Primers designThe aim of this proce

Primers design
The aim of this procedure was to design primers with
high probability of amplifying every
S
-
RNase
alleles
of
Solanum.
To this end, primers were designed on the
basis of conserved regions (Fig. 2a) defined by the
alignment of
S
-
RNase
nucleotide sequences from
Solanum
[
Sc
—
S2
,
S3
,
S11
,
S12
,
S13
and
S14
(DDBJ/
EMBL/GenBank X56896, X56897, S69589, AF191
1732, L36667 and AF232304, respectively), and St—
S2
(DDBJ/EMBL/GenBank X62727)].
The couple of primers designed on the basis of
C2 and C3 alignment were not degenerate (Table 3)
because C2 and C3 showed very high amino acid
sequence
similarity
among
the
S
-
RNase
alleles.
Conversely,
since
the
alignment
of
C1
and
C4
exhibited
lower
amino
acid
sequence
similarity
among the
S
-
RNase
alleles, primers designed on the
basis of these conserved regions were degenerate
(Table 3).
Nested PCR assays
Two steps of PCR amplification were performed in
nested PCR assays. C1FD and C4RD primers were
used in the first round of PCR amplification. Each
25
l
l reaction mixture contained 0.5
l
M of each
primer,
20
0
l
M
dNTP
mix,
4
mM
MgCl ,10
2
9
PCR
buffer,
2
U
Taq
polymerase
(Invitrogen,
Carlsbad,
CA,
USA)
and
150
ng
of
DNA
as
template. The PCR program consisted of 1 cycle
at 94
_
C for 2 min; 35 cycles at 94
_
C for 30 s,

Kết quả (Việt) 1:

Chất nền, mồi thiết kếMục đích của thủ tục này là thiết kế lớp lót vớicác xác suất cao của khuyếch đại mỗiS-RNaseallelecủaSolanum.Để kết thúc này, chất nền, mồi được thiết kế trên cácCác cơ sở của khu vực bảo tồn (hình 2a) defined bởi cácsự liên kết củaS-RNasetrình tự nucleotide từSolanum[SC—S2,S3,S11,S12,S13vàS14(DDBJ /EMBL/GenBank X 56896, X 56897, S69589, AF1911732, L36667 và AF232304, tương ứng), và St —S2(DDBJ/EMBL/GenBank X 62727)].Các cặp vợ chồng của chất nền, mồi được thiết kế trên cơ sở củaC2 và C3 liên kết đã không thoái hóa (bảng 3)bởi vì C2 và C3 axit amin rất cao cho thấy.trình tựtương tựtrong sốCácS-RNaseallele.Ngược lại,kể từCácliên kếtcủaC1vàC4trưng bàythấp hơnaminaxittrình tựtương tựtrong số cácS-RNaseallele, chất nền, mồi thiết kế trên cácCác cơ sở của các khu vực bảo tồn đã thoái hóa(Bảng 3).Lồng nhau PCR thử nghiệmHai bước của Đảng Cộng sản Romania amplification đã được thực hiện tronglồng nhau PCR thử nghiệm. Chất nền, mồi C1FD và C4RD đãđược sử dụng trong vòng tròn của Đảng Cộng sản Romania amplification. Mỗi25ll phản ứng hỗn hợp chứa 0,5lM của mỗimồi,200lMdNTPpha trộn,4mMMgCl, 1029ĐẢNG CỘNG SẢN ROMANIAbộ đệm,2UTaqtrùng hợp(Invitrogen,Carlsbad,CA,HOA KỲ)và150ngcủaDNAnhưmẫu. Chương trình PCR bao gồm 1 chu kỳtại 94_C cho 2 phút; 35 chu kỳ tại 94_C cho 30 s,

Kết quả (Việt) 2:

Chất mồi thiết kế
Mục đích của thủ tục này là để thiết kế mồi với
xác suất cao của khuếch đại mỗi
S
-
RNase
alen
của. Solanum Để kết thúc này, các mồi được thiết kế trên cơ sở các vùng bảo tồn (Hình 2a). De fi được xác định bởi sự liên kết của S - RNase trình tự nucleotide từ Solanum [Sc - S2, S3, S11, S12, S13 và S14 (DDBJ / EMBL / GenBank X56896, X56897, S69589, AF191 1732, L36667 và AF232304, tương ứng), và St- S2 (DDBJ / EMBL / GenBank X62727)]. Các cặp vợ chồng của cặp mồi được thiết kế trên cơ sở của C2 và C3 chỉnh được không thoái hóa (Bảng 3) vì C2 và C3 cho thấy amin rất cao các S - RNase alen, sơn lót được thiết kế trên cơ sở của các vùng bảo tồn là thoái hóa. (Bảng 3) Nested PCR xét nghiệm Hai bước của PCR ampli fi cation đã được thực hiện trong các xét nghiệm PCR lồng nhau. C1FD và C4RD mồi được sử dụng trong vòng fi đầu tiên của PCR ampli fi cation. Mỗi 25 l hỗn hợp l phản ứng chứa 0,5 l M của mỗi lớp sơn lót, 20 0 l M dNTP sẽ mix, 4 mM MgCl, 10 2 9 PCR đệm, 2 U Taq polymerase (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA) và 150 ng của DNA như bản mẫu. Các chương trình PCR gồm 1 chu kỳ 94 _ C trong 2 phút; 35 chu kỳ với 94 _ C trong 30 s,