Amplification efficiency, E, is cal

Amplification efficiency, E, is calculated from the slope of the standard curve using
the following formula:
E = 10–1/slope
Ideally, the amount of PCR product will perfectly double during each cycle of
exponential amplification; that is, there will be a 2-fold increase in the number of
copies with each cycle. This translates to a reaction efficiency of 2. Using an
efficiency equal to 2 in the equation above, 2 = 10–1/slope, indicates that the optimal
slope of the standard curve will be –3.32. Note that the absolute value of the slope
is the same as the ideal spacing of the fluorescent traces described above.
Amplification efficiency is also frequently presented as a percentage, that is,
the percent of template that was amplified in each cycle. To convert E into
a percentage:
% Efficiency = (E – 1) x 100%
For an ideal reaction, % Efficiency = (2 – 1) x 100% = 100%.
For the example shown in Figure 1.2:
E = 10–(1/–3.436) = 1.954
% Efficiency = (1.954 – 1) x 100% = 95.4%
At the end of each cycle, the amplicon copy number increased 1.954-fold,
or 95.4% of the template was amplified.
An efficiency close to 100% is the best indicator of a robust, reproducible assay.
In practice, you should strive for an amplification efficiency of 90–105%. Low
reaction efficiencies may be caused by poor primer design or by suboptimal
reaction conditions. Reaction efficiencies >100% may indicate pipetting error in
your serial dilutions or coamplification of nonspecific products, such as primerdimers. When using the method described above to determine amplification
efficiency, the presence of inhibitor can also result in an apparent increase in
efficiency. This is because samples with the highest concentration of template also
have the highest level of inhibitors, which cause a delayed CT, whereas samples
with lower template concentrations have lower levels of inhibitors, so the CT is
minimally delayed. As a result, the absolute value of the slope decreases and the
calculated efficiency appears to increase. If your reaction efficiency is 105%, we suggest that you modify your assay by redesigning your primers and
probes. See Sections 2.3 and 2.4 for primer and probe design guidelines

Kết quả (Việt) 1:

Khuếch đại hiệu quả, E, được tính toán từ độ dốc của các đường cong chuẩn bằng cách sử dụngCác công thức sau:E = 10-1/sườnLý tưởng nhất, số lượng sản phẩm PCR sẽ hoàn toàn tăng gấp đôi trong mỗi chu kỳ củamũ khuếch đại; có nghĩa là, sẽ có một sự gia tăng số lượng 2-foldbản sao với mỗi chu kỳ. Dịch này đến một hiệu quả phản ứng của 2. Bằng cách sử dụng mộthiệu quả bằng 2 trong phương trình ở trên, 2 = 10-1/dốc, chỉ ra rằng việc tối ưuđộ dốc của đường cong chuẩn sẽ là –3.32. Lưu ý rằng giá trị tuyệt đối của độ dốclà giống như các khoảng cách lý tưởng của các dấu vết huỳnh quang mô tả ở trên.Khuếch đại hiệu quả cũng thường được trình bày như một phần trăm, có nghĩa là,phần trăm của mẫu đó đã được khuếch đại trong mỗi chu kỳ. Để chuyển đổi E vàomột tỷ lệ phần trăm:% Hiệu quả = (E-1) x 100%Cho một phản ứng lý tưởng, % hiệu quả = (2 – 1) x 100% = 100%.Ví dụ hiển thị ở hình 1.2:E = 10–(1/–3.436) = 1.954% Hiệu quả = (1.954 – 1) x 100% = 95.4%Vào cuối mỗi chu kỳ, amplicon sao chép số tăng 1.954-fold,hoặc 95.4% của các mẫu đã được khuếch đại.Một hiệu quả gần 100% là các chỉ số tốt nhất của một khảo nghiệm mạnh mẽ, thể sanh sản nhiều.Trong thực tế, bạn nên cố gắng cho một hiệu quả khuếch đại 90-105%. Thấpphản ứng hiệu quả có thể là do thiết kế nghèo mồi hoặc bởi suboptimalCác điều kiện của phản ứng. Phản ứng hiệu quả > 100% có thể chỉ ra lỗi pipetting trongnối tiếp dilutions hoặc coamplification của các sản phẩm không đặc hiệu, chẳng hạn như primerdimers của bạn. Khi sử dụng phương pháp mô tả ở trên để xác định khuếch đạihiệu quả, sự hiện diện của chất ức chế có thể cũng gây ra sự gia tăng rõ rànghiệu quả. Điều này là bởi vì mẫu với nồng độ cao nhất của mẫu cũngcó mức độ ức chế, gây ra một CT chậm trễ, trong khi mẫuvới nồng độ thấp hơn mẫu có cấp thấp hơn của ức chế, do đó, CTtối thiểu bị trì hoãn. Kết quả là làm giảm giá trị tuyệt đối của độ dốc và cáctính toán hiệu suất dường như tăng. Nếu hiệu quả phản ứng của bạn là < 90% hoặc> 105%, chúng tôi đề nghị bạn thay đổi khảo nghiệm của bạn bằng cách thiết kế lại của chất nền, mồi vàđầu dò. Xem phần 2,3 và 2.4 cho mồi và thăm dò nguyên tắc thiết kế

Kết quả (Việt) 2:

Hiệu quả khuếch đại, E, được tính từ độ dốc của đường cong tiêu chuẩn sử dụng
công thức sau:
E = 10-1 / độ dốc
lý tưởng, số lượng sản phẩm PCR sẽ hoàn gấp đôi trong mỗi chu kỳ của
khuếch đại mũ; đó là, sẽ có một sự gia tăng gấp 2 lần về số lượng các
bản sao với mỗi chu kỳ. Điều này được chuyển đến một hiệu quả phản ứng của 2. Sử dụng một
hiệu quả tương đương với 2 trong phương trình trên, 2 = 10-1 / dốc, chỉ ra rằng tối ưu
độ dốc của đường cong chuẩn sẽ có -3,32. Lưu ý rằng các giá trị tuyệt đối của độ dốc
là giống như khoảng cách lý tưởng của các dấu vết huỳnh quang mô tả ở trên.
Hiệu quả khuếch đại cũng thường xuyên được trình bày như là một tỷ lệ phần trăm, có nghĩa là,
phần trăm của mẫu đã được khuếch đại trong mỗi chu kỳ. Để chuyển đổi E thành
một tỷ lệ phần trăm:
% Hiệu quả = (E - 1) x 100%
Đối với một phản ứng lý tưởng, hiệu quả% = (2-1) x 100% = 100%.
Đối với ví dụ thể hiện trong hình 1.2:
E = 10 (1 / -3,436) = 1,954
% Hiệu quả = (1,954 - 1) x 100% = 95,4%
Vào cuối mỗi chu kỳ, số lượng bản sao amplicon tăng 1,954 lần,
hay 95,4% của các mẫu đã được khuếch đại.
Một hiệu quả gần 100% là chỉ số tốt nhất của một mạnh mẽ, khảo nghiệm tái sản xuất.
Trong thực tế, bạn nên cố gắng cho một hiệu quả khuếch đại của 90-105%. Thấp
hiệu suất phản ứng có thể được gây ra bởi thiết kế mồi nghèo hoặc dưới mức tối ưu
điều kiện phản ứng. Hiệu suất phản ứng>
100% có thể chỉ trộn mẫu lỗi trong pha loãng hoặc coamplification của sản phẩm không đặc hiệu, chẳng hạn như primerdimers nối tiếp của bạn. Khi sử dụng phương pháp mô tả ở trên để xác định sự khuếch đại
hiệu quả, sự hiện diện của chất ức chế cũng có thể dẫn đến sự gia tăng rõ rệt trong
hiệu quả. Điều này là bởi vì các mẫu có nồng độ cao nhất của mẫu cũng
có mức cao nhất của chất ức chế, gây trì hoãn một CT, trong khi mẫu
có nồng độ thấp hơn mẫu có nồng độ thấp của chất ức chế, vì vậy các CT được
tối thiểu bị trì hoãn. Kết quả là, giá trị tuyệt đối của độ dốc giảm và
hiệu quả tính toán sẽ làm gia tăng. Nếu hiệu suất phản ứng của bạn là <90% hoặc
> 105%,
chúng tôi đề nghị bạn sửa đổi xét nghiệm của bạn bằng cách thiết kế lại mồi và bạn dò. Xem phần 2.3 và 2.4 cho mồi và hướng dẫn thiết kế đầu dò

Kết quả (Việt) 3:

Khuếch đại hiệu quả, E, tính toán độ dốc của đường cong từ tiêu chuẩn sử dụngTheo công thức:E = 10 - 1 / độ dốcTrường hợp lý tưởng, khuếch đại lượng trong mỗi chu kỳ sản phẩm cũng sẽ tăng gấp đôi.Chỉ số của máy khuếch đại; đó là, sẽ có một số 2 lần tăngMỗi chu kỳ bản sao.Nó biến thành 2 phản ứng hiệu quả.Sử dụng mộtHiệu quả bằng 2 phương trình ở trên, trong đó, 2 = 10 - 1 / độ dốc, cho thấy nhất.Độ dốc của đường cong chuẩn sẽ là - 3.32.Chú ý độ dốc của giá trị tuyệt đốiVới trên mô tả Huỳnh quang của khoảng cách cùng một lý tưởng.Phóng to theo phần trăm thể hiện hiệu quả cũng thường, nghĩa là,Trong mỗi chu kỳ bị phóng đại các phần trăm của mẫu.Chuyển đổi thànhMột tỷ lệ phần trăm:Hiệu quả = (E - 1) * hếtVới một lý tưởng không hiệu quả của phản ứng,% = (2 - 1) = X thế sao.Ví dụ như những hình mẫu của 1.2 Si:E = 10 - (1 / - 3.436) = 1.954% hiệu quả = (1.954 - 1) x = 95.4% toànTrong mỗi chu kỳ kết thúc, khuếch đại bản sao của con số tăng 1.954-fold,Hay 95.4% mẫu đã bị phóng đại.Hiệu suất gần hết là một thử nghiệm tình dục mạnh mẽ, tái hiện các chỉ số tốt nhất.Trong thực tế, anh nên chiến đấu cho một khuếch đại hiệu quả cho 90 - 105%.Thấp.Phản ứng kém hiệu quả có thể là do thiết kế của mồi hay lần Yu.Các điều kiện phản ứng.Sao có thể là phản ứng hiệu quả cho thấy lỗiCác series pha loãng hay không cụ thể các sản phẩm cộng khuếch đại, như primerdimers.Sử dụng phương pháp xác định trên, độ phóng đại khiNăng suất, chất ức chế tồn tại cũng có thể dẫn đến sự gia tăng trong một rõ ràng.Hoạt động hiệu quả.Đây là mẫu cao nhất vì nồng độ mẫu cũngCó cấp độ cao nhất của các chất ức chế, dẫn đến chậm trễ CT, và mẫuThấp hơn mức nồng độ thấp hơn của mẫu có chất ức chế, nên CT làChậm trễ tối thiểu.Kết quả của nó là, độ dốc của giá trị tuyệt đối giảm vàCó vẻ như tăng tính hiệu quả.Nếu anh có phản ứng hiệu quả thế nào hay là <> 105%, chúng tôi khuyên anh em lại thay đổi thiết kế của ông và phát hiện mồiMáy thăm dò.Gặp thứ 2.3 và số 2.4 mồi và tiêu chuẩn thiết kế Hải thăm dò