site (from −3 to +5) and consists o

site (from −3 to +5) and consists of the general consensus sequence TCA+1 G/T T T/C which is similar to the initiation site sequence per se. (A+1 indicates the first nucleotide transcribed.) The proteins that bind to Inr in order to direct pol II binding include TFIID. Promoters that have both a TATA box and an Inr may be stronger than those that have just one of these elements. The DPE has the consensus sequence A/GGA/T CGTG and is localized about 25 bp downstream of the +1 start site. Like the Inr, DPE sequences are also bound by the TAF subunits of TFIID. In a survey of over 200 eukaryotic genes, roughly 30% contained a TATA box and Inr, 25% contained Inr and DPE, 15% contained all three elements, while ~30% contained just the Inr. Sequences farther upstream from the start site determine how frequently the transcription event occurs. Mutations in these regions reduce the frequency of transcriptional starts tenfold to twentyfold. Typical of these DNA elements are the GC and CAAT boxes, so named because of the DNA sequences involved. As illustrated in Figure 37–7, each of these boxes binds a protein, Sp1 in the case of the GC box and CTF (or C/EPB,NF1,NFY) by the CAAT box; both bind through their distinct DNA binding domains (DBDs). The frequency of transcription initiation is a consequence of these protein-DNA interactions and complex interactions between particular domains of the transcription factors (distinct from the DBD domains—socalled activation domains; ADs) of these proteins and the rest of the transcription machinery (RNA polymerase II and the basal factors TFIIA, B, D, E, F). (See
below and Figures 37–9 and 37–10). The proteinDNA interaction at the TATA box involving RNA polymerase II and other components of the basal transcription machinery ensures the fidelity of initiation. Together, then, the promoter and promoter-proximal cis-active upstream elements confer fidelity and frequency of initiation upon a gene. The TATA box has a particularly rigid requirement for both position and orientation. Single-base changes in any of these cis elements have dramatic effects on function by reducing the binding affinity of the cognate trans factors (either TFIID/TBP or Sp1, CTF, and similar factors). The spacing of these elements with respect to the transcription start site can also be critical. This is particularly true for the TATA box Inr and DPE. A third class of sequence elements can either increase or decrease the rate of transcription initiation of eukaryotic genes. These elements are called either enhancers or repressors (or silencers), depending on which effect they have. They have been found in a variety of locations both upstream and downstream of the transcription start site and even within the transcribed portions of some genes. In contrast to proximal and upstream promoter elements, enhancers and silencers can exert their effects when located hundreds or even thousands of bases away from transcription units located on the same chromosome. Surprisingly, enhancers and silencers can function in an orientation-independent fashion. Literally hundreds of these elements have been described. In some cases, the sequence requirements for binding are rigidly constrained; in others, considerable sequence variation is

Kết quả (Việt) 1:

Trang web (từ −3 đến + 5) và bao gồm các trình tự của sự đồng thuận chung TCA + 1 G/T T T/C đó là tương tự như thứ tự trang web bắt đầu mỗi se. (A + 1 cho biết nucleotide đầu tiên sao chép lại.) Các protein liên kết với Inr để trực tiếp pol II ràng buộc bao gồm các TFIID. Quảng bá có một hộp TATA và Inr một có thể mạnh hơn những người có chỉ là một trong những yếu tố này. DPE đã đồng thuận tự GGA-A-T CGTG và bản địa hoá khoảng 25 bp hạ lưu của + 1 bắt đầu trang web. Giống như Inr, DPE chuỗi cũng bị ràng buộc bởi subunits TAF của TFIID. Trong một cuộc khảo sát của các gen sinh vật nhân chuẩn hơn 200, khoảng 30% bao gồm một hộp TATA và Inr, 25% chứa Inr và DPE, 15% chứa tất cả ba yếu tố, trong khi ~ 30% chứa chỉ có Inr. Trình tự xa hơn lên thượng nguồn từ các trang web bắt đầu xác định mức độ thường xuyên xảy ra sự kiện phiên mã. Đột biến ở những vùng này làm giảm tần số của transcriptional bắt đầu tenfold đến twentyfold. Điển hình trong những yếu tố DNA là hộp GC và CAAT, được đặt tên như vậy bởi vì các trình tự ADN tham gia. Như minh họa trong hình 37-7, mỗi người trong số các hộp liên kết với protein, Sp1 trong trường hợp các GC hộp và CTF (hoặc C/EPB, NF1, NFY) bởi CAAT hộp; cả hai liên kết thông qua khác biệt DNA ràng buộc tên miền của họ (DBDs). Tần số của các giai đoạn khởi đầu phiên mã là một hệ quả của các tương tác protein-DNA và các tương tác phức tạp giữa các tên miền cụ thể của các yếu tố phiên mã (khác biệt từ các lĩnh vực DBD-socalled kích hoạt tên miền; Quảng cáo) các protein và phần còn lại của máy móc sao chép (RNA-polymerase II và các yếu tố cơ bản TFIIA, B, D, E, F). (Xemdưới đây và con số 37-9 và 37-10). Tương tác proteinDNA Hộp TATA RNA-polymerase II và các thành phần khác của cơ sở chuyển biên bằng máy móc thiết bị, đảm bảo độ trung thực của sự khởi đầu. Cùng với nhau, sau đó, các promoter và gần promoter cis-hoạt động yếu tố thượng lưu trao độ trung thực và tần số bắt đầu khi một gen. Hộp TATA có một yêu cầu đặc biệt cứng nhắc về vị trí và định hướng. Căn cứ đơn thay đổi trong bất kỳ của những yếu tố cis có ảnh hưởng đáng kể chức năng bằng cách giảm mối quan hệ ràng buộc trong những yếu tố cùng nguồn gốc trans (hoặc TFIID/TBP hoặc Sp1, CTF và yếu tố tương tự). Khoảng cách của các yếu tố liên quan đến các trang web khởi đầu phiên mã cũng có thể là quan trọng. Điều này đặc biệt đúng cho TATA hộp Inr và DPE. Một lớp thứ ba của chuỗi các yếu tố có thể hoặc là tăng hoặc giảm tỷ lệ khởi đầu phiên mã gen sinh vật nhân chuẩn. Những yếu tố này được gọi là enhancers hoặc repressors (hoặc silencers), tùy thuộc vào hiệu quả mà họ có. Họ đã được tìm thấy trong một loạt các địa điểm ở thượng nguồn và hạ nguồn của các trang web bắt đầu sao chép và ngay cả trong các phần phiên âm của một số gen. Trái ngược với các yếu tố gần và thượng lưu promoter, enhancers và silencers có thể phát huy hiệu ứng của họ khi có hàng trăm hoặc thậm chí hàng ngàn các căn cứ xa phiên mã đơn vị nằm trên cùng một nhiễm sắc thể. Đáng ngạc nhiên, enhancers và silencers có thể hoạt động trong một thời trang định hướng độc lập. Nghĩa là hàng trăm các yếu tố này đã được miêu tả. Trong một số trường hợp, các yêu cầu tự cho ràng buộc rigidly được hạn chế; ở những nước khác, đáng kể chuỗi biến là

Kết quả (Việt) 2:

trang web (từ -3 đến 5) và bao gồm các chung TCA chuỗi sự đồng thuận + 1 G / TTT / C mà là tương tự như các trang web của chuỗi khởi đầu cho mỗi gia nhập. (A + 1 cho biết các phiên âm nucleotide đầu tiên.) Các protein liên kết với Inr để chỉ đạo pol II ràng buộc bao gồm TFIID. Quảng bá có cả một hộp TATA và một Inr có thể mạnh hơn so với những người chỉ có một trong các yếu tố này. Các DPE có trình tự nhất trí A / GGA / T CGTG và được bản địa hoá khoảng 25 bp hạ nguồn của trang web 1 bắt đầu. Giống như Inr, trình tự DPE cũng bị ràng buộc bởi các tiểu đơn vị TAF của TFIID. Trong một cuộc khảo sát của hơn 200 gen sinh vật nhân chuẩn, khoảng 30% có chứa một hộp TATA và Inr, 25% chứa Inr và DPE, 15% có chứa tất cả ba yếu tố, trong khi ~ 30% chứa chỉ Inr. Trình tự thượng nguồn xa hơn từ các trang web bắt đầu xác định cách thường xuyên các sự kiện phiên mã xảy ra. Đột biến ở các khu vực này giảm tần số của phiên mã bắt đầu gấp mười lần để twentyfold. Điển hình của các yếu tố DNA là GC và hộp CAAT, đặt tên như vậy bởi vì các trình tự DNA có liên quan. Như minh họa trong hình 37-7, các hộp chọn này gắn bó với một protein, Sp1 trong trường hợp của hộp GC và CTF (hoặc C / EPB, NF1, NFY) của hộp CAAT; cả ràng buộc thông qua các lĩnh vực liên kết DNA riêng biệt của họ (DBDs). Tần số của phiên mã bắt đầu là một hệ quả của những tương tác protein-DNA và các tương tác phức tạp giữa các lĩnh vực cụ thể của các yếu tố phiên mã (phân biệt với các lĩnh vực công cái gọi là lĩnh vực hoạt DBD; Quảng Cáo) của các protein và các phần còn lại của máy phiên mã (RNA polymerase II và cơ bản yếu tố TFIIA, B, D, E, F). (Xem
bên dưới và Hình 37-9 và 37-10). Sự tương tác proteinDNA tại hộp TATA liên quan đến RNA polymerase II và các thành phần khác của máy phiên mã cơ bản đảm bảo độ trung thực của khởi. Cùng với nhau, sau đó, các promoter và promoter gần cis-hoạt động tố ngược dòng trao lòng trung thành và tần số bắt đầu khi một gen. Hộp TATA có một yêu cầu đặc biệt cứng nhắc cho cả vị trí và hướng. Thay đổi đơn cơ bản trong bất kỳ các yếu tố cis có ảnh hưởng lớn đến chức năng bằng cách giảm ái lực liên kết của các yếu tố xuyên cùng nguồn gốc (hoặc TFIID / TBP hoặc Sp1, CTF, và các yếu tố tương tự). Khoảng cách của các yếu tố liên quan đến các trang web sao chép bắt đầu với cũng có thể là rất quan trọng. Điều này đặc biệt đúng đối với các TATA hộp Inr và DPE. Một lớp học thứ ba của các yếu tố tự có thể tăng hoặc giảm tốc độ của phiên mã khởi đầu của gen nhân điển hình. Những yếu tố này được gọi là một trong hai chất hỗ trợ hoặc repressors (hoặc bộ phận giảm thanh), tùy thuộc vào hiệu quả mà họ có. Họ đã được tìm thấy trong một loạt các địa điểm cả hai phía thượng lưu và hạ lưu của các trang web sao chép bắt đầu và thậm chí trong những phần ghi chép của một số gen. Ngược lại gần và thượng nguồn promoter yếu tố, chất hỗ trợ và giảm thanh có thể phát huy tác dụng khi đặt hàng trăm hoặc thậm chí hàng ngàn căn cứ cách xa đơn vị phiên mã nằm trên nhiễm sắc thể giống nhau. Đáng ngạc nhiên, chất hỗ trợ và giảm thanh có thể hoạt động trong một thời trang định hướng độc lập. Hàng trăm các yếu tố này đã được mô tả. Trong một số trường hợp, các yêu cầu về trình tự cho các ràng buộc được cứng nhắc hạn chế; ở những người khác, sự thay đổi đáng kể là chuỗi