We hypothesized that TzR tumors hav

We hypothesized that TzR tumors have a distinct gene expression profile compared to TzS tumors, and a subset of these differentially expressed coding and noncoding genes mediate the observed resistance. To that end, we applied RNA-seq to RNA isolated from HER2+ tumor biopsies that were collected during a clinical trial (see methods). In this clinical trial, 50 patient tumors
were biopsied at the beginning of the trial prior to receiving trastuzumab (pre-trastuzumab). After receiving a combination of chemotherapy and trastuzumab for 4 months, a subset of thirteen tumors, representing the extremes of response to treatment, were selected for gene expression analysis by RNA-seq. Eleven of those thirteen patients were identified as responders (i.e., trastuzumabsensitive or TzS) and two patients were identified as non-responders (i.e., trastuzumab-resistant or TzR) as measured by pathological complete response (pCR) or clinical non-response (SD+PD). We compared mRNA gene expression between the responders (TzS) and nonresponders (TzR), and identified differentially expressed genes between the two groups prior to receiving treatment (pre-trastuzumab) (Figure 1A). Specifically, we identified
~1,542 mRNAs and 371 lincRNAs that are differentially expressed (Figure 1B, and Supplementary Files S1 and S2). We performed pathway analysis on differentially expressed mRNAs, and found several pathways to be affected including those related to mammary gland cell proliferation and development (Figure 1C). Also, RAGE receptor binding was statistically significant and emerged
as a key player (see below). Currently, it is not possible to perform pathway analysis on lincRNAs as only a small percentage of all annotated lincRNAs (~10,000 in the human genome) have been functionally characterized (~200 lincRNAs) [12].

Kết quả (Việt) 1:

Chúng tôi đưa ra giả thuyết khối u TzR có một hồ sơ biểu hiện gen khác biệt so với TzS khối u, và một tập hợp con của các differentially thể hiện gen mã hóa và DNA việc dàn xếp quan sát sự kháng cự. Cuối cùng, chúng tôi áp dụng RNA seq RNA được cô lập từ HER2 + khối u để đó đã được thu thập trong một thử nghiệm lâm sàng (xem phương pháp). Trong thử nghiệm lâm sàng này, các khối u 50 bệnh nhânđã được biopsied bắt đầu thử nghiệm trước khi nhận được trastuzumab (pre-trastuzumab). Sau khi nhận được một sự kết hợp của hóa trị liệu và trastuzumab cho 4 tháng, một tập hợp con của các khối u mười ba, đại diện cho Thái cực để đáp ứng với điều trị, đã được lựa chọn cho phân tích biểu hiện gen của RNA-seq. mười một của những bệnh nhân mười ba đã được xác định là phản ứng (ví dụ, trastuzumabsensitive hay TzS) và hai bệnh nhân được xác định là không phản ứng (tức là kháng trastuzumab hoặc TzR) được đo bằng các phản ứng hoàn toàn bệnh lý (pCR) hoặc lâm sàng không phản hồi (SD + PD). Chúng tôi so sánh biểu hiện gen mRNA giữa ứng (TzS) và nonresponders (TzR), và xác định được bày tỏ differentially gen giữa hai nhóm trước khi được điều trị (pre-trastuzumab) (hình 1A). Cụ thể, chúng tôi xác định ~ 1.542 người mRNAs và lincRNAs 371 differentially thể hiện (hình 1B, và bổ sung tập tin S1 và S2). Chúng tôi thực hiện lộ trình phân tích trên mRNAs differentially bày tỏ, và thấy một vài con đường bị ảnh hưởng bao gồm cả những người liên quan đến sự gia tăng tế bào tuyến vú và phát triển (hình 1 c). Ngoài ra, cơn thịnh NỘ thụ thể ràng buộc ý nghĩa thống kê quan trọng và nổi lênnhư là một cầu thủ chủ chốt (xem bên dưới). Hiện nay, nó là không thể thực hiện lộ trình phân tích trên lincRNAs như là chỉ có một tỷ lệ nhỏ của tất cả chú thích lincRNAs (~ 10.000 trong bộ gen của con người) đã là đặc trưng chức năng (~ 200 lincRNAs) [12].

Kết quả (Việt) 2:

Chúng tôi đưa ra giả thuyết rằng những khối u TzR có một biểu hiện gen khác biệt so với các khối u TZS, và một tập hợp của những kiểu khác bày tỏ sự mã hóa và không mã hoá gen trung gian kháng chiến quan sát. Cuối cùng, chúng tôi áp dụng RNA-seq với RNA phân lập từ HER2 + sinh thiết khối u đã được thu thập trong một thử nghiệm lâm sàng (xem phương pháp). Trong một thử nghiệm lâm sàng này, 50 bệnh nhân ung thư
đã được sinh thiết vào lúc bắt đầu của cuộc thử nghiệm trước khi nhận trastuzumab (pre-trastuzumab). Sau khi nhận được một kết hợp hóa trị và trastuzumab trong 4 tháng, một tập hợp con của mười ba khối u, đại diện cho những thái cực của đáp ứng điều trị, đã được lựa chọn để phân tích biểu hiện gen của RNA-seq. Mười một trong số những mười ba bệnh nhân được xác định là đáp ứng (tức là, trastuzumabsensitive hoặc TZS) và hai bệnh nhân được xác định là người không đáp ứng (tức là, trastuzumab chịu hoặc TzR) được đo bằng đáp ứng hoàn toàn bệnh lý (PCR) hoặc lâm sàng không đáp ứng thuốc (SD + PD). Chúng tôi so sánh biểu hiện gen mRNA giữa các phản ứng (TZS) và người không đáp ứng (TzR), và xác định các kiểu khác thể hiện các gen giữa hai nhóm trước khi được điều trị (pre-trastuzumab) (Hình 1A). Cụ thể, chúng tôi xác định
~ 1.542 mRNA và 371 lincRNAs được theo kiểu khác bày tỏ (Hình 1B, và bổ sung tập tin S1 và S2). Chúng tôi thực hiện phân tích đường trên mRNA theo kiểu khác bày tỏ, và tìm thấy một số con đường để bị ảnh hưởng bao gồm cả những người liên quan đến vú tăng sinh tế bào tuyến và phát triển (Hình 1C). Ngoài ra, thụ RAGE ràng buộc là có ý nghĩa thống kê và nổi lên
như là một cầu thủ quan trọng (xem dưới đây). Hiện nay, nó không phải là có thể thực hiện phân tích đường trên lincRNAs như chỉ có một tỷ lệ phần trăm nhỏ của tất cả lincRNAs chú thích (~ 10.000 trong hệ gen của con người) đã được chức năng đặc trưng (~ 200 lincRNAs) [12].