In D. melanogaster, we found no evi

In D. melanogaster, we found no evidence for exonizations using current ESTs or cDNA. We did identify three cases in which TEs were inserted into internal exons, all within the coding sequence (see Figure 4 and Additional file 4 for exon sequences). In these cases, the length of the inserted TEs (LINEs) was found to be divisible by three and the sequences did not contain stop codons. Thus, the insertion of these TEs into the coding exons did not alter the reading frame of the downstream exons, but rather added new amino acid sequence to the proteins. These insertions result in extremely long exons (668, 2,025 and 4,077 bp). One of these exons is flanked by very short introns (82 and 68 bp for the upstream and downstream introns; Figure 4c) and two are flanked by a short downstream intron and a long upstream intron (85 and 70 bp for the downstream introns and 1,003 and 689 bp for the upstream introns; Figure 4a, b). In mammals, no evidence was found for TE insertions into coding exons [15, 16]. We assume that this difference between mammals and Drosophila is due to the fact that in D. melanogaster the intron definition mechanism is dominant, which allows the lengthening of exons in a short-intron environment


Three cases of TE insertions into internal exons in D. melanogaster. Schematic representations of TE insertions into Drosophila internal exons. White boxes and lines represent exons and introns, respectively. The grey boxes show insertion of TEs into exons. The TE family is indicated beneath the gray box, along with the length of each inserted TE. Lengths of the introns and exons flanking the inserted exon are indicated. Genes with insertions are (a) cno, (b) CG14821 and (c) nej. CDS, coding sequence.

Kết quả (Việt) 1:

Ở D. melanogaster, chúng tôi thấy có bằng chứng cho exonizations bằng cách sử dụng hiện tại ESTs hoặc cDNA. Chúng tôi đã xác định ba trường hợp mà TEs đã được chèn vào nội bộ exon, tất cả trong trình tự mã hóa (xem hình 4 và tập tin bổ sung 4 cho exon chuỗi). Trong những trường hợp này, chiều dài được chèn vào TEs (đường) được tìm thấy để được số chia hết cho 3 và các trình tự không chứa dừng codons. Vì vậy, chèn các TEs vào exon mã hóa không làm thay đổi khung đọc exon hạ nguồn, nhưng thay vì thêm chuỗi axit amin mới vào các protein. Thêm vào những kết quả rất dài exon (668, 2.025 và 4.077 bp). Một trong những exon hai bên rất ngắn introns (82 và 68 bp cho thượng nguồn và hạ nguồn introns; Con số 4 c) và hai được bao quanh bởi một intron ngắn về phía hạ lưu và intron lâu thượng nguồn (85 và 70 bp cho introns hạ lưu và 1.003 và 689 bp cho introns ngược dòng; Hình 4a, b). Ở động vật có vú, không có bằng chứng được tìm thấy cho TE insertions vào mã exon [15, 16]. Chúng tôi giả định rằng sự khác biệt này giữa các động vật có vú và Drosophila là do thực tế là trong D. melanogaster cơ chế định nghĩa intron là chủ đạo, cho phép kéo dài của exon trong một môi trường ngắn-intron Ba trường hợp của TE insertions vào nội bộ exon ở D. melanogaster. Sơ đại diện của TE insertions vào Drosophila exon nội bộ. Hộp màu trắng và dòng đại diện cho exon và introns, tương ứng. Hộp màu xám Hiển thị chèn các TEs vào exon. Gia đình TE chỉ ra bên dưới các hộp màu xám, cùng với chiều dài mỗi TE được chèn vào. Độ dài của introns và exon sườn exon được chèn vào được thể hiện. Gen với insertions là (a) cno, (b) CG14821 và (c) nej. Đĩa CD, mã hóa trình tự.

Kết quả (Việt) 2:

Trong D. melanogaster, chúng tôi không tìm thấy bằng chứng cho exonizations sử dụng ESTs hiện hoặc cDNA. Chúng tôi đã xác định ba trường hợp trong đó TE đã được đưa vào exon nội bộ, tất cả trong trình tự mã hóa (xem hình 4 và bổ sung tập tin 4 cho các trình tự exon). Trong những trường hợp này, chiều dài của TE chèn (dây chuyền) được tìm thấy là chia hết cho ba và các trình tự không chứa codon stop. Do đó, việc đưa vào những TE vào exon mã hóa không làm thay đổi khung đọc của exon hạ lưu, nhưng thay vì thêm vào chuỗi acid amin mới vào protein. Những chèn kết quả trong exon rất dài (668, 2025 và 4077 bp). Một trong những exon hai bên là intron rất ngắn (82 và 68 bp cho các intron thượng lưu và hạ lưu; Hình 4c) và hai được hai bên một intron hạ lưu ngắn và một intron dài ngược dòng (85 và 70 bp cho các intron hạ lưu và 1003 và 689 bp cho các intron thượng nguồn; Hình 4a, b). Trong động vật có vú, không có bằng chứng được tìm thấy cho chèn TE vào exon mã hóa [15, 16]. Chúng tôi cho rằng sự khác biệt này giữa các động vật có vú và ruồi giấm là do thực tế là trong D. melanogaster cơ chế định nghĩa intron là chi phối, cho phép kéo dài các exon trong một môi trường ngắn intron


Ba trường hợp chèn TE vào exon nội bộ trong D. melanogaster . Đại diện sơ đồ của chèn TE vào exon nội Drosophila. Hộp màu trắng và dòng đại diện cho exon và intron, tương ứng. Các hộp màu xám cho thấy chèn của TE vào exon. Các gia đình TE được chỉ ra bên dưới hộp màu xám, cùng với chiều dài của mỗi TE chèn vào. Độ dài của các intron và exon chầu exon chèn được chỉ định. Gen với chèn là (a) CNO, (b) CG14821 và (c) nej. CDS, mã hóa chuỗi.