chacoense,two different patterns we

chacoense,
two different patterns were determined
within PI458314 accession (Fig. 3, plants P1–P5),
suggesting the existence of another allele besides the
S11
-
RNase
allele. The potato plant carrying the
S16
-
RNase
allele (Fig. 3, plant Q1) showed a unique
pattern that was different from the one exhibited by the
other plants of the accession. As expected, highly
significant
S
-
RNase
gene variability was determined
within QBCM accession (Fig. 3, plants Q1–Q13) in
accordance with the elevated level of pollen–pistil
M
P1
P3
Q6
Q9
Q3
Q1
Q5
K1
K2
K6
K7
O1
O2
O6
O7
intron
C4RD
C3R
C1FD
C2F
C1
C2
C3
C4
C5
HV
a
b
c
S. chacoense
S. spegazzinii
S. kurtzianum
450 bp
400 bp
350 bp
~ 405
~ 370
S11- allele
373bp
S16- allele
367bp
M
P1
P4
P3
P5
P2
Q6
Q9
Q3
Q1
Q5
Q4
K1
K2
K6 K7
O1 O2 O6 O7
350 bp
300 bp
S11- allele
295bp
S16- allele
286bp
S. chacoense
S. spegazzinii
S. kurtzianum
~ 330
~ 290
Fig. 2
Solanum S
-
RNase
gene.
a
Diagram showing locations
of conserved regions (
C
),
hypervariable region (
HV
),
and intron,
and position of primers designed in this work (not to scale).
b
PCR amplification of
S.
chacoense
(two and five plants of
accessions PI458314 and QBCM, respectively),
S.
spegazzinii
(two plants of each accession) and
S.
kurtzianum
(two plants of
each accession) with nested primers C2F–C4RD. M stands for
DNA size markers/50 bp ladder.
c
PCR amplification of
S.
chacoense
(five and six plants of accessions PI458314 and
QBCM,
respectively),
S.
spegazzinii
(two
plants
of
each
accession) and
S.
kurtzianum
(two plants of each accession)
with nested primers C2F–C3R. M stands for DNA size markers/
50
bp ladder
Table 3
Primers designed
for PCR amplification of
S
-
RNase
alleles
F
Forward,
R
Reverse,
D
Degenerate
Primer
Sequence (5 –3 )
0
0
Annealing
temp. (
_
C)
Based on
conserved
region
C1FD
(G/C)AACT(C/G/T)GT(A/C/T)TTA(A/C)
CATGGCC
55
C1
C2F
AACTTTACGATTCACGGTCTTTGG
60
C2
C3R
ACAGCAGGATCCATGCTT
60
C3
C4RD
GAGAGTT(G/C)TCA(A/G)AAGATCAAACCT
(A/C/T)TCTTT
55
C4
24
Euphytica (2012) 187:19–29
123



compatibility established within this accession by
pollination test (Table 2). It is worth mentioning that
the
S.
chacoense
genotypes that carried the
S11
-
RNase
and
S16
-
RNase
alleles and could not be differentiated
by nested PCR analysis were the same ones that could
be successfully discriminated by PCR-SSCP assay (cf.
plants P3 and Q1 in Fig. 2b or c with Fig. 3).
Banding patterns for the
S
-
RNase
gene were quite
similar between
S.
spegazzinii
and
S.
kurtzianum
accessions (Fig. 3, plants O1–O10 and K1–K10) and
differed from those of
S.
chacoense
(Fig. 3, plants P1–
P5 and Q1–Q13). These data suggest that PCR-SSCP
is a powerful molecular approach that can be used as
species-specific markers to estimate gene flow in
potato under experimental field conditions.
Discussion
PCR-based detection methods of
S
-
RNase
gene length
polymorphism utilizing consensus primers have been
successfully used to identify
S
-haplotypes in several
plant species of Rosaceae, where significant intron
length variation within the
S
-
RNase
gene appears to be
a common feature for this family. In European pear,
S
-
RNase
intron lengths ranged from 150 to 1100 bp
(Sanzol et al. 2006), in Japanese pear from 147 to
1153
bp (Kim et al. 2004), and in almond from 161 to
1748
bp (Zhang et al. 2008). Compared to Rosaceae,
Solanaceous
S
-
RNase
introns are relatively short and
show very little length polymorphism (Sonneveld
et al. 2003; Saba-El-Leil et al. 1994). The intron sizes
of the
S
-
RNase
alleles already reported in potato
ranged from 82 to 125 bp (Table 4) anticipating that
such methodological approach would not be suitable
to detect polymorphisms and discriminate
S
-
RNase
alleles of wild potato species.
Nested PCR assay with C1FD–C4RD primers in the
first round of amplification and C2F–C3R primers in
the
second
round
showed
the
best
amplification
patterns of
S
-
RNase
alleles in all the genotypes of
S.
chacoense, S. spegazzinii
, and
S.
kurtzianum
acces-
sions. However, the PCR products obtained with the
aforementioned consensus primers were single banded
in most genotypes
of the diploid potato species
(Fig. 2c). Three non mutually exclusive interpreta-
tions may explain these results: (1) both
S
-
RNase
alleles have introns of the similar length yielding
amplicons with similar sizes, (2) one of the two
S
-
RNase
alleles is not amplified because of gaps or
mismatches in the primer sequence that can cause
inefficient annealing, and (3) one of the two
S
-
RNase
alleles is amplified preferentially (Wunsch and Horm-
¨
aza 2004; Kodad et al. 2008; Guerra et al. 2009).
The
PCR-SSCP
approach
turned
out
to
be
a
powerful
and
cheaper
alternative
to
analyze
the
variability within and between populations and detect
potentiallynew
S
-
RNase
alleles whose identitymustbe
confirmed by sequence analysis. The great number of
different SSCP patterns exhibited by QBCM accession
of
S.
chacoense
demonstrated that it harbored signif-
icant variabilityof
S
-
RNase
alleles comparedtotherest
of the accessions analyzed (Fig. 3). This is expected to
occur since this population is composed of heterozy-
gous plants that grow spontaneously in the experimen-
tal field of Balcarce Agricultural Experimental Station
and show a high level of pollen–pistil compatibility as
determined by pollination test (Table 2). According
with this test, each pollen–pistil compatible relation-
ship between two plants implies that the female parent
carries at least one different
S
-haplotype from the
S
-
haplotypes of the male parent. For example, the plant
Q10 (as female parent) showed compatibility with the
plants Q1 and Q8, and incompatibility with the plant
Q9 (Table 2). This was interpreted to mean that the
Table 4
C2–C4 and C2–C3 fragments and intron sizes of the
already known
S
-
RNase
alleles in potato species
SRNase
allele
Intron
size (bp)
Coding
sequence
size (bp)
Expected
PCR product
size (bp)
a
C2–C4
C2–C3
C2–C4
C2–C3
S.
chacoense
S3
n.d.
283
206
n.d.
n.d.
S11
87
286
208
373
295
S12
125
283
205
408
330
S13
87
286
208
373
295
S14
111
292
214
403
325
S16
82
285
204
367
286
S.
tuberosum
S2
117
289
211
406
328
N.d.
no available datum
a
Obtained by in silico PCR analysis of the
S
-
RNase
allele
sequences
taken
from
DDBJ/EMBL/GenBank
with
C2F–
C4RD and C2F–C3R primer combinations using the Fast
PCR
software
package
(Kalendar
2009
).
Sc–S2
did
not
amplified with these primers
Euphytica (2012) 187:19–29
25
123



plants Q10, Q1 and Q8 carry at least one different
S
-
RNase
allele and that the plants Q10 and Q9 share the
same
S
-haplotypes. Interestingly, the SSCP pattern
exhibited by the plant Q10 was identical to that showed
by the plant Q9, and was different from those exhibited
by
plants
Q1
and
Q8
(Fig. 3).
These
crossing
experiment results, coupled with the SSCP patterns,
suggest that QBCM accession carries other
S
-
RNase
alleles besides the
S16
-
RNase
allele. Analogously,
PI458314 accession of
S.
chacoense
also showed
additional SSCP patterns besides the corresponding to
the
S11
-
RNase
allele that may be explained by pollen–
K1
K2
K3
K4
K5
K6
K7
K8
K9
K10
S. kurtzianum
P1
P2
P3
P4
P5
Q1
Q3
Q2
Q4
Q7
S. chacoense
S11- allele
S16- allele
Q6
Q5
Q8
Q9
Q10
Q11
Q12
Q13
O1
O2
S. chacoense
P1
P2
O3
O4
O5
O6
O7
O8
O9
O10
S. spegazzinii
S. spegazzinii
S. chacoense
Fig. 3
SSCP analysis of C2–C3 sequences from
S.
chacoense
(accessions PI458314: plants P1–P5 and QBCM: plants Q1–
Q13),
S.
spegazzinii
(plants O1–O10) and
S.
kurtzianum
(plants
K1–K10). Genotypes P1 and P2 of
S.
chacoense
are repeated in
the
first
and
third
gels for comparison
26
Euphytica (2012) 187:19–29
123

Kết quả (Việt) 1:

chacoense,hai mô hình khác nhau đã được xác địnhtrong PI458314 lên ngôi (hình 3, cây P1-P5),cho thấy sự tồn tại của một allele bên cạnh cácS11-RNaseallele. Khoai tây thực vật mang cácS16-RNaseallele (hình 3, trồng Q1) cho thấy một điều duy nhấtMô hình là khác nhau từ một trong những triển lãm của cáccây trồng khác của việc gia nhập. Theo dự kiến, đánh giá caosignificantS-RNasebiến đổi gen đã được xác địnhtrong QBCM lên ngôi (hình 3, cây Q1 – Q13) nămphù hợp với mức độ cao của phấn hoa-nhụy hoa MP1P3Q6Q9.QUÝ 3Q1Q5K1K2K6K7O1O2O6O7 intron C4RDC3RC1FDC2F C1C2C3C4C5HV mộtbcS. chacoenseS. spegazziniiS. kurtzianum 450 bp400 bp350 bp~ 405~ 370S11-allele373bp S16-allele367bp MP1P4P3P5P2Q6Q9.QUÝ 3Q1Q5Q4K1K2K6 K7O1 O2 O6 O7350 bp300 bp S11-allele295bpS16-allele286bp S. chacoenseS. spegazziniiS. kurtzianum ~ 330~ 290 Hình 2Solanum S-RNasegen.mộtBiểu đồ hiển thị vị trícủa khu vực bảo tồn)C),(khu vực) hypervariableHV),và intron,và vị trí của chất nền, mồi được thiết kế trong công việc này (không phải quy mô).bĐảng Cộng sản Romania amplification củaS.chacoense(hai và cây fiveaccessions PI458314 và QBCM, tương ứng),S.spegazzinii(hai nhà máy của mỗi gia nhập) vàS.kurtzianum(hai nhà máy củamỗi gia nhập) với lớp lót lồng nhau C2F-C4RD. M là viết tắt củaDNA kích thước các bậc thang bp đánh dấu/50.cĐảng Cộng sản Romania amplification củaS.chacoense(five và sáu nhà máy của accessions PI458314 vàQBCM,tương ứng),S.spegazzinii(hainhà máycủamỗigia nhập) vàS.kurtzianum(hai nhà máy của mỗi gia nhập)với lớp lót lồng nhau C2F-C3R. M là viết tắt của DNA kích thước đánh dấu /50BP bậc thang Bảng 3Chất nền, mồi được thiết kếcho Đảng Cộng sản Romania amplification củaS-RNasealleleFChuyển tiếp,RNgược lại,DThoái hóaChất mồi đệmTrình tự (5 –3)00Luyện kimtạm thời. (_C)Dựa trênbảo tồnvùngC1FD(G/C) AACT(C/G/T)GT(A/C/T)TTA(A/C)CATGGCC55C1C2FAACTTTACGATTCACGGTCTTTGG60C2C3RACAGCAGGATCCATGCTT60C3C4RDGAGAGTT(G/C) TCA(A/G) AAGATCAAACCT(A/C/T) TCTTT55C4 24187:19 Euphytica (2012)-29123 khả năng tương thích được thành lập trong vòng này gia nhập bởithụ phấn các thử nghiệm (bảng 2). Đó là giá trị đề cập rằngCácS.chacoensekiểu gen thực hiện cácS11-RNasevàS16-RNaseallele và có thể không được phân biệtbởi lồng nhau Đảng Cộng sản Romania phân tích là đó có thểthành công được phân biệt xử bởi Đảng Cộng sản Romania-SSCP khảo nghiệm (cf.nhà máy P3 và Q1 trong hình 2b hoặc c với hình 3).Dải mẫu cho cácS-RNasegen đã khátương tự như giữaS.spegazziniivàS.kurtzianumaccessions (hình 3, thực vật O1-O10 và K1-K10) vàkhác với những người trongS.chacoense(Hình 3, cây P1-P5 và Q1 – Q13). Những dữ liệu này cho thấy rằng Đảng Cộng sản Romania-SSCPlà một cách tiếp cận phân tử mạnh mẽ có thể được sử dụng nhưloài-specific đánh dấu để ước tính gen flow trongkhoai tây trong điều kiện thử nghiệm quấn.Thảo luậnPhương pháp PCR dựa trên phát hiệnS-RNasechiều dài genlớp lót đồng thuận sử dụng đa hình đãthành công được sử dụng để xác địnhS-haplotypes trong một sốtrồng loài Rosaceae, nơi significant intronchiều dài biến thể trong cácS-RNasegen dường như làmột tính năng phổ biến cho gia đình này. Trong châu Âu lê,S-RNaseđộ dài intron trải dài từ 150 đến 1100 bp(Sanzol et al. 2006), ở Nhật bản Lê từ 147 để1153BP (Kim et al. năm 2004), và trong hạnh nhân từ 161 để1748BP (trương et al. 2008). So với Rosaceae,SolanaceousS-RNaseintrons là tương đối ngắn vàHiển thị rất ít chiều dài đa hình (Sonneveldet al. 2003; Saba-El-Leil et al. 1994). Các kích thước introncủa cácS-RNaseallele đã báo cáo trong khoai tâydao động từ 82 125 bp (bảng 4) dự đoán rằngcách tiếp cận phương pháp luận như vậy sẽ không được thích hợpđể phát hiện polymorphisms và phân biệt đối xửS-RNaseallele loài khoai tây hoang dã.Lồng nhau PCR khảo nghiệm với C1FD-C4RD chất nền, mồi trong cácVòng tròn của amplification và C2F-C3R lớp lót trongCácThứ haivòngcho thấyCáctốt nhấtamplificationMô hình củaS-RNaseallele trong tất cả các kiểu gen củaS.chacoense, S. spegazzinii, vàS.kurtzianumacces-sions. Tuy nhiên, các đảng Cộng sản Romania sản phẩm thu được với cácsự đồng thuận nói trên chất nền, mồi được duy nhất dảitrong hầu hết các kiểu genloài lưỡng bội khoai tây(Hình 2c). Ba phòng không loại trừ lẫn nhau interpreta -tions có thể giải thích các kết quả này: (1) cả haiS-RNasealen có introns của năng suất chiều dài tương tựamplicons với kích thước tương tự, (2) một trong haiS-RNaseallele không phải là amplified vì những khoảng trống hoặcmismatches trong trình tự mồi có thể gây rainefficient tôi, và (3) một trong haiS-RNaseallele là amplified hay (Wunsch và Horm -¨Aza năm 2004; Kodad et al. 2008; Guerra et al. năm 2009).CácĐẢNG CỘNG SẢN ROMANIA-SSCPphương pháp tiếp cậnbậttrongđểđượcmộtmạnh mẽvàrẻ hơnthay thếđểphân tíchCácbiến đổi bên trong và giữa dân số và phát hiệnpotentiallynewS-RNasealen có identitymustbeconfirmed bằng cách phân tích trình tự. Số lượng lớnSSCP mô hình khác nhau được trưng bày bởi QBCM lên ngôicủaS.chacoensechứng minh rằng nó harbored signif-icant variabilityofS-RNaseallele comparedtotherestcủa các accessions phân tích (hình 3). Điều này dự kiến sẽxảy ra kể từ khi dân số này bao gồm heterozy-nhà máy gous phát triển một cách tự nhiên trong experimen-Tal quấn của Balcarce trạm thực nghiệm nông nghiệpvà hiển thị một mức độ cao của phấn hoa-nhụy tương thích nhưxác định bằng cách kiểm tra thụ phấn (bảng 2). Theovới thử nghiệm này, mỗi phấn hoa-nhụy tương thích quan hệ-tàu giữa hai nhà máy ngụ ý rằng cha mẹ nữmang ít nhất một khác nhauS-haplotype từ cácS-haplotypes của cha mẹ Nam. Ví dụ, thực vậtQ10 (là phụ huynh tỷ) cho thấy khả năng tương thích với cácnhà máy Q1 và Q8, và không tương thích với các nhà máyQ9 (bảng 2). Điều này được giải thích để có nghĩa là các Bảng 4Những mảnh vỡ C2-C4 và C2-C3 và intron kích thước của cácđã được biết đếnS-RNaseallele trong khoai tây loàiSRNasealleleIntronKích thước (bp)Mã hóatrình tựKích thước (bp)Dự kiếnĐảng Cộng sản Romania sản phẩmKích thước (bp)mộtC2-C4C2-C3C2-C4C2-C3S.chacoenseS3là n.d.283206là n.d.là n.d.S1187286208373295S12125283205408330S1387286208373295S14111292214403325S1682285204367286S.tuberosumS2117289211406328Là n.d.mốc đo lường không có sẵnmộtThu được bằng silico Đảng Cộng sản Romania phân tích của cácS-RNasealleletrình tựthực hiệntừDDBJ/EMBL/GenBankvớiC2F-C4RD và C2F-C3R mồi kết hợp bằng cách sử dụng nhanh chóngĐẢNG CỘNG SẢN ROMANIAphần mềmgói(Kalendarnăm 2009).SC-S2đã làmkhôngamplified với các chất nền, mồi 187:19 Euphytica (2012)-2925123 nhà máy Q10, Q1 và Q8 thực hiện ít nhất một khác nhauS-RNaseallele và rằng các nhà máy Q10 và Q9 chia sẻ cáccùng mộtS-haplotypes. Điều thú vị, các mô hình SSCPtrưng bày bởi nhà máy Q10 là giống hệt nhau để mà cho thấybởi các nhà máy Q9, và là khác nhau từ những người triển lãmbởinhà máyQ1vàH8(Hình 3).Đâyquakết quả thử nghiệm, cùng với các mô hình SSCP,đề nghị rằng gia nhập QBCM mang khácS-RNaseallele bên cạnh cácS16-RNaseallele. Cũng,PI458314 lên ngôi củaS.chacoensecũng cho thấybổ sung SSCP mẫu bên cạnh vaøo töông öùng vôùiCácS11-RNaseallele mà có thể được giải thích bởi phấn hoa- K1K2K3K4K5K6K7K8K9K10S. kurtzianum P1P2P3P4P5Q1QUÝ 3Q2Q4Q7S. chacoense S11-allele S16-alleleQ6Q5H8Q9.Q10Q11Q12Q13O1O2 S. chacoense P1P2 O3O4O5O6O7O8O9O10 S. spegazzinii S. spegazziniiS. chacoenseHình 3Phân tích SSCP C2-C3 chuỗi từS.chacoense(accessions PI458314: P1-P5 và QBCM: cây Q1-Q13),S.spegazzinii(thực vật O1-O10) vàS.kurtzianum(thực vậtK1–K10). Kiểu gen P1 và P2 củaS.chacoenseđược lặp đi lặp lại trongCácVòngvàThứ bagel để so sánh 26187:19 Euphytica (2012)-29123

Kết quả (Việt) 2:

chacoense,
hai mô hình khác nhau đã được xác định
trong PI458314 nhập (. Hình 3, thực vật P1-P5),
cho thấy sự tồn tại của một allele ngoài
S11
-
RNase
alen. Cây khoai tây mang
S16
-
RNase
alen (. Hình 3, nhà máy Q1) cho thấy độc đáo
mô hình đó là khác nhau từ một trong những biểu hiện bởi các
nhà máy khác của việc gia nhập. Theo dự kiến, rất
trọng yếu fi cant
S
-
RNase
biến đổi gen đã được xác định
trong QBCM nhập (. Hình 3, trồng Q1-Q13) trong
phù hợp với mức độ cao của phấn hoa, nhụy hoa
M
P1
P3
Q6
Q9
Q3
Q1
Q5
K1
K2
K6
K7
O1
O2
O6
O7
intron
C4RD
C3R
C1FD
C2F
C1
C2
C3
C4
C5
HV
một
b
c
S. chacoense
S. spegazzinii
S. kurtzianum
450 bp
400 bp
350 bp
~ 405
~ 370
S11- alen
373bp
S16- alen
367bp
M
P1
P4
P3
P5
P2
Q6
Q9
Q3
Q1
Q5
Q4
K1
K2
K6 K7
O1 O2 O6 O7
350 bp
300 bp
S11- alen
295bp
S16- allele
286bp
S. chacoense
S. spegazzinii
S. kurtzianum
~ 330
~ 290
hình. 2
Solanum S
-
RNase. Gen một Sơ đồ hiển thị vị trí của vùng bảo tồn (C), khu vực hypervariable (HV), và intron,. Và vị trí của mồi được thiết kế trong công việc này (không quy mô) b PCR ampli fi cation của S. chacoense (hai và fi ve cây đan có PI458314 và QBCM, tương ứng), S. spegazzinii (hai nhà máy của mỗi gia nhập WTO) và S. kurtzianum (hai nhà máy của mỗi gia nhập WTO) với mồi lồng nhau C2F-C4RD. M là viết tắt của các dấu hiệu kích thước DNA / 50 bp thang. C PCR ampli fi cation của S. chacoense (fi ve và sáu nhà máy của đan có PI458314 và QBCM, tương ứng), S. spegazzinii (hai nhà máy của mỗi gia nhập WTO) và S. kurtzianum (hai nhà máy của mỗi gia nhập WTO) với mồi lồng nhau C2F-C3R. M là viết tắt của DNA marker size / 50 bp thang Bảng 3 mồi được thiết kế cho PCR ampli fi cation của S - RNase alen F Chuyển tiếp, R Reverse, D thoái hóa Primer Sequence (5 -3) 0 0 deo temp. (_ C) Dựa (2012) 187: 19-29 123 tương thích được thiết lập trong nhập này bằng cách thử nghiệm thụ phấn (Bảng 2). Điều đáng nói là các S. chacoense kiểu gen mà tiến hành S11 - RNase và S16 - RNase alen và không thể được phân biệt bằng phân tích PCR lồng nhau là những người cùng có thể được phân biệt thành công bằng phương pháp PCR-SSCP khảo nghiệm (x cây và P3 Q1 trong hình 2b hoặc c với hình 3)... mẫu Dải cho S - RNase gen là khá tương tự giữa S. spegazzinii và S. kurtzianum. đan có (Hình 3, thực vật O1-O10 và K1-K10) và khác với những người của S. chacoense (Fig. 3, thực vật P1- P5 và Q1-Q13). Những dữ liệu này cho thấy PCR-SSCP là một cách tiếp cận phân tử mạnh mẽ mà có thể được sử dụng như là dấu fi c loài đặc hiệu để ước gen fl ow trong khoai tây trong điều kiện fi lĩnh thử nghiệm. Thảo luận các phương pháp phát hiện PCR dựa trên của S - RNase chiều dài gen đa hình sử dụng mồi đồng thuận đã được sử dụng thành công để xác định S -haplotypes ở một số loài thực vật Rosaceae, nơi fi trong yếu intron không thể thay đổi chiều dài trong S - RNase gene dường như là một tính năng phổ biến cho gia đình này. Trong lê châu Âu, S - RNase dài intron dao động 150-1100 bp (Sanzol et al 2006)., Trong lê Nhật Bản từ 147 đến 1153 bp, và trong hạnh nhân từ 161 tới (Kim et al 2004). 1748 bp (Zhang et al. 2008). So với Rosaceae, họ cà S - RNase intron là tương đối ngắn và hiển thị rất ít chiều dài đa hình (Sonneveld et al 2003; Saba-El-Leil et al 1994..). Các kích thước intron của S - RNase alen đã được báo cáo trong khoai tây dao động 82-125 bp (Bảng 4) dự đoán rằng phương pháp tiếp cận như vậy sẽ không phù hợp để phát hiện đa hình và phân biệt đối xử S - RNase. Alen của loài khoai tây hoang dã khảo nghiệm Nested PCR với mồi C1FD-C4RD trong vòng fi đầu tiên của fi cation và C2F-C3R mồi ampli trong các thứ hai vòng cho thấy những tốt nhất ampli fi cation mẫu của S - RNase alen trong tất cả các kiểu gen của S. chacoense, S. spegazzinii, và S. kurtzianum acces- những quyết. Tuy nhiên, các sản phẩm PCR thu được với các cặp mồi đồng thuận nói trên là duy nhất dải trong hầu hết các kiểu gen của các loài khoai tây lưỡng bội (Fig. 2c). Ba không diễn giải trừ lẫn nhau tions có thể giải thích các kết quả này: (1) cả S - RNase alen có intron của độ dài cho năng suất tương tự amplicon với kích thước tương tự, (2) một trong hai S - RNase alen không phải là ampli fi ed vì những khoảng trống hoặc sai lệch trong trình tự mồi mà có thể gây ra inef fi cient ủ, và (3) một trong hai S - RNase alen là ampli fi ed ưu tiên (Wunsch và Horm- ¨ aza 2004; Kodad et al 2008; Guerra et al 2009..). Các PCR -SSCP phương pháp quay ra để là một mạnh mẽ và rẻ hơn thay thế để phân tích sự biến đổi bên trong và giữa các quần thể và phát hiện potentiallynew S - RNase alen mà identitymustbe con fi rmed bởi phân tích trình tự. Số lượng lớn các mô hình khác nhau SSCP trưng bày bởi QBCM nhập của S. chacoense chứng minh rằng nó nuôi dưỡng signif- icant variabilityof S - RNase alen comparedtotherest của đan có phân tích (Hình 3).. Điều này dự kiến sẽ xảy ra kể từ khi quần thể này gồm heterozy- cây gous mọc tự nhiên trong các thực nghiệm tal fi già nua do Trạm thực nghiệm nông nghiệp Balcarce và hiển thị một mức độ cao về khả năng tương thích phấn hoa nhụy hoa như xác định bằng thử nghiệm thụ phấn (Bảng 2). Theo với thử nghiệm này, mỗi mối quan hệ phấn nhụy hoa tương thích tàu giữa hai cây ngụ ý rằng phụ huynh nữ mang ít nhất một khác nhau S -haplotype từ S - haplotype của phụ huynh nam. Ví dụ, các nhà máy Q10 (như cha mẹ nữ) cho thấy khả năng tương thích với các nhà máy Q1 và Q8, và không tương thích với các máy Q9 (Bảng 2). Điều này được giải thích là các Bảng 4 C2-C4 và C2-C3 mảnh và kích cỡ của intron đã biết S - RNase alen ở các loài khoai SRNase alen Intron kích thước (bp) Mã hóa chuỗi kích thước (bp) Dự kiến PCR sản phẩm kích thước mốc có sẵn một Thu được bằng phân tích PCR silico của S - RNase allele chuỗi lấy từ DDBJ / EMBL / GenBank với C2F- C4RD và C2F-C3R kết hợp mồi bằng cách sử dụng nhanh PCR phần mềm trọn gói (Kalendar 2009.) Sc-S2 đã không ampli fi ed với những mồi Euphytica (2012) 187: 19-29 25 123 cây Q10, Q1 và Q8 mang theo ít nhất một khác nhau S - RNase alen và rằng các nhà máy Q10 và Q9 chia sẻ cùng S -haplotypes. Điều thú vị là, mô hình SSCP trưng bày bởi các nhà máy Q10 là giống hệt nhau để cho thấy bởi các Q9 thực vật, và là khác nhau từ những trưng bày bởi các nhà máy Q1 và Q8 (Fig. 3). Những băng qua kết quả thí nghiệm, kết hợp với các mô hình SSCP, gợi ý rằng QBCM nhập mang khác S - RNase alen ngoài S16 - RNase alen. Tương tự, PI458314 nhập của S. chacoense cũng cho thấy mô hình SSCP thêm ngoài tương ứng với các S11 - RNase allele đó có thể được giải thích bởi pollen- K1 K2 K3 K4 K5 K6 K7 K8 K9 K10 S. kurtzianum P1 P2 P3 P4 P5 Q1 Q3 Q2 Q4 Q7 S. chacoense S11- alen S16- alen Q6 Q5 Q8 Q9 Q10 Q11 Q12 Q13 O1 O2 S. chacoense P1 P2 O3 O4 O5 O6 O7 O8 o9 O10 S. spegazzinii S. spegazzinii S. chacoense hình. 3 phân tích SSCP của C2-C3 các trình tự từ S. chacoense (đan có PI458314: Cây P1-P5 và QBCM: Cây Q1- Q13), S. spegazzinii (cây O1-O10) và S. kurtzianum (cây K1-K10). Kiểu gen P1 và P2 của S. chacoense được lặp đi lặp lại trong các rst fi và thứ ba, bọt dùng để so sánh 26 Euphytica (2012) 187: 19-29 123