hơn sẽ mang lại một số cao hơn của đơn vị phân loại quan sát (Koskinen, 2013). Các biện pháp được sử dụng rộng rãi của sự đa dạng bao gồm các chỉ số Shannon và Simpson, mà rất nhạy cảm với cả hai loài phong phú và loài tương đối phổ biến của các cộng đồng (Chao và ctv., 2003). Chao1 (Chao, năm 1984; Hughes et al., 2001) và ACE (Chao và Lee, 1992) chỉ số cũng thường được áp dụng trong đo sự phong phú loài trong một cộng đồng. Một đường cong ngang thường được tạo ra do âm mưu những con số tích lũy của OTUs chống lại số lượng trình tự. Nếu asymptote của một đường cong ngang được đạt tới, OTU quan sát thấy sự phong phú cung cấp một phạm vi bảo hiểm tốt của sự phong phú tất cả trong cộng đồng nghiên cứu. Ngang đường cong có thể được tạo ra bởi chương trình khác chẳng hạn như ước tính (Colwell,2011) và phần mềm R (Christen, 2008).

Kết quả (Việt) 2:

hệ thống cấp bậc phân loại. Ngoài ra, để khám phá
vùng phủ sóng organismal giữa các tác nhân gây bệnh compost đàn áp, đường cong độ chân không, có thể được tính toán bằng cách sử dụng các ước tính
(Colwell, 2011). Các vi sinh vật
cộng đồng xử lý chất thải
mẫu chế biến có chứa một sự đa dạng gen rất lớn mà bao gồm các vi sinh vật từ vi khuẩn, nấm và các lĩnh vực archaea. Trong những năm gần đây, 454 trình tự đã ngày càng được áp dụng trong phân tích của các cộng đồng vi sinh vật trong quá trình xử lý chất thải từ xử lý nước thải (Ye et al,.
Để xử lý nước thải và phân hủy yếm khí (Liao et al, 2013 2011);. Pervin et al. ., 2013)
Để tiết lộ sự tập hợp của quần thể vi sinh vật trong một cộng đồng, các chỉ số đa dạng khác nhau có thể được áp dụng, đối với các loài ví dụ độ phong phú - số OTUs mỗi mẫu, và các loài ngang nhau - thước đo của sự phong phú tương đối của OTUs khác nhau (Christen , 2008). Nó thường được chấp nhận rằng một cộng đồng được phân phối đồng đều hơn là đa dạng hơn so với một cộng đồng, một số loài chiếm ưu thế nhưng có sự phong phú cùng một loài. Cách đơn giản nhất của đại diện cho sự phong phú của cộng đồng là để xác định sự phong phú quan sát, tức là có bao nhiêu loài được quan sát bằng cách sử dụng một nỗ lực lấy mẫu nhất định. Tuy nhiên, bất kể môi trường lấy mẫu và các sinh vật quan tâm, sự phong phú quan sát thường là thấp xa so với sự phong phú, cho thấy rằng lấy mẫu rộng lớn hơn sẽ mang lại một số lượng cao của các loài quan sát (Koskinen, 2013). Các biện pháp được sử dụng rộng rãi của đa dạng bao gồm các Shannon và Simpson chỉ số, đó là nhạy cảm với sự phong phú các loài và tương đối phong phú loài của cộng đồng (Chao et al., 2003). Chao1 (Chao, 1984;. Hughes et al, 2001) và ACE (Chao và Lee, 1992) chỉ số cũng thường được áp dụng trong việc đo lường sự phong phú các loài trong một cộng đồng. Một đường cong độ chân không, thường được tạo ra bằng cách vẽ những con số tích lũy của OTUs so với số lượng của các trình tự. Nếu các tiệm cận của một đường cong độ chân không đạt được, các OTU quan sát thấy sự phong phú cung cấp một phạm vi bảo hiểm tốt của tổng sự phong phú trong cộng đồng nghiên cứu. Đường cong độ chân không, có thể được tạo ra bởi các chương trình như ước tính (Colwell,
2011) và phần mềm R (Christen, 2008).