Protein identification using Mass S

Protein identification using Mass Spectrometry (MS) technique
The common flow of protein identification is: 1) the protein of interest, which is, in many cases separated by 2D electrophoresis, is either enzymatically or chemically cleaved, 2) the obtained peptide mixture is analyzed by mass spectrometric techniques, and 3) the obtained
peptide mass fingerprint is subsequently compared to “virtual” fingerprints obtained by theoretical cleavage of protein sequences stored in databases and the ones with more number of peptide similarity are retrieved as possible candidate protein (Gevaert and Vandekerckhove, 2000). Before the MS instrument was applied in proteomics, protein sequencing was carried out
with Edman technique (Smith, 2001; Steen and Mann, 2004). However, nowadays, this method is very
occasionally used in proteomics (Jorrin-Novo, 2014). Edman sequencing relies on a stepwise cleaving (fragmenting) of peptides from the amino terminus using chemicals in a process that may take hours or days. This method needs sample purification, requires much expertise, fails completely if the peptide was acetylated at its amino terminus or otherwise was blocked to Edman
reaction, which requires a free amino terminus, and often no sufficiently long and unambiguous peptide sequence could be identified by this method (Steen and Mann, 2004). However MS does not require peptide to be purified to homogeneity, it does not have a problem identifying blocked or modified proteins, it is much more sensitive, and can fragment the peptides in seconds
(Steen and Mann, 2004). According to De-Hoffmann and Stroobant (2007), unequalled sensitivity, detection limits, speed and diversity of its applications have raised Mass Spectrometry to an outstanding position among other analytical techniques. Hence, since the start of the
application of Mass Spectrometry in protein chemistry, peptide mass fingerprinting (PMF) analysis has become the method of choice in high throughput protein identification (Gevaert and Vandekerckhove, 2000).

Kết quả (Việt) 1:

Xác định protein bằng cách sử dụng kỹ thuật Mass Spectrometry (MS)Dòng chảy thông thường nhận dạng protein là: 1) protein quan tâm, đó là, trong nhiều trường hợp ngăn cách bởi 2D electrophoresis, enzymatically hoặc hóa học cảm, 2) hỗn hợp thu được peptide được phân tích kỹ thuật phổ khối lượng, và 3) thu đượcdấu vân tay hàng loạt peptide sau đó được so sánh với "ảo" dấu vân tay thu được bằng lý thuyết cleavage của protein chuỗi được lưu trữ trong cơ sở dữ liệu và những người với số lượng peptide giống nhau nhiều hơn lấy như là ứng cử viên có thể có đạm (Gevaert và Vandekerckhove, 2000). Trước khi công cụ bà được áp dụng trong proteomic, protein sắp được thực hiệnvới kỹ thuật Edman (Smith, 2001; Steen và Mann, 2004). Tuy nhiên, hiện nay, phương pháp này là rấtthỉnh thoảng được sử dụng trong proteomic (Jorrin-Novo, năm 2014). Edman trình tự dựa trên một stepwise cleaving (phân mảnh) của peptide từ amino terminus sử dụng hóa chất trong một quá trình mà có thể mất giờ hoặc ngày. Phương pháp này cần mẫu thanh lọc, đòi hỏi nhiều kiến thức chuyên môn, không thành công hoàn toàn nếu peptide acetylated tại terminus amin của nó hoặc nếu không bị chặn để Edmanphản ứng, đòi hỏi một amino terminus miễn phí, và thường là không có chuỗi peptide đủ dài và rõ ràng có thể được xác định bằng phương pháp này (Steen và Mann, 2004). Tuy nhiên, bà không yêu cầu các peptide để được tinh chế để tính đồng nhất, nó không có một vấn đề xác định protein bị chặn hoặc sửa đổi, nó là nhiều hơn nữa nhạy cảm, và có thể đoạn các peptide trong vài giây(Steen và Mann, 2004). Theo De-Hoffmann và Stroobant (2007), unequalled nhạy cảm, phát hiện giới hạn, tốc độ và sự đa dạng của các ứng dụng của nó đã tăng Mass Spectrometry đến một vị trí nổi bật trong số các kỹ thuật phân tích khác. Do đó, kể từ khi bắt đầu của cácứng dụng Mass Spectrometry đạm hóa học, khối lượng peptide fingerprinting phân tích (PMF) đã trở thành phương pháp của sự lựa chọn trong việc xác định protein cao thông lượng (Gevaert và Vandekerckhove, 2000).

Kết quả (Việt) 2:

Xác định Protein sử dụng khối phổ (MS) kỹ thuật
Dòng chảy chung của nhận dạng protein là: 1) protein quan tâm, đó là, trong nhiều trường hợp tách bằng điện 2D, là một trong hai enzyme hoặc hóa học bị phân cắt, 2) hỗn hợp peptide thu được được phân tích bằng các kỹ thuật đo phổ khối lượng, và 3) thu được
dấu vân tay peptide khối lượng này sau đó được so sánh với dấu vân tay "ảo" thu được tách từ lý thuyết của các chuỗi protein được lưu trữ trong cơ sở dữ liệu và những người thân với số lượng nhiều hơn các peptide tương tự được lấy như protein ứng cử viên có thể (Gevaert và Vandekerckhove , 2000). Trước khi các cụ MS đã được áp dụng trong nghiên cứu protein, trình tự protein đã được thực hiện
với kỹ thuật Edman (Smith, 2001; Steen và Mann, 2004). Tuy nhiên, ngày nay, phương pháp này là rất
thường xuyên được sử dụng trong nghiên cứu protein (Jorrin-Novo, 2014). Edman trình tự dựa trên bóc từng bước (phân mảnh) của peptide từ các amino sử dụng hóa chất trong một quá trình có thể mất hàng giờ hoặc vài ngày. Phương pháp này cần làm sạch mẫu, đòi hỏi nhiều chuyên môn, thất bại hoàn toàn nếu các peptide được acetyl hóa tại ga cuối amin của nó hoặc đã bị chặn lại để Edman
phản ứng, đòi hỏi một amin ga cuối miễn phí, và thường không có chuỗi peptide đủ dài và rõ ràng có thể được xác định bằng cách này phương pháp (Steen và Mann, 2004). Tuy nhiên MS không yêu cầu peptide được tinh chế để đồng nhất, nó không có một vấn đề để phân bị chặn hoặc biến đổi protein, đó là nhạy cảm hơn, và có thể phân mảnh các peptide trong vài giây
(Steen và Mann, 2004). Theo De-Hoffmann và Stroobant (2007), sự nhạy cảm vô song, giới hạn phát hiện, tốc độ và sự đa dạng của các ứng dụng của nó đã tăng Mass Spectrometry đến một vị trí nổi bật trong số các kỹ thuật phân tích khác. Do đó, kể từ khi bắt đầu
ứng dụng của Mass Spectrometry trong hóa học protein, peptide fingerprinting đại chúng (PMF) phân tích đã trở thành phương pháp được lựa chọn trong nhận dạng protein thông lượng cao (Gevaert và Vandekerckhove, 2000).