AbstractVirtual microscopy (i.e., t

Abstract
Virtual microscopy (i.e., the viewing of entire microscope specimens on a computer display) is becoming widely applied in microscopy teaching and clinical laboratory medicine. Despite rapidly increasing use, virtual microscopy currently lacks of a universally accepted image format. A promising candidate is JPEG2000, which has potential advantages for handling gigabyte-sized virtual slides. To date, no JPEG2000-based software has been specifically suited for virtual microscopy. To study the utility of JPEG2000 in virtual microscopy, we first optimized JPEG2000 code-stream parameters for virtual slide viewing (i.e., fast navigation, zooming, and use of an overview window). Compression using ratios 25:1–30:1 with the irreversible wavelet filter were found to provide the best compromise between file size and image quality. Optimal code-stream parameters also consisted of 10 wavelet decomposition levels, progression order Resolution-Position-Component-Layer (RPCL), a precinct size of 128 × 128, and code-block size of 64 × 64. Tiling and the use of multiple quality layers were deemed unnecessary. A compression application (JVScomp) was developed for creating optimally parameterized JPEG2000 virtual slides. A viewing application (JVSview) was developed specifically for virtual microscopy, offering all of the basic viewing functions. JVSview also supports viewing of focus stacks, embedding of textual descriptions, and defining regions of interest as metadata. Combined with our server application (JVSserv), virtual slides can be viewed over networks by employing the JPEG2000 Interactive Protocol (JPIP). The software can be tested using virtual slide examples located on our public JPIP server (http://jvsmicroscope.uta.fi/). The software package is freely downloadable and usable for noncommercial purposes.

Kết quả (Việt) 1:

Tóm tắtKính hiển vi ảo (ví dụ, xem toàn bộ kính hiển vi mẫu vật trên một màn hình máy tính) trở thành ứng dụng rộng rãi trong kính hiển vi giảng dạy và phòng thí nghiệm lâm sàng y khoa. Mặc dù sử dụng tăng lên nhanh chóng, kính hiển vi ảo hiện đang thiếu một định dạng hình ảnh phổ biến được chấp nhận. Một ứng cử viên hứa hẹn là JPEG2000, có các ưu điểm tiềm năng để xử lý có kích thước gigabyte ảo slide. Đến nay, không có phần mềm dựa trên JPEG2000 đã được đặc biệt phù hợp cho kính hiển vi ảo. Để nghiên cứu các tiện ích của JPEG2000 trong kính hiển vi ảo, chúng tôi lần đầu tiên tối ưu hóa các tham số dòng mã JPEG2000 cho ảo slide xem (ví dụ, nhanh chóng chuyển hướng, phóng to, và sử dụng một cửa sổ toàn cảnh). Nén bằng cách sử dụng tỷ lệ 25:1-30:1 với các bộ lọc không thể thay đổi bề mặt đã được tìm thấy để cung cấp các thỏa hiệp tốt nhất giữa các tập tin kích thước và hình ảnh chất lượng. Tham số dòng mã tối ưu cũng gồm 10 bề mặt phân hủy cấp độ, tiến trình tự phân giải trí-thành phần lớp (RPCL), một khu vực kích thước của 128 × 128 và khối mã kích thước của 64 × 64. Ốp lát và sử dụng nhiều chất lượng lớp được coi là không cần thiết. Một ứng dụng nén (JVScomp) đã được phát triển để tạo tối ưu parameterized JPEG2000 ảo slide. Một ứng dụng xem (JVSview) đã được phát triển đặc biệt cho kính hiển vi ảo, cung cấp tất cả các chức năng cơ bản xem. JVSview cũng hỗ trợ xem tập trung ngăn xếp, nhúng trong văn bản mô tả, và xác định các khu vực quan tâm như siêu dữ liệu. Kết hợp với các ứng dụng máy chủ của chúng tôi (JVSserv), slide ảo có thể xem qua mạng bằng cách sử dụng giao thức tương tác JPEG2000 (JPIP). Phần mềm có thể được kiểm tra bằng cách sử dụng ví dụ ảo slide nằm trên server của chúng tôi JPIP công cộng (http://jvsmicroscope.uta.fi/). Các gói phần mềm là miễn phí, tải về và có thể sử dụng cho các mục đích phi thương mại.

Kết quả (Việt) 2:

Tóm tắt
hiển vi ảo (tức là, việc xem toàn bộ kính hiển vi mẫu vật trên một màn hình máy tính) đang trở thành ứng dụng rộng rãi trong giảng dạy và kính hiển vi y học trong phòng thí nghiệm lâm sàng. Mặc dù gia tăng nhanh chóng sử dụng, kính hiển vi ảo hiện đang thiếu một định dạng hình ảnh được chấp nhận. Một ứng cử viên hứa hẹn là JPEG2000, trong đó có lợi thế tiềm năng để xử lý các slide ảo gigabyte cỡ. Cho đến nay, không có phần mềm JPEG2000 dựa trên đã được phù hợp riêng cho kính hiển vi ảo. Để nghiên cứu các tiện ích của JPEG2000 trong kính hiển vi ảo, đầu tiên chúng tôi được tối ưu hóa các thông số mã JPEG2000 dòng cho slide ảo xem (tức là, nhanh chóng chuyển hướng, phóng to thu nhỏ, và sử dụng một cửa sổ toàn cảnh). Nén sử dụng tỷ lệ 25: 1-30: 1 với bộ lọc wavelet không thể đảo ngược được tìm thấy để cung cấp sự thỏa hiệp tốt nhất giữa kích thước file và chất lượng hình ảnh. Tối ưu các thông số mã dòng cũng bao gồm 10 cấp độ phân hủy wavelet, trình tự tiến triển Nghị quyết-Position-phần-Layer (RPCL), một kích thước khuôn viên 128 × 128, và kích thước mã khối 64 × 64. Lát và việc sử dụng nhiều lớp chất lượng được coi là không cần thiết. Một ứng dụng nén (JVScomp) đã được phát triển để tạo ra một cách tối ưu các tham số JPEG2000 slide ảo. Một ứng dụng xem (JVSview) đã được phát triển đặc biệt cho kính hiển vi ảo, cung cấp tất cả các chức năng cơ bản xem. JVSview cũng hỗ trợ xem các chồng tập trung, nhúng các mô tả văn bản, và xác định các khu vực quan tâm như siêu dữ liệu. Kết hợp với các ứng dụng máy chủ của chúng tôi (JVSserv), slide ảo có thể được xem trên mạng bằng cách sử dụng các JPEG2000 Interactive Protocol (JPIP). Phần mềm này có thể được kiểm tra bằng các ví dụ trượt ảo nằm trên máy chủ JPIP công của chúng tôi (http://jvsmicroscope.uta.fi/). Các gói phần mềm là tự do tải về và sử dụng cho các mục đích phi thương mại.